重组LukE蛋白的可溶性形式（以大肠杆菌)和野生型LukD蛋白（表达于金黄色葡萄球菌)将其共同形成葡萄球菌LukE-LukD白细胞毒素，纯化至均匀并使用坐滴蒸发扩散法结晶。LukE的晶体属于太空群我4，带单位-细胞参数一=b条= 134.50,c（c）=64.43º，衍射X射线分辨率为1.6º。LukD的晶体属于空间群P（P）212121，带有单位-细胞参数一= 48.04,b条= 50.99,c（c）=137.40º，衍射分辨率为1.9º。使用LukF-PV结构进行分子替换（PDB条目1磅/加仑)作为模板模型，可以识别LukD数据的初始结构解决方案。对于LukE，解决方案仅包含搜索模型的单个副本（LukS-PV；PDB条目1吨5)发现，尽管单元-细胞参数表明在不对称单元中最多可以容纳三个分子。
