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嗜热脂肪地芽孢杆菌T-6是一种革兰氏阳性嗜热土壤细菌,含有一系列降解酶,用于利用植物细胞壁多糖,包括木聚糖、阿拉伯糖和半乳聚糖。一个9.4 kb的基因簇最近在嗜热脂肪肝它编码了许多半乳糖利用元素。该降解系统的关键酶是Gan42B,它是一种细胞内的GH42β-半乳糖苷酶,能够将短β-1,4-半乳糖水解为半乳糖单元,因此在各种生物技术应用中具有很大潜力。Gan42B单体由686个氨基酸组成,根据序列同源性,推测Glu323是催化亲核试剂,Glu159是催化酸碱。在当前的研究中,报道了野生型Gan42B(2.45º分辨率)及其催化突变体E323A(2.50º分辨率,X射线晶体学测定)的详细三维结构。这些结构表明,Gan42B单体的三维结构通常与观察到的GH42蛋白的整体折叠相关,该折叠由三个主要结构域组成:一个N端TIM-相关结构域、一个较小的混合α/β结构域和C端最小的全β结构域。这两个催化残基位于口袋状活性中心的TIM-barrel结构域中,因此它们的羧基官能团彼此相差约5.3º,符合保留机制。晶体结构表明Gan42B是同源三聚体,类似于一般形状的花盆,每个单体与另两个单体相互作用,在中心形成锥形隧道腔。空腔在宽开口处为~35º,在小开口处为~5º,长度为~40º。活性位点位于单体之间的界面,因此每两个相邻单体都参与三聚体三个活性位点中每一个的形成。它们位于锥形隧道的小开口附近,均朝向空腔中心。凝胶渗透色谱的独立结果支持这种三聚结构的生物学相关性。这些数据及其与相关GH42酶的结构数据的比较用于对GH家族的结构-活性方面进行更一般的讨论。

支持信息

PDB参考:甘42B-WT,4oif;甘42B-E323A,5dfa


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