A neutron diffraction study of xylitol: derivation of mean square internal vibrations for H atoms from a rigid-body description

Madsen, A.Ø.; Mason, S.; Larsen, S.

doi:10.1107/S010876810301557X

木糖醇的中子衍射研究：从刚体描述推导H原子的均方内振动

木糖醇（C）的中子衍射研究₅哦₅H（H）₁₂)呈现。分析了核各向异性位移参数，表明碳氧骨架符合刚体（TLS）描述。将此TLS模型应用于木糖醇H原子可以表征H核的内部分子位移，假设观测到的H核均方位移是内部位移和刚体位移的总和。对于化学当量的H原子，这些内部分子位移非常相似，并且与其他方法获得的值非常一致。在所有情况下，剩余均方位移张量的最小特征向量几乎平行于X（X）-H键。使用从头计算获得木糖醇内部振动的计算令人沮丧。从文献中提取的另外12个结构已通过中子衍射进行了研究，并进行了类似的分析。在低温下研究的九种化合物的结果与木糖醇的结果一致，并提供了在一系列化学环境中H原子内部振动的估计。

关键词：中子衍射;内部振动;刚体描述。

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支持信息

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CCDC参考：223330

计算详细信息顶部

细胞细化：rafd9；数据简化：赛车；用于求解结构的程序：SHELXL公司; 用于优化结构的程序：VALRAY（Stewart等。, 2000); 分子图形：ORTEP公司; 用于准备出版材料的软件：铂（斯佩克，1990年）。

数字顶部

（安德斯）顶部

水晶数据顶部

C类₅H（H）₁₂哦₅	D类_x个=1.540毫克⁻^三
M（M）_第页= 152.15	熔点=93–94.9 K
正交各向异性，P（P）2₁2₁2₁	中子辐射，λ= 0.83950 Å
大厅符号：P2ac 2ab	2917次反射的细胞参数
一= 8.2660 (4) Å	θ=3.8–45.3°
b条= 8.8977 (4) Å	µ=0.27毫米⁻¹
c（c）= 8.9116 (4) Å	T型=122 K
V（V）= 655.43 (5) Å^三	无色棱镜
Z轴= 4	2.5×2.0×0.9毫米
F类(000) = 328

数据收集顶部

四个圆衍射仪	R（右）_整数= 0.041
铜220透射几何单色仪	θ_最大值= 45.3°,θ_最小值= 3.8°
%T耦合${\w}–x\q$–扫描宽度介于1.2和4.5之间$^{^χ^irc}$和$1^λ^等式x^λ^{等式2美元。}	小时=⁻¹³^→^三
吸收校正：积分数据处理程序	k个=⁻^三^→¹⁵
T型_最小值= 0.132,T型_最大值= 0.223	我=⁻¹⁵^→¹⁰
2917测量反射	每100次反射中有2次标准反射
1911年独立思考	强度衰减：无
1831次反射我> 2^σ^(我)

精炼顶部

优化于F类²	氢位置：结构-变量直接法
最小二乘矩阵：完整	所有氢原子参数均已细化
水风险(F类²) = 0.054	基于测量s.u.的加权方案w个= 1/σ²(F类_o个²)
S公司= 1.47	(Δ/σ)_最大值< 0.001
1911年的反思	Δρ_最大值=1.81埃⁻^三
200个参数	Δρ_最小值=−1.23埃⁻^三
0个约束	消光校正：Becker-Coppens 1型各向同性洛伦兹。，Spackman，M.A.（1987），《应用晶体学杂志》，20:256-258
0个约束	消光系数：12892（154）
主原子位置定位：结构-变量直接方法

水晶数据顶部

C类₅H（H）₁₂哦₅	V（V）= 655.43 (5) Å^三
M（M）_第页= 152.15	Z轴= 4
正交各向异性，P（P）2₁2₁2₁	中子辐射，λ= 0.83950 Å
一= 8.2660 (4) Å	µ=0.27毫米⁻¹
b条= 8.8977 (4) Å	T型=122 K
c（c）= 8.9116 (4) Å	2.5×2.0×0.9毫米

