芳香族、亚甲基、甲基、胺和羟基H原子被放置在几何理想位置(C-H=0.93–0.98,N-H=0.86和O-H=0.82º),并被约束在其母原子上U型国际标准化组织(H) =1.2U型等式(C,N个,O(运行)). 水分子O1W和O3W通过较大的热振动进行精炼,随后进行精炼在O1W/O1W'和O3W/O3W'两个位点上发生无序。精炼通过使用各向异性约束和自由变量保持稳定合并以将占用参数细化为一个。可能的hydogen来自傅立叶差分图的坐标不能得到令人满意的细化。Flack参数的改进(Flack,1983)导致了一个非决定性的值(Flack&Bernardinelli,2000),共-10(10)页。通常情况下是这样的轻原子MoK(K)αf”几乎为零的数据。Friedel等价物因此,在使用MERG 4命令进行最终优化之前,将其合并。这个标题化合物的构象是从绝对起始材料的配置。
研究的重点是寻找具有生物活性的天然化合物尿苷和尿嘧啶环的修饰专注于位置5。最新调查示例新药的开发包括例如乙炔基尿苷的合成作为黄病毒科抗病毒药物的衍生物(奥卡尼等。,2006年),尤其是HCV,对其他炔基尿苷类药物作为有效抑制剂的研究分枝杆菌(Rai等。2005年),以及例如尿苷和具有结合亲和力和细胞毒性的雌二醇结合物带有或不带有雌激素受体(Ali,H。等。, 2006).现代合成方法包括通过有机金属化合物,能够引入多种脂族或芳香族性质的取代基。虽然合成和尿苷衍生物的生物活性已被深入研究晶体测量的结构参数,对生物系统中的行为很少被讨论和发表。在本文描述了制备的5-苯基尿苷的结构性质通过铃木偶联5-碘脲和苯硼酸。
几何参数的选择如表1所示。杂环碱部分几乎是平面的,C1的最大偏差为0.019(3)Ω原子。N-糖苷扭转角χ(C1–N1–C1’–O4’)为-169.8(2)°对应于反对的基团部分的取向。糖环,C1'–C2'–C3'–C4'–O4',采用混合扭曲包络三T型2/三E类构象(C3'-外显(exo)/C2’-内幕)具有折叠参数q2=0.384(3)Ω和φ2=64.2(4)°(Cremer&Pople,1975)。构象侧链的扭矩角O5'–C5'–C4'–C3'53.5(3)°,为+供应链.苯基环和尿嘧啶环不是共面的(图1),平均平面之间的二面角为38.02(9)°。这个晶体堆积由氢键网络(表2)决定π-π苯和尿嘧啶之间的相互作用(3.455μl)部分。这种填料沿一承载的轴溶剂分子(图2)。
有关文献,请参阅:Ali等。(2006); 奥卡尼等。(2006); Cremer和Pople(1975);弗莱克(1983);Flack和Bernardinelli(2000);弗林等。(1991); Rai公司等。(2005).
数据收集:KappaCCD服务器软件(诺尼乌斯,1997);单元格细化:DENZO-SMN公司(Otwinowski&Minor,1997);数据缩减:DENZO-SMN公司; 用于求解结构的程序:97新加坡元(阿尔托马雷等。, 1999); 用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,1997);分子图形:钻石(勃兰登堡和普茨,2005年);用于准备出版材料的软件:WinGX公司(Farrugia,1999年)。