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研究文章

赛博航天飞机:一个端到端的网络基础设施,以加速科学和工程领域的发现

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出版:2023年9月10日出版历史

摘要

本文介绍了Cybershout,这是一种新型的面向用户的网络基础设施,为研究人员提供了一系列资源的无缝访问,从而提高了他们的生产力。Cybershout Research Environment是基于开源Apache Airavata软件构建的,它使用一种混合方法,将本地部署的代理程序与集中托管的中间件集成在一起。这使得计算科学和工程研究能够跨一系列资源进行端到端的集成,包括用户的本地资源、集中式大学计算和数据资源、计算云和国家科学基金资助的国家级计算中心。为了确保以用户为中心的方法,我们使用最佳的以用户为核心的设计实践来设计科学的用户环境。

工具书类

  1. 阿帕奇航空公司。2023.数据目录。2023年2月27日检索自https://github.com/apache/airavata-data-catalog谷歌学者谷歌学者
  2. 马库斯·克里斯蒂(Marcus Christie)、苏雷什·马鲁(Suresh Marru)、埃罗马·阿贝辛格(Eroma Abeysinghe)、迪穆苏·乌普斯卡(Dimuthu Upeksha)、苏哈卡尔·帕米迪甘塔姆(Sudhakar Pamidighantam)、斯蒂芬·保罗·阿迪特拉(Stephen Paul Adithela)、埃尔多·马。2020年。Apache Airavata基于Django的可扩展门户网站。高级研究计算的实践和经验。160–167.谷歌学者谷歌学者
  3. 拉斐尔·费雷拉·达席尔瓦(Rafael Ferreira da Silva)、亨利·卡萨诺娃(Henri Casanova)、凯尔·查德(Kyle Chard)、伊尔凯·阿尔提塔斯(Ilkay Altintas)、罗莎·巴迪亚(Rosa M Badia)、巴托斯·巴利斯(Bartosz Balis)、泰娜·科尔曼(Taina Coleman)、。科学工作流研究与开发的社区路线图。2021年IEEE支持大规模科学工作流程研讨会(WORKS)。IEEE计算机学会,IEEE计算机协会,密苏里州圣路易斯,81-90。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
  4. 拉斐尔·费雷拉·达席尔瓦(Rafael Ferreira da Silva)、亨利·卡萨诺娃(Henri Casanova)、凯尔·查德(Kyle Chard)、泰恩·科尔曼(TaináColeman)、丹·拉尼(Dan Laney)、东安(Dong Ahn)、香特努·贾(Shantenu Jha)、多兰·豪厄尔(Dorran Howell。工作流社区峰会:推进科学工作流管理系统研究与开发的最新进展。arXiv预打印arXiv:2106.05177(2021)。谷歌学者谷歌学者
  5. Ewa Deelman、Tom Peterka、Ilkay Altintas、Christopher D Carothers、Kerstin Kleese van Dam、Kenneth Moreland、Manish Parashar、Lavanya Ramakrishnan、Michela Taufer和Jeffrey Vetter。2018年,科学工作流的未来。《国际高性能计算应用杂志》32,1(2018),159-175。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
  6. Ron O Dror、Robert M Dirks、JP Grossman、Huafeng Xu和David E Shaw。2012.生物分子模拟:分子生物学的计算显微镜。《生物物理年鉴》41(2012),429–452。谷歌学者谷歌学者
  7. 云本地计算基础。2023年gRPC。检索日期:2023年1月26日网址:https://grpc.io/谷歌学者谷歌学者
  8. Daniel Gustafsson 2019年。通过研究和实施分析双钻石设计过程。(2019).谷歌学者谷歌学者
  9. David Y Hancock、Jeremy Fischer、John Michael Lowe、Winona Snapp-Childs、Marlon Pierce、Suresh Marru、J Eric Coulter、Matthew Vaughn、Brian Beck、Nirav Merchant,2021年。Jetstream2:通过Jetstream加速云计算。高级研究计算的实践和经验。1–8.谷歌学者谷歌学者
  10. 威廉·汉弗莱(William Humphrey)、安德鲁·达尔克(Andrew Dalke)和克劳斯·舒尔滕(Klaus Schulten)。1996年。VMD:可视分子动力学。《分子图形学杂志》14,1(1996),33–38。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