数据收集顶部

四个圆衍射仪	1831次反射我> 2σ(我)
吸收校正：积分数据处理程序	R（右）_整数= 0.041
T型_最小值=0.132，T型_最大值= 0.223	每100次反射中有2次标准反射
2917测量反射	强度衰减：无
1911年独立思考

精炼顶部

水风险(F类²) = 0.054	0个约束
S公司= 1.47	所有氢原子参数均已细化
1911年的反思	Δρ_最大值=1.81埃⁻^三
200个参数	Δρ_最小值=−1.23埃⁻^三

特殊细节顶部

几何图形粘合距离、角度等等.已使用四舍五入的分数坐标进行计算。所有e.s.d.都是根据（完全）方差-方差矩阵的方差来估计的。在估计距离、角度和扭转角时考虑了单元e.s.d

精炼.对F的细化^{2表示所有反射。加权R系数wR和所有拟合优度S均基于F}2，传统的R系数R基于F，对于负F，F设置为零²

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数²) 顶部

	x个	年	z（z）	U型_{国际标准化组织}*/U型_等式
O1公司	0.67826（10）	0.22884 (10)	0.42178 (9)	0.0099 (2)
氧气	0.61461 (10)	0.43594 (10)	0.18273 (10)	0.0100 (2)
臭氧	0.31823 (11)	0.43108 (10)	0.04011 (10)	0.0096 (2)
O4号机组	0.22887 (10)	0.12960 (10)	0.10839 (10)	0.0096 (2)
O5公司	−0.08866（10）	0.20517 (11)	0.21646 (10)	0.0114 (2)
C1类	0.52470 (9)	0.29389 (9)	0.39045 (8)	0.0092 (1)
指挥与控制	0.50050 (8)	0.32283 (8)	0.22439 (7)	0.0074 (1)
C3类	0.32774 (8)	0.37534 (8)	0.18980 (8)	0.0078 (1)
补体第四成份	2008年10月20日（8）	0.25179 (8)	0.20983 (8)	0.0075 (1)
C5级	0.03186 (8)	0.31486（9）	0.18585 (9)	0.0101 (2)
甲型H1A	0.5127 (3)	0.4016 (2)	0.4520 (2)	0.0271 (5)
H1B型	0.4318 (2)	0.2168 (3)	0.4333 (2)	0.0275 (5)
氢气	0.5262 (2)	0.2190 (2)	0.1611 (2)	0.0205 (4)
H3级	0.2979 (2)	0.46794（19）	0.26822 (19)	0.0201（4）
H4型	0.2073 (2)	0.2095 (2)	0.32600 (18)	0.0212 (4)
H5A型	0.0131 (3)	0.4103 (2)	0.2618 (3)	0.0314（5）
H5B型	0.0197 (2)	0.3565 (2)	0.0695 (2)	0.0265 (5)
H11型	0.7560 (2)	0.2432（2）	0.3376 (2)	0.0216 (4)
H12型	0.6521 (2)	0.4163 (2)	0.0805 (2)	0.0249（5）
H13型	0.3268 (2)	0.54153 (19)	0.0450 (2)	0.0220 (4)
H14型	0.2766 (2)	0.0490 (2)	0.1667 (2)	0.0248 (4)
H15型	−0.1183 (2)	0.1567 (2)	0.1209 (2)	0.0240 (4)

