响应调节剂CheY与CheA的新晶体结构124–257已确定其在激酶CheA中的结合域。在所有晶体形式中，异二聚体界面上的分子相互作用是相同的。用乙酰磷酸盐作为CheY的磷供体对晶体进行了浸泡实验。从电子密度看不到CheY的Asp57上附着的磷酰基，但CheY–CheA中的响应调节器124–257复合物可能经历了磷酸化-去磷酸化过程。水分子的分布和活性位点的几何形状发生了变化，现在与孤立的CheY相似。在第二次浸泡实验中，使用了磷酸化反应抑制剂亚胺二磷酸。该化合物在活性位点附近结合，靠近第一α-螺旋的N末端部分。总之，这些结果表明CheY与CheA的结合124–257生成有利于磷酸化的活性位点的几何结构，并且亚胺二磷酸通过阻止该区域的结构变化而干扰磷酸化。
