MOLGENIS目录

特征描述

工具、生物银行、元数据、数据、miabis、开源。

描述

MOLGENIS/catalogue是用于构建生物库和研究目录的通用工具箱，用于BBMRI-NL、EU-BioSHaRE、EU-Bio MedBridges、LifeLines、CTMM/TraIT、Durrer Center、PALGA NL病理学网络。该目录可以包含四个级别的信息：

• 1) 使用BBMRI-ERIC格式的定制或MIABIS标准的生物银行/研究描述；

• 2) 数据元素的数据模式/数据字典；

• 3) 聚合数据/样本可用性计数和；

• 4) 准备好进行分析的个人级数据。

流行病学和遗传分析需要越来越多的数据集；因此，实现来自多个生物银行的数据池变得非常重要。因此，该目录还附带了BiobankConnect，这是一种基于词汇匹配和本体的跨研究和生物库快速匹配数据元素的工具[1]. MOLGENIS/目录建立在开源MOLGENIS平台上[2]并提供预构建组件，允许用户以简单的Excel格式上传数据，并通过Excel文件中的元数据定义支持任何数据模型；以聚合或表格形式可视化数据；通过全面的安全模型安全地共享数据，并集成来自不同域的数据（图1).

图1

用于DeCoDe研究的MOLGENIS/目录数据浏览器。用户可以筛选、聚合和深入查看可用数据。

发展状况

稳定/生产就绪；版本1.2.0。

用户

10个已知装置。

链接

http://github.com/molgenis/molgenis,网址：http://www.molgenis.org,https://www.dropbox.com/s/bez1r4lq5q69o9e/Swartz%20ECRIN%20Dusseldorf%20catalogory%202014_05_26.pptx.pdf.pdf