原子位移参数（²) 顶部

	U型¹¹	U型²²	U型³³	U型¹²	U型¹³	U型²³
O1公司	0.0086 (3)	0.0138 (4)	0.0073 (3)	0.0010（3）	−0.0003 (3)	0.0003 (3)
氧气	0.0097 (3)	0.0118 (3)	0.0086 (3)	−0.0032 (3)	−0.0003 (3)	−0.0007 (3)
臭氧	0.0119 (3)	0.0103 (3)	0.0065 (3)	0.0004 (3)	−0.0001 (3)	0.0006 (3)
O4号机组	0.0101 (3)	0.0091 (3)	0.0097 (3)	0.0016（3）	−0.0020 (3)	−0.0015 (3)
O5公司	0.0080 (3)	0.0154 (4)	0.0108 (3)	−0.0015 (3)	0.0016（3）	−0.0016 (3)
C1类	0.0079 (2)	0.0128 (3)	0.0068 (2)	0.0002 (2)	0.0004 (2)	0.0000 (2)
指挥与控制	0.0077 (2)	0.0083 (2)	0.0062 (2)	−0.0001 (2)	−0.0001 (2)	−0.0012 (2)
C3类	0.0072 (2)	0.0085 (2)	0.0076 (2)	0.0004 (2)	−0.0002 (2)	−0.0009 (2)
补体第四成份	0.0068 (2)	0.0097 (3)	0.0060 (2)	0.0001 (2)	−0.0006（2）	−0.0008 (2)
C5级	0.0073 (2)	0.0105 (3)	0.0125 (3)	0.0010（2）	−0.0001 (2)	−0.0013 (2)
甲型H1A	0.0316 (8)	0.0253 (8)	0.0243 (8)	0.0081 (7)	−0.0024 (8)	−0.0112 (7)
H1B型	0.0184 (7)	0.0379 (10)	0.0262 (8)	−0.0070 (7)	0.0017 (6)	0.0123 (8)
氢气	0.0190 (6)	0.0181 (6)	0.0244 (7)	0.0013 (6)	0.0011 (6)	−0.0072（6）
H3级	0.0226 (7)	0.0175 (6)	0.0203 (7)	0.0023 (6)	−0.0004 (6)	−0.0066 (6)
H4型	0.0230 (7)	0.0266 (8)	0.0139（6）	−0.0004 (6)	−0.0008 (6)	0.0048 (6)
H5A型	0.0240 (8)	0.0246 (8)	0.0457 (11)	0.0024 (7)	0.0037 (8)	−0.0181 (8)
H5B型	0.0228 (7)	0.0304（9）	0.0264 (8)	−0.0001 (7)	−0.0053 (7)	0.0112 (7)
H11型	0.0160 (6)	0.0297 (8)	0.0192 (7)	−0.0012（6）	0.0045 (6)	0.0034 (7)
H12型	0.0265 (8)	0.0282 (8)	0.0199 (8)	−0.0047 (7)	0.0071 (6)	−0.0019 (7)
H13型	0.0297（8）	0.0155 (6)	0.0207 (7)	−0.0010 (6)	0.0010（7）	0.0023 (6)
H14型	0.0313 (8)	0.0174 (7)	0.0258 (8)	0.0086 (7)	−0.0030 (7)	0.0014 (6)
H15型	0.0255 (8)	0.0258 (8)	0.0206 (7)	−0.0064 (7)	0.0002 (6)	−0.0070 (7)

几何参数（λ，º）顶部

O1-C1型	1.4227 (11)	C2-C3型	1.5338 (9)
氧气-C2	1.4284 (11)	C3-C4型	1.5301（10）
臭氧-C3	1.4254 (11)	C4-C5型	1.5202 (10)
O4-C4	1.4328 (11)	C1-H1A型	1.109（2）
O5-C5型	1.4211 (12)	C1-H1B型	1.098 (2)
O1-H11型	0.9960 (19)	C2-H2型	1.1031 (19)
氧气-H12	0.978 (2)	C3-H3型	1.1082 (18)
臭氧-H13	0.9863 (19)	C4-H4型	1.1028 (18)
O4-H14型	0.970 (2)	C5-H5A型	1.097 (2)
O5-羟色胺15	0.986 (2)	C5-H5B型	1.106 (2)
C1-C2类	1.5154 (10)

