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噬菌体PP7的结构来自铜绿假单胞菌分辨率为3.7º。获得了三种形式的三斜晶,衍射分辨率在4.5到3.4º之间。晶体的质量非常差,导致了对记录图像的评估出现问题,最终数据集对于蛋白质晶体的标准似乎没有用处。在所有晶体形式中,单位细胞包含两个二十面体粒子,提供120倍的非晶体学对称性。对于两种晶体形式,使用自转函数计算粒子取向。不对称单元中的两个粒子具有非常相似但不同的取向。第二个粒子的位置是使用Patterson函数找到的。以相关噬菌体MS2为模型,计算初始相至15º分辨率。进行了实时平均,相位从15º分辨率扩展到数据极限。通过仅使用分辨率范围为7-3.7º的“高”分辨率数据,可以确定大多数侧链的位置,地图得到了显著改进。分辨率为7-3.7º的地图质量更好,可能是由于卫星晶体的存在。在平均过程中使用相关系数改进第二个粒子的位置,通过小步移动粒子来监测细化情况。

支持信息

PDB参考:噬菌体PP7,1dwn


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