Nonparametric Bayesian Bi-Clustering for Next Generation Sequencing Count Data

Yanxun Xu; Juhee Lee; Yuan Yuan; Riten Mitra; Shoudan Liang; Peter Müller; Yuan Ji

doi:10.1214/13-BA822

2013年12月下一代序列计数数据的非参数贝叶斯双聚类

徐彦勋,Juhee Lee公司,袁媛,Riten Mitra公司,梁寿丹,彼得·米勒,袁基

贝叶斯分析。 8(4): 759-780 （2013年12月）。数字对象标识码：10.1214/13-BA822

摘要

组蛋白修饰（HM）通过翻译后修饰在转录中发挥重要作用。HM的组合被称为染色质特征，编码基因调控的特定信息。因此，我们期望对HM可能的聚类进行推断，并基于这种聚类对基因组位置进行注释，可以对调节元件的功能及其与HM组合的关系提供新的见解。我们提出了一种非参数贝叶斯局部聚类泊松模型（NoB-LCP），以便于对HMs和基因组位置的二维聚类进行后验推理。NoB-LCP将HM聚类为HM集，并让每个HM集定义其自己的基因组位置聚类。此外，它概率性地排除了与聚类无关的HM和基因组位置。通过这样做，该模型有效地识别了HM的重要集合，并基于HM模式对具有类似功能的调控元件进行分组。