O1··O2	2.8654 (12)	H1A··H14^v（v）	2.423 (3)
O1··O5^我	2.6654 (12)	H1B··C4	2.7764 (19)
O1··C1^ii（ii）	3.3229 (11)	H1B··H4	2.089（2）
O1··C4^ii（ii）	3.2927 (11)	H1B···O1^x个	2.5088 (19)
O1··C3^三	3.2991 (11)	H1B··H11^x个	2.531 (2)
O1··O3^三	2.6712 (13)	H1B··O2^三	2.732 (3)
O2··O5^我	3.2129 (12)	H1B··H13^三	2.540 (3)
O2··O3	2.7603 (12)	H2··O4	2.6256 (19)
O2··O4^iv（四）	2.8218（13）	H2··H11	2.476 (2)
O2··O4^v（v）	2.8475 (12)	H2··H14	2.559 (2)
O2··O1	2.8654 (12)	H2··H5B^iv（四）	2.163 (3)
氧气··C4^v（v）	3.3381 (11)	H3··H1A	2.487 (3)
O3··O5^iv（四）	2.7000 (13)	H3··H5A	2.410 (3)
O3··O1^v（v）	2.6712 (13)	H3···O3^xi（西）	2.7567（19）
O3··O2	2.7603 (12)	H3···O1^v（v）	2.8801 (19)
O3··O4	2.8481 (13)	H3··O5^{xii（十二）}	2.7323 (19)
O4··O5	2.8755 (12)	H3··H15^{xii（十二）}	2.450 (2)
O4··O2^{不及物动词}	2.8218（13）	H4··C1	2.7887 (18)
O4··O3	2.8481 (13)	H4··H1B	2.089 (2)
O4··O2^三	2.8475 (12)	H4··O1^x个	2.3261 (18)
O5··O3^{不及物动词}	2.7000 (13)	H4··C1^x个	2.9435 (18)
O5··O1^七	2.6654 (12)	H4··O2^三	2.846 (2)
O5··O4	2.8755（12）	H5A··H3	2.410 (3)
O5··O2^七	3.2129 (12)	H5A··O5^{xii（十二）}	2.704 (2)
O1··H1B^ii（ii）	2.5088 (19)	H5A··H15型^{xii（十二）}	2.580 (3)
O1··H13^三	1.6932 (19)	H5B···O3型	2.5687 (19)
O1··H4^ii（ii）	2.3261 (18)	H5B··H1A^{viii（八）}	2.408 (3)
O1···H3^三	2.8801 (19)	H5B··O4^{不及物动词}	2.8823 (19)
氧气··H11	2.492 (2)	H5B··C2型^{不及物动词}	3.0709 (19)
氧气··H4^v（v）	2.846（2）	H5B··H2^{不及物动词}	2.163 (3)
氧气··H14^v（v）	1.903（2）	H11··O2	2.492 (2)
氧气··H1B^v（v）	2.732 (3)	H11··O5^我	1.7113 (19)
氧气··H13	2.8371 (19)	H11··C5^我	2.7267 (18)
臭氧··H3^{viii（八）}	2.7567 (19)	H11··H2	2.476 (2)
臭氧··H12	2.7862 (19)	H11··H15^我	2.324 (2)
臭氧··H5B	2.5687 (19)	H11··H1B^ii（ii）	2.531 (2)
臭氧··H15^iv（四）	1.716 (2)	H11··H13^三	2.187 (2)
O4··H12^{不及物动词}	1.845 (2)	H12··O3	2.7862 (19)
O4··H2	2.6256（19）	H12··O4^iv（四）	1.845 (2)
O4··H15	2.8820 (19)	H12··C4^iv（四）	3.0155 (19)
O4··H5B^iv（四）	2.8823 (19)	H12··H14^iv（四）	2.451 (2)
O5··H11^七	1.7113 (19)	H13··O2	2.8371 (19)
O5···H3^九	2.7323 (19)	H13··H15^iv（四）	2.346 (2)
O5··H5A^九	2.704 (2)	H13···O1^v（v）	1.6932（19）
C1···O1^x个	3.3229 (11)	H13··C1^v（v）	2.6229 (19)
C3··O1^v（v）	3.2991 (11)	H13··H1B^v（v）	2.540 (3)
C4··O1^x个	3.2927 (11)	H13··H11^v（v）	2.187 (2)
C4··O2^三	3.3381 (11)	H14··H2	2.559（2）
C1··H4	2.7887 (18)	H14··H12^{不及物动词}	2.451（2）
C1··H14^v（v）	2.8477 (19)	H14··O2^三	1.903 (2)
C1··H13^三	2.6229 (19)	H14··C1^三	2.8477 (19)
C1··H4^ii（ii）	2.9435 (18)	H14··C2^三	2.8959 (19)
C2··H14^v（v）	2.8959 (19)	H14··H1A^三	2.423 (3)
C2··H5B^iv（四）	3.0709 (19)	H15··O4	2.8820 (19)
C3··H15^iv（四）	2.8190 (19)	H15··H11^七	2.324 (2)
C4··H12^{不及物动词}	3.0155 (19)	H15···O3^{不及物动词}	1.716 (2)
C4··H1B	2.7764 (19)	H15··C3^{不及物动词}	2.8190 (19)
C5··H11^七	2.7267 (18)	H15··H13^{不及物动词}	2.346 (2)
H1A···H3	2.487 (3)	H15···H3^九	2.450 (2)
H1A··H5B^xi（西）	2.408 (3)	H15··H5A^九	2.580 (3)