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  12. 斯科特·詹森和贝丝·普莱尔。2008.使用计算科学模式的特征进行工作流元数据管理。2008年IEEE服务大会第一部分IEEE,445-452。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  13. 凯瑟琳·劳伦斯(Katherine A Lawrence)、迈克尔·泽特纳(Michael Zentner。2015.今天和明天的科学门户:近5000名研究团体成员的积极观点。并发与计算:实践与经验27,16(2015),4252–4268。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
  14. Eric H Lee、Jen Xin、Marcos Sotomayor、Gemma Comellas和Klaus Schulten。2009年,通过计算显微镜发现。结构17,10(2009),1295-1306。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
  15. 路易吉·马里尼(Luigi Marini)、英迪拉·古铁雷斯-波罗(Indira Gutierrez-Polo)、罗布·库珀(Rob Kooper)、桑迪普·普汉维提尔·萨提桑(Sandeep Puthanveetil Satheesan)、麦克斯韦尔·伯内特(Maxwell Burnette)、李钟(Jong Lee)。2018.Clowder:针对长尾数据的开源数据管理。《高级研究计算实践和经验会议录》。1–8.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  16. Suresh Marru、Lahiru Gunathilake、Chathura Herath、Patanachai Tangchaisin、Marlon Pierce、Chris Mattmann、Raminder Singh、Thilina Gunarathene、Eran Chinthaka、Ross Gardler,2011年。ApacheAiravata:一个用于分布式应用程序和计算工作流的框架。2011年ACM网关计算环境研讨会论文集。21–28.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  17. Marjan Mernik、Jan Heering和Anthony M Sloane。2005年。何时以及如何开发特定领域的语言。ACM计算调查(CSUR)37、4(2005)、316–344。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  18. 美国国家科学基金会。2023.计算蓝图。2023年2月27日检索自https://www.nsf.gov/cise/oac/vision/blueprint-2019/Overview-Computational.pdf谷歌学者谷歌学者
  19. 詹姆斯·菲利普斯(James C Phillips)、罗斯玛丽·布劳恩(Rosemary Braun)、王伟(Wei Wang)、詹姆斯·甘巴特(James-Gumbart)、埃马德·塔伊霍希德(Emad Tajkhorshid)、伊丽莎白·维拉(Elizabeth Villa)、克里斯托夫·奇波特(Christophe Chipot)、罗伯。2005.NAMD的可伸缩分子动力学。计算化学杂志26,16(2005),1781-1802。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
  20. 马龙·皮尔斯、苏雷什·马鲁、拉赫鲁·古纳提莱克、塞亚卡·阿米拉·卡内瓦拉、拉明德·辛格、萨明达·维杰拉通、查图里·维马拉塞纳、查图拉·赫拉斯、埃兰·钦塔卡、克里斯·马特曼,2014年。Apache Airavata:科学网关框架的设计和方向。2014年第6届科学网关国际研讨会。IEEE,48–54。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  21. 马龙·E·皮尔斯(Marlon E Pierce)、马克·A·米勒(Mark A Miller)、埃姆雷·H·布鲁克斯(Emre H Brookes)、莫娜·黄(Mona Wong)、埃妮斯·阿夫根(Enis Afgan)、刘燕(Yan Liu)、桑德拉·格辛(Sandra Gesing)、梅塔尔·达汉。2018年,迈向科学门户参考架构。在第十届科学网关国际研讨会(IWSG 2018)(2018)上发表的论文。谷歌学者谷歌学者
