Identification of local variations within secondary structures of proteins

Kumar, P.; Bansal, M.

doi:10.1107/S1399004715003144

蛋白质二级结构局部变异的鉴定

二级结构元件（SSE）在蛋白质折叠中起着重要作用。蛋白质中SSE的鉴定是结构生物学中的一个常见问题。一种新方法，ASSP公司(A类转让S公司次要的S公司中的结构P（P）rotins），仅使用C遍历的路径^α原子已经发展起来了。该算法基于这样一个前提，即蛋白质结构可以分为连续的或均匀的拉伸，拉伸可以根据螺旋参数定义，根据其值，拉伸可以分为不同的SSE，即α-螺旋，3₁₀-螺旋、π螺旋、延伸β链和聚脯氨酸II（PPII）以及其他左手螺旋。使用由1008条蛋白质链组成的蛋白质数据集的这些参数的无偏聚类对该方法进行了验证，这表明有七个定义明确的聚类与不同的SSE相关。除了α-螺旋和延伸的β-链，3₁₀-螺旋和π螺旋也大量出现。ASSP公司能够区分非α螺旋段和侧翼α螺旋段，后者通常被其他算法识别为α螺旋的一部分。ASSP公司还可以识别新的SSE。人们相信ASSP公司可以更好地理解蛋白质二级结构的细微差别，并对更好地理解相对较少出现的结构基序做出重要贡献。同时，它有助于识别新的SSE。适用于Linux和Windows操作系统的程序的独立版本可以免费下载，web服务器版本也可以在http://nucleix.mbu.iisc.ernet.in/assp/index.php.

关键词：ASSP公司;π-螺旋;聚脯氨酸II（PPII）螺旋;螺旋轮;接线图;蛋白质二级结构.

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