C1-O1-H11型	112.06 (12)	C2-C1-H1A型	108.93 (11)
C2-O2-H12型	108.99 (13)	C2-C1-H1B型	110.70（11）
C3-O3-H13	107.54 (13)	H1A-C1-H1B型	107.78 (18)
C4-O4-H14型	106.80 (13)	氧气-C2-H2	109.27 (11)
C5-O5-H15	108.00 (13)	C1-C2-H2	109.37 (11)
O1-C1-C2	112.24 (6)	C3-C2-H2	109.37 (10)
氧气-C2-C3	110.36 (6)	臭氧-C3-H3	108.62（11）
C1-C2-C3	111.77 (6)	C2-C3-H3型	107.88 (10)
氧气-C2-C1	106.64 (6)	C4-C3-H3型	107.94（10）
臭氧-C3-C4	108.74 (6)	O4-C4-H4型	109.00 (11)
C2-C3-C4型	113.34 (6)	C3-C4-H4型	108.74 (11)
臭氧-C3-C2	110.21 (6)	C5-C4-H4	107.61 (10)
C3至C4-5	110.38 (6)	O5-C5-H5A型	108.31 (14)
O4-C4-C3型	111.13 (6)	O5-C5-H5B型	110.27 (11)
O4至C4-5	109.88 (6)	C4-C5-H5A型	109.20 (14)
O5-C5-C4型	111.32 (7)	C4-C5-H5B型	109.82 (10)
O1-C1-H1A型	109.54 (14)	H5A-C5-H5B型	107.84 (17)
O1-C1-H1B型	107.55 (13)

O1-C1-C2-O2	−66.06 (8)	臭氧-C3-C4-O4	60.62 (8)
O1-C1-C2-C3	173.25（7）	O3-C3-C4-C5	−61.57 (8)
O2-C2-C3-O3	49.43 (8)	C2-C3-C4-O4	−62.32 (8)
O2-C2-C3-C4	171.56 (6)	C2-C3-C4-C5型	175.50 (6)
C1-C2-C3-O3	167.93 (7)	O4-C4-C5-O5型	62.08 (9)
C1-C2-cc-C4	−69.94 (8)	C3-C4-C5-O5	−175.00 (7)

对称代码：（i）x个+1,年，z（z）; （ii）x个+1/2,−年+1/2,−z（z）+1; （iii）−x个+1,年−1/2,−z（z）+1/2; （iv）x个+1/2,−年+1/2,−z（z）; （v）−x个+1,年+1/2,−z（z）+1/2; （vi）x个−1/2,−年+1/2,−z（z）; （vii）x个−1,年，z（z）; （viii）−x个+1/2,−年+1,z（z）−1/2; （ix）−x个，年−1/2,−z（z）+1/2; （x）x个−1/2，−年+1/2,−z（z）+1; （十一）−x个+1/2,−年+1,z（z）+1/2; （十二）−x个，年+1/2,−z（z）+1/2.

氢键几何形状（λ，º）顶部

D类-H（H）···A类	D类-H（H）	H（H）···A类	D类···A类	D类-H（H）···A类
O1-H11··O2	0.9960 (19)	2.492 (2)	2.8654 (12)	101.70 (12)
O1-H11··O5^我	0.9960 (19)	1.7113 (19)	2.6654 (12)	159.04 (17)
O2-H12··O4^iv（四）	0.978 (2)	1.845（2）	2.8218 (13)	176.90 (17)
O3-H13···O1^v（v）	0.9863 (19)	1.6932（19）	2.6712 (13)	170.66 (17)
O4-H14··O2^三	0.970 (2)	1.903 (2)	2.8475 (12)	164.00 (17)
O5-H15···O3^{不及物动词}	0.986 (2)	1.716 (2)	2.7000 (13)	176.22 (17)
C1-H1型B类···O1公司^x个	1.098 (2)	2.5088 (19)	3.3229 (11)	129.99（18）
C4-H4··O1^x个	1.1028 (18)	2.3261 (18)	3.2927 (11)	145.24 (14)

