进化树上的分子进化速率受突变、选择和遗传漂变的影响。如果树的分支对应于属于遗传隔离种群的谱系（例如，多物种系统发育），则可以通过分析每个种群共同祖先的替代过程来描述这三个过程之间的相互作用。我们使用由Kaplan等人（1988）引入并在Barton等人（2004）中形式化的结构化合并过程来描述来自种群遗传学理论的一类扩散模型的这一过程。对于双等位基因模型，该方法允许通过求解一维边值问题来确定共同祖先类型的平稳分布和共同祖先过程的生成器。在带有基因选择的Wright-Fisher扩散的情况下，这个解可以以封闭形式找到，我们的结果补充了Fearnhead（2002）使用祖先选择图获得的结果。我们还观察到，当选择强时，忽略循环突变的近似值会大大低估准确的替代率。此外，尽管我们无法找到具有频率相关选择的模型的闭合形式表达式，但我们仍然可以用数值方法解决相应的边值问题，然后使用该解来计算对共同祖先的替换率。我们通过研究显性对二倍体群体共同祖先过程的影响来说明这种方法。最后，我们证明了该理论可以形式化地推广到具有两个以上遗传背景的扩散模型，但它导致了我们无法求解的奇异偏微分方程组。