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天然化合物5,10-二羟基-2,2-二甲基吡喃[3,2-b条]?黄原-6(2H(H))-一个(6-脱氧-雅卡鲁宾),C18H(H)14O(运行)5,从宽叶紫苏(古铁虫科)。该化合物有四个六元环。分子中有两个平面苯并环和一个平面吡喃环,再加上一个扭曲椅子构象的吡喃圈。晶体由一个分子内和一个分子间氢键稳定。

支持信息

到岸价

结晶信息文件(CIF)https://doi.org/10.107/S0108270101009246/da1189sup1.cif
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香港特别行政区

结构系数文件(CIF格式)https://doi.org/10.107/S0108270101009246/da1189Isup2.hkl
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CCDC参考:173384

注释顶部

标题化合物是一种天然黄原酮。黄原酮是杂环具有许多药理学应用的系统(桑托斯等。,2000). 它是从Vismia Latifolia Choisy(Syn.Hypericum)中分离出来的拉丁叶)。本物种属于Guttiferae科,亚科Hypericoidee和Vismieae部落,是巴伊亚州常见的树州(巴西)称为pau-de-sangue。这种植物广泛用于传统作为滋补剂和退热剂的药物(Corréa,1978)。以前的作品有报告了几种黄原酮、萜类、二苯甲酮的存在,维希米属植物(桑托斯)中的黄酮类和蒽类化合物等。,2000b条; 桑托斯等。, 1999; Nagem和De Oliveira,1997年;佩雷斯&Nagem,1997年;Nagem&Alves,1995年;Nagem&Ferreira,1993年;德尔·莫纳切et(等)阿尔。,1983年)。

作为格特虫科(盲蝽属)化学分类学研究的一部分,我们有确定了化合物的结构,称为6-脱氧雅卡鲁宾(I)。我们通过光谱方法(UV、EI-MS、H-1个和C-2013年核磁共振)和γ-吡喃经X射线数据证实。这种化合物是Jackson首次从猪蹄中分离得到等。(1969). 被描述为对抗Postia胎盘的抗真菌药物(ReyesChilpaet(等)阿尔。(1997)和黄瓜枝孢菌(Rocha等。,1994年)。对于因此,我们还测试了它在真菌(Cândida)中的生物活性白色念珠菌、烟曲霉、赭曲霉(银耳属)和柑橘青霉)和细菌(大肠杆菌和链球菌羊肉)。然而,我们的测试并没有显示出对这些药物的生物抑制作用生物。\sch公司

图1是一个ORTEP-3公司(Farrugia,1997)标题复合视图。作为预计分子几乎是平的。A、B和C环中的所有原子都位于通过三环系统的最小二乘平面0.149(1)°以内。A、B和C环也分别几乎是平面的,包括氧与它们相连的原子O1、O2和O3。与个人的最大偏差对于环A、B,最小二乘平面为0.006(2)、0.037(1)和0.009(1)和C。A环和B环的最小二乘平面构成角度为3.64(8)°,B环和C环的角度为3.69(8)。A环和C环的平面形成7.31(9)°的角。飞机A和C环系统在一条直线上相交,该直线大约穿过B环的中间。沿着O5之间画的假想线的折叠点和C6定义了6.55(6)°的角(环A和环C的最小二乘平面包括O5和C6)。D环位于变形椅子中构象。加权平均绝对扭转角(Domenicanoet(等)阿尔。,1975)在D环中为27(8)°。主要键长和键角如表1所示。分子内C-C键距离的平均值在A和C类苯环内为1.39(1)Au,这与正常芳香值。同样,环A和环C的平均键角为[120(2)°]。中两个C-O5键长度的平均值吡喃环(B环)为1.373(2)Å。观测到的吡喃烷的几何结构环(环B)与类似的吡喃酮几何结构(Hoet(等)阿尔。, 1987; 维贾亚拉克什米等。, 1987; 弗格森等。,1985; 索德霍姆等。, 1976).

该分子表现出慢化的分子内氢键O3-H3'··O2,O··O距离为2.561(2)Ω(表2)。分子间氢羟基O1-H1'和相邻羧基氧O2之间的键x个+ 1,,z[O··O距离为2.778(2)Ω]稳定并产生一条平行于[100]方向的链。这个通过分子的最小二乘平面之间的分离x个,,z和-x个--z为3.67(2)奥。

实验顶部

(在室温下)用正己烷(32.85 g)和EtOH(200.0 g)。乙醇提取物是用水搅拌24小时并过滤。提取可溶性部分含CHCl、乙酸乙酯和正丁醇。通过以下方法获得的固体CHCl中可溶部分的蒸发(真空下)(30.0克)在硅胶(Merck)(352 g)CC上进行色谱分析,并用CH洗脱22,EtOAc和EtOH。获得的90个组分产生了9个组分(D1-D9)。D3(frs 4–6,658.0 mg)用汽油醚洗涤,得到不溶性用甲醇洗涤的部分,产生6-deoxyjacareubina(101.0 mg)作为黄色固体。获得的粉末块由甲醇结晶在室温下缓慢蒸发。

