电子低温显微镜（cryo-EM）正在迅速成为X射线结晶学的主要竞争对手，尤其是对于难以或不可能结晶的大型结构。虽然最近引人注目的技术进步已经导致了显著更高分辨率的三维重建，但与晶体学相比，低温电子显微镜地图的平均质量仍处于低分辨率范围的末端。原子模型精细化的一个长期挑战是为这种分辨率体制制作有立体化学意义的模型。这里，证明了包括精确模型几何约束从头算量子化学计算（HF-D3/6-31G）可以改进示例结构（链A类PDB条目的3j63型). 对含有多达7000个原子的附加结构（PDB条目）测试程序的稳健性3a5倍和链条C类PDB条目的5页fn5)使用较便宜的半经验（GFN1-xTB）模型。最新版本的qr.精炼并且在这里进行描述。