对称代码：（i）x个+1,年，z（z）; （iii）−x个+1,年−1/2,−z（z）+1/2; （iv）x个+1/2,−年+1/2,−z（z）; （v）−x个+1,年+1/2,−z（z）+1/2; （vi）x个−1/2,−年+1/2,−z（z）; （x）x个−1/2,−年+1/2,−z（z）+1.

实验细节

水晶数据
化学配方	C类₅H（H）₁₂哦₅
M（M）_第页	152.15
晶体系统，空间组	正交各向异性，P（P）2₁2₁2₁
温度（K）	122
一，b条，c（c）(Å)	8.2660 (4), 8.8977 (4), 8.9116 (4)
V（V）(Å^三)	655.43 (5)
Z轴	4
辐射类型	中子，λ= 0.83950 Å
µ（毫米⁻¹)	0.27
晶体尺寸（mm）	2.5 × 2.0 × 0.9

数据收集
衍射仪	四个圆衍射仪
吸收校正	集成数据处理程序
T型_最小值，T型_最大值	0.132, 0.223
测量、独立和观察到的[我> 2σ(我)]反射	1911年2月17日、1831年
R（右）_整数	0.041
（罪θ/λ)_最大值(Å⁻¹)	0.847

精炼
R（右）[F类²> 2σ(F类²)],水风险(F类²),S公司	?, 0.054, 1.47
反射次数	1911
参数数量	200
氢原子处理	所有氢原子参数均已细化
Δρ_最大值, Δρ_最小值（eó）⁻^三)	1.81,−1.23

计算机程序：rafd9、racer、，SHELXL公司、VALRAY（斯图尔特等。, 2000),ORTEP公司，铂（斯佩克，1990年）。

选定的几何参数（λ，º）顶部

O1-C1型	1.4227 (11)	O4-C4	1.4328 (11)
氧气-C2	1.4284（11）	O5-C5型	1.4211 (12)
臭氧-C3	1.4254 (11)

O1-C1-C2	112.24 (6)	臭氧-C3-C2	110.21 (6)
氧气-C2-C3	110.36 (6)	O4-C4-C3型	111.13 (6)
氧气-C2-C1	106.64 (6)	O4-C4-C5型	109.88 (6)
臭氧-C3-C4	108.74（6）	O5-C5-C4型	111.32 (7)

氢键几何形状（λ，º）顶部

D类-H（H）···A类	D类-H（H）	H（H）···A类	D类···A类	D类-H（H）···A类
O1-H11··O2	0.9960 (19)	2.492（2）	2.8654 (12)	101.70 (12)
O1-H11··O5^我	0.9960 (19)	1.7113 (19)	2.6654 (12)	159.04 (17)
O2-H12··O4^ii（ii）	0.978 (2)	1.845 (2)	2.8218 (13)	176.90 (17)
O3-H13···O1^三	0.9863 (19)	1.6932 (19)	2.6712 (13)	170.66（17）
O4-H14··O2^iv（四）	0.970 (2)	1.903 (2)	2.8475 (12)	164.00 (17)
O5-H15···O3^v（v）	0.986 (2)	1.716 (2)	2.7000 (13)	176.22 (17)
C1-H1B···O1^{不及物动词}	1.098 (2)	2.5088 (19)	3.3229 (11)	129.99（18）
C4-H4··O1^{不及物动词}	1.1028 (18)	2.3261 (18)	3.2927（11）	145.24 (14)

对称代码：（i）x个+1,年，z（z）; （ii）x个+1/2,−年+1/2,−z（z）; （iii）−x个+1,年+1/2,−z（z）+1/2; （iv）−x个+1,年−1/2,−z（z）+1/2; （v）x个−1/2,−年+1/2,−z（z）; （vi）x个−1/2,−年+1/2,−z（z）+1.

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