结晶信息文件(CIF)https://doi.org/10.107/S0108270109015650/gd3283sup1.cif 包含全局数据块I
结构系数文件(CIF格式)https://doi.org/10.107/S010827010915650/gd3283Isup2.hkl 包含数据块I
CCDC参考:742182
链霉素{N个,N个'''-[(1S公司,3对,4S公司,6对)-2,4,5,6-四羟基环己烷-1,3-二基]二胍}是氨基糖苷类抗生素如链霉素、二氢链霉素和蓝霉素。链霉素是环己烷的衍生物,被取代具有四个羟基和两个碱性胍基团被证明是八个人之一中尺度的的形式1,3-二胍基-2,4,5,6-四羟基环己烷(卡特等。,1947).链霉素引起的坂口反应由链霉素引起,当胍基在碱性溶液中形成强烈的红色时用…处理α-萘酚和次氯酸钠;这是一个定性测试精氨酸,无论是游离的还是在蛋白质中结合的。电测法盐酸链霉素的滴定表明它是一种很强的碱(油炸等。, 1946).
Streptidine是一种“诱饵受体”,可使链霉素恢复抵抗大肠杆菌拉紧氨基糖苷修饰酶6的过度表达-O(运行)-腺苷酸转移酶。这可能是设计更多氨基糖苷修饰酶的有效“诱饵受体”(拉托尔et(等)阿尔。, 2007). 链霉素是一种代谢物,但不是抗生素自身。它是长期使用抗生素后耳毒性的潜在因素因为它是内耳的损伤剂(梅扎&格拉纳多斯,2005年)。该化合物的唯一先前结构研究雇佣X射线粉末衍射(Rose,1954)。这里,我们报告一个单晶学习100 K下标题化合物(I)(图1)的含量。
(I)的硫酸盐阴离子带双电荷,但水分子不带双电荷质子化。晶体结构的计量学要求链霉菌阳离子携带两个正电荷,位于胍基。这些群体的平面性及其相对紧密性硫酸根阴离子表明它们实际上必须被质子化。这个硫酸根阴离子在两组原子位置上无序,占据率为0.795(4)和0.205(5)。
中心环己烷环采用经典的椅子构象。所有H原子占据轴向位置,而羟基和质子化胍基团占据赤道位置。链霉菌肽以阳离子形式存在质子化在C上═两个胍片段中的NH N原子。相同的链霉素肟的晶体结构中发现质子化类型四水硒酸盐(奈德尔等。, 1978). 根据这个结果,这个C-NH上的质子化2拉托雷提出的streptidine组等。(2007)似乎不正确。
在两个胍部分中,N原子都具有平面几何结构。C-N键长度范围为1.320–1.347º,介于两倍(1.28º;标准值参考?)和单个(1.47º;参考标准值?)键,表示双原子的离域C类═N键超过所有三个C-N键。两个胍基,N1–N3/C7和N4–N6/C8的平面度分别在0.003(3)和0.006(3)°以内。这个中心环己烷环(C1–C6)和胍部分为112.3(1)(N1–N3/C7平面)和100.8(1)°(N4–N6/C8)。为了进行比较,链霉素中各自的二面角四水硒酸肟为97.5°和109.2°(奈德等。,1978).
(I)的晶体结构由N-H··O和O-H··O氢稳定键和静电相互作用。分子排列成双基于氢键的螺旋,其中一个是链霉菌阳离子,第二个是链球菌阳离子硫酸盐阴离子和水分子(图2)。螺旋线之间,O-H··O和N-H··O氢键发生,三维氢键结合网络是通过整个晶体结构建立起来的。氢键将硫酸盐阴离子、链霉素阳离子和水分子连接起来总结如表1所示,如图3所示。所有氢的几何形状债券在可接受的范围内(Desiraju&Steiner,1999)。这个链霉菌属阳离子参与156[15 ?]O-H··O和N-H··O型,具有相邻的链霉菌阳离子(三键)、水分子(两个键)和硫酸根离子(十个键)。硫酸盐阴离子接受八个氢键来自链肽阳离子,一个氢键来自水分子。最后,水分子涉及四个O-H··O键,两个一个链霉菌阳离子作为受体,两个链霉菌阴离子作为受体捐赠者。链霉素阳离子中没有分子内氢键。
链霉菌素晶体是在试图使分子结晶时获得的硫酸链霉素与对-磺基杯[4]芳烃水溶液[请简要说明数量、反应条件等].由于链霉素的酸性水解链霉素和双氢链球菌胺,而不是所需的复合物获得了一水硫酸链霉菌素晶体(I)。
由于硫酸盐阴离子的几何形状不太令人满意,SADI指令在里面SHELXL公司程序的应用是为了使键长合理化。次成分氧原子的各向异性位移参数无序阴离子与主离子的相应原子保持一致组件。所有的H原子都位于差异图中。连接到C原子上的H原子是然后被视为处于几何计算位置的骑乘原子,C-H=1.00º,以及U型国际标准化组织(H) =1.5U型等式(C) ●●●●。对于与N键合的H原子或O原子,用U型国际标准化组织(H)=1.2U型等式(N) 和1.5U型等式(O) ,给出范围内的距离N-H=0.79(4)–0.94(4)奥,O-H=0.78(5)–0.93(5)奥。弗里德尔对立双方保持一致,高射炮的价值x个参数(Flack,1983)证实,太空小组P(P)三2.
数据收集:收集(诺尼乌斯,1998);单元格细化:DENZO公司(Otwinowski&Minor 1997)和电子秤组件(Otwinowski&Minor)1997); 数据缩减:DENZO公司(Otwinowski&Minor 1997)和电子秤组件(Otwinowski&Minor,1997); 用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008);用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008);分子图形:ORTEP-3公司(Burnett&Johnson,1996);用于准备出版材料的软件:公共CIF(Westrip,2009)。
几何图形.所有esd(两个l.s.平面之间二面角中的esd除外)使用全协方差矩阵进行估计在估计esd的距离、角度时单独考虑和扭转角;细胞参数中esd之间的相关性仅为当它们由晶体对称性定义时使用。近似(各向同性)细胞esd的处理用于估计涉及l.s.平面的esd。
精炼.F的细化2对抗所有反射。加权R系数wR和拟合优度S基于F2,基于传统R系数R在F上,对于负F,F设置为零2。的阈值表达式F类2>2西格玛(F2)仅用于计算R系数(gt)等与优化反射的选择无关。基于R因素在F上2在统计学上大约是基于F和R的值的两倍-基于所有数据的因素将更大。
实验细节
计算机程序:收集(诺尼乌斯,1998),DENZO公司(Otwinowski&Minor 1997)和电子秤组件(Otwinowski&Minor)1997),DENZO公司(Otwinowski&Minor 1997)和电子秤组件(Otwinowski&Minor,1997),SHELXS97标准(谢尔德里克,2008),SHELXL97型(谢尔德里克,2008),ORTEP-3公司(伯内特和约翰逊,1996),公共CIF(Westrip,2009)。