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BY-NC-ND 4.0许可证 开放式访问 发布人:德古意特出版社 2016年10月18日

联合拷贝数和基因表达数据的监督分类

  • S.里卡多纳 , G.朱尔曼 , S.梅勒 , 圣保罗 , A.Quattrone公司 C.富兰内洛 电子邮件徽标

总结

本文将预测性分析方法应用于基因组拷贝数畸变(CNA),结合基因表达和临床数据来识别癌症病理生理学的分子模式。平台的预测模型和最佳特征列表由一个完整的基于SVM的机器学习验证系统开发。在乳腺癌数据集上计算并结合基因组CNA位点排名表(通过比较基因组杂交阵列(aCGH)评估)和差异表达基因(通过Affy HG-U133A芯片微阵列分析评估),以区分Luminal/ER+(Lum/ER+)和Basal-like/ER-类。开发了不同的编码并应用于CNA数据,并讨论了预测变量的选择。我们分析了平台之间的配置信息组合,并考虑了病理生理数据。通过染色体获得和丢失以及差异表达基因的分类,确定了对分类有不同反应的特定患者子集,证实了基因组CNA可以代表肿瘤分类的独立来源的观点。

在线发布:2016-10-18
印刷出版:2007-12-1

©2007作者。由《综合生物信息学杂志》出版。

本作品是根据Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0许可证授权的。

于24年6月16日从下载https://www.degruyter.com/document/doi/10.1515/jib-2007-74/html
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