  22. 伊苏鲁·拉纳瓦卡(Isuru Ranawaka)、努万·古纳塞卡拉(Nuwan Goonasekara)、埃尼斯·阿夫根(Enis Afgan)、吉姆·巴斯尼(Jim Basney)、苏雷什·马鲁(Suresh Marru)和马龙·皮尔斯(。2022.客户机密:管理科学网关用户提供的资源凭据机密的服务。高级研究计算的实践和经验。1–4.谷歌学者谷歌学者
  23. 伊苏鲁·拉纳瓦卡(Isuru Ranawaka)、苏雷什·马鲁(Suresh Marru)、朱利恩·格雷厄姆(Juleen Graham)、奥鲁什·比什特(Aarushi Bisht)、吉姆·巴斯尼(Jim Basney)、特里·弗勒里(Terry Fleury)、杰夫·盖诺(Jeff Gaynor)、迪穆。Custos:科学网关的安全中间件。高级研究计算的实践和经验。278–284.谷歌学者谷歌学者
  24. 乔·维·里贝罗(Joáo V Ribeiro)、拉斐尔·贝尔纳迪(Rafael C Bernardi)、蒂尔·鲁达克(Till Rudack)、约翰·斯通(John E Stone)、詹姆斯·菲利普斯(James C Phillips)、彼得·弗雷多利诺(Peter L Freddolino)和克劳斯·舒尔坦(Klaus Schulten)。2016年,QwikMD-面向新手和专家的集成分子动力学工具包。科学报告6,1(2016),1-14。谷歌学者谷歌学者
  25. 迪奥戈·罗德里格斯(Diogo Rodrigues)、马里亚娜·阿尔梅达(Mariana Almeida)、佩德罗·吉马朗斯(Pedro Guimaráes)和玛丽贝尔·亚斯米娜·桑托斯(Maribel Yasmina Santos)。2022.DataHub和Apache Atlas:数据目录工具的比较分析。(2022).谷歌学者谷歌学者
  26. 阿普瓦南·萨哈(Apurvan Sahay)、阿塞娜·因达穆萨(Arsene Indamutsa)、戴维德·迪·鲁西奥(Davide Di Ruscio)和阿方索·皮兰托尼奥(Alfonso Pierantonio)。2020年。支持对低代码开发平台的理解和比较。2020年,第46届欧洲微型计算机软件工程和高级应用会议(SEAA)。IEEE,171–178。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
  27. 理论和计算生物物理学组。2023.研讨会。2023年2月27日检索自http://www.ks.uiuc.edu/Training/Workshop网站/谷歌学者谷歌学者
  28. IU UITS。2022.智能基础设施。2022年12月15日检索自https://uits.iu.edu/services/intelligent-infrastructure网站谷歌学者谷歌学者
  29. 迪穆图·瓦尼普雷奇、苏雷什·马鲁、马龙·皮奇、埃罗马·阿贝辛格、苏哈卡尔·帕米迪甘塔姆、马库斯·克里斯蒂、古拉夫·谢诺伊、阿金基亚·达姆纳斯卡和拉希鲁·贾亚蒂拉卡。2019.为科学网关实施灵活、容错的作业管理系统。在《高等研究实践和经验汇编》中,计算机论机器的兴起(学习)。1–8.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  30. 迪穆图·瓦尼普雷奇、苏雷什·马鲁和马龙·皮尔斯。2022年。一个捕捉和复制Jupyter笔记本绝对状态的框架。高级研究计算的实践和经验。1–8.谷歌学者谷歌学者
  31. Dimuthu Wannipurage、Isuru Ranawaka、Eroma Abeysinghe、Marcus Christie、Suresh Marru和Marlon Pierce。2021.用于多租户科学网关中间件的多协议、安全和动态数据存储集成框架。arXiv预打印arXiv:2107.03882(2021)。谷歌学者谷歌学者
  32. 维基百科。2022.科学网关。2022年12月15日检索自https://en.wikipedia.org/wiki/Science_gateway网站谷歌学者谷歌学者

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          封面图片ACM会议
          PEARC’23:高级研究计算的实践和经验
          2023年7月
          519页
          国际标准图书编号:9781450399852
          内政部:10.1145/3569951

          版权所有©2023 ACM

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          计算机协会

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          • 出版:2023年9月10日

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