精炼顶部

苯基和甲基的氢原子是立体化学的使用固定的单个位移参数进行定位和优化[U型国际标准化组织(H) =1.2U型等式(C) 或1.5U型等式(C)甲氧基)]使用芳香族C-H=0.93Å和甲基C-H=0.98Å的骑行模型。这个通过差分傅里叶合成定位羟基H原子,并设置各向同性。

计算详细信息顶部

数据收集:收集(Nonius,1997-2000);单元格细化:香港(HKL) 电子秤组件(Otwinowski&Minor,1997);数据缩减:香港(HKL) DENZO公司电子秤组件(Otwinowski&Minor,1997);用于求解结构的程序:SHELXS86型(谢尔德里克,1986年);用于优化结构的程序:货架xl97(Sheldrick,1997);分子图形:ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997);用于准备出版材料的软件:WinGX公司出版惯例(Farrugia,1999)。

数字顶部
[图1] 图1。ORTEP-3公司化合物6-deroxyjacareubin的视图,显示原子和环标记以及50%概率椭球。
[图2] 图2。平行于[100]的氢键链视图。对称代码从上到下为1+x个,,z;x个,,z; 1 -x个,,z.
1,5-二羟基-2,,2,-二甲基吡喃o个-5,,6,:2,3-黄原酮顶部
水晶数据 顶部
C类18H(H)14O(运行)5Z轴=2
M(M)第页= 310.29F类(000) = 324
三联诊所,P(P)1D类x个=1.424毫克负极
大厅符号:-P 1熔点:503-505 K K
= 7.4450 (2) ÅK(K)α辐射,λ= 0.71070 Å
b条= 9.5200 (3) Å3315次反射的细胞参数
c(c)= 10.9390 (3) Åθ= 1.0–27.5°
α= 105.051 (2)°µ=0.11毫米负极1
β= 103.154 (2)°=293千
γ= 93.083 (2)°棱镜,黄色
V(V)= 723.80 (4) Å0.24×0.17×0.12毫米
数据收集 顶部
Nonius KappaCCD公司
衍射仪
2674次反射> 2σ()
辐射源:细焦点密封管R(右)整数= 0.014
水平安装石墨晶体单色仪θ最大值= 27.5°,θ最小值= 2.0°
探测器分辨率:9像素mm-1个小时= 09
ϕ扫描和ω扫描winthκ偏移k个=负极1212
6210次测量反射=负极1413
3319次独立反射
精炼 顶部
优化于F类2主原子位置定位:结构-变量直接方法
最小二乘矩阵:完整二次原子位置:差分傅里叶映射
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.051氢站点位置:从邻近站点推断
水风险(F类2) = 0.150通过独立和约束精化的混合物处理的H原子
S公司= 1.02 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0624P(P))2+ 0.4P(P)]
哪里P(P)========================================================(F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
3319次反射(Δ/σ)最大值= 0.003
218个参数Δρ最大值=0.41埃负极
0个约束Δρ最小值=负极0.49埃负极
水晶数据 顶部
C类18H(H)14O(运行)5γ= 93.083 (2)°
M(M)第页= 310.29V(V)= 723.80 (4) Å
三联诊所,P(P)1Z轴=2
= 7.4450 (2) ÅK(K)α辐射
b条= 9.5200 (3) ŵ=0.11毫米负极1
c(c)= 10.9390 (3) Å=293千
α= 105.051 (2)°0.24×0.17×0.12毫米
β= 103.154 (2)°
数据收集 顶部
Nonius KappaCCD公司
衍射仪
2674次反射> 2σ()
6210次测量反射R(右)整数=0.014
3319次独立反射
精炼 顶部
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.0510个约束
水风险(F类2) = 0.150通过独立和约束精化的混合物处理的H原子
S公司= 1.02Δρ最大值=0.41埃负极
3319次反射Δρ最小值=负极0.49埃负极
218个参数
特殊细节 顶部

几何图形所有的e.s.d.(除了两个l.s.平面之间的二面角中的e.s.d.)使用全协方差矩阵进行估计在估计e.s.d.的距离、角度时单独考虑和扭转角;e.s.d.细胞内参数之间的相关性仅为当它们由晶体对称性定义时使用。近似(各向同性)细胞e.s.d.的处理用于估计涉及l.s.的e.s.d。飞机。

精炼.完善F类2对抗所有反射。加权R(右)-因子水风险和贴合度S公司基于F类2,常规R(右)-因素R(右)基于F类,使用F类为设置为零消极的F类2。的阈值表达式F类2>σ(F类2)仅用于计算R(右)-因子(gt).并且与选择反射进行细化无关。R(右)-因素基于F类2从统计上看大约是两倍大作为那些基于F类、和R(右)-基于所有数据的系数将为甚至更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个zU型国际标准化组织*/U型等式
O1公司0.20011 (17)负极0.51755 (16)负极0.19870 (14)0.0491 (4)
H1英寸0.269 (5)负极0.439 (3)负极0.146 (3)0.095(10)*
氧气负极0.49153 (16)负极0.32309 (15)负极0.04343 (14)0.0524 (4)
臭氧负极0.41897 (18)负极0.08552 (18)0.14370 (17)0.0621 (5)
H3’负极0.481(5)负极0.162 (4)0.079 (3)0.108 (11)*
O4号机组0.20030 (17)0.14926 (13)0.27926 (12)0.0418 (3)
O5公司0.05941 (15)负极0.29604 (12)负极0.04833 (11)0.0351 (3)
C1类0.0187 (2)负极0.52917 (18)负极0.19702(16)0.0351 (4)
指挥与控制负极0.0936 (2)负极0.65696 (19)负极0.27140 (17)0.0394 (4)
氢气负极0.0433负极0.7316负极0.32140.047*
C3类负极0.2806 (2)负极0.67601 (19)负极0.27285 (17)0.0409 (4)
H3级负极0.3536负极0.7631负极0.32340.049*
补体第四成份负极0.3585 (2)负极0.56726(19)负极0.20019 (17)0.0392 (4)
H4型负极0.4838负极0.5803负极0.20190.047*
C5级负极0.2478 (2)负极0.43641 (18)负极0.12333 (16)0.0336 (3)
C6级负极0.3222 (2)负极0.31847 (19)负极0.04209(17)0.0363 (4)
抄送7负极0.1897 (2)负极0.19686 (18)0.04208 (16)0.0341 (3)
C8负极0.2418 (2)负极0.0822 (2)0.13413 (18)0.0395(4)
C9级负极0.1133 (2)0.03402 (19)0.21636 (17)0.0380 (4)
C10号机组负极0.1599 (3)0.1591(2)0.30798 (19)0.0478 (5)
H10型负极0.28330.17390.30420.057*
C11号机组负极0.0236 (3)0.2516 (2)0.39687 (19)0.0485 (5)
H11型负极0.05180.33470.45240.058*
第12项0.1758 (3)0.22398 (19)0.40898 (17)0.0428 (4)
第13页0.3071 (3)0.3651(2)0.4532 (2)0.0537 (5)
H13A型0.30670.41670.54100.081*
H13B型0.26740.42520.39630.081*
H13C型0.43050.34270.45020.081*
第14项0.2330 (3)0.1254 (2)0.4971 (2)0.0547 (5)
H14A型0.23220.17580.58520.082*
H14B型0.35580.10090.49450.082*
H14C型0.14730.03740.46720.082*
第15页0.0706(2)0.03511 (18)0.20446 (16)0.0346 (4)
第16号0.1272 (2)负极0.07304 (17)0.11465 (16)0.0339 (3)
H16型0.2494负极0.06830.10750.041*
第17页负极0.0034 (2)负极0.18804 (17)0.03607 (15)0.0312 (3)
第18号负极0.0604 (2)负极0.41890(17)负极0.12208 (15)0.0316 (3)
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.0284 (6)0.0482 (8)0.0594 (8)0.0008 (5)0.0134 (6)负极0.0058 (6)
氧气0.0242 (6)0.0544 (8)0.0643 (9)负极0.0020 (5)0.0104 (6)负极0.0061 (7)
臭氧0.0270 (6)0.0644(9)0.0758 (10)0.0003 (6)0.0175 (7)负极0.0165 (8)
O4号机组0.0373(6)0.0388 (6)0.0401 (7)负极0.0070 (5)0.0074 (5)负极0.0008 (5)
O5公司0.0257 (5)0.0341 (6)0.0397 (6)负极0.0007 (4)0.0083 (4)0.0007 (5)
C1类0.0283 (7)0.0380 (8)0.0362 (8)0.0031 (6)0.0066 (6)0.0070 (7)
指挥与控制0.0371 (9)0.0370 (9)0.0381 (9)0.0048 (7)0.0063 (7)0.0029 (7)
C3类0.0354(8)0.0365 (8)0.0415 (9)负极0.0028 (7)0.0016 (7)0.0031 (7)
补体第四成份0.0290 (8)0.0406 (9)0.0416 (9)负极0.0028 (7)0.0043(7)0.0061 (7)
C5级0.0266 (7)0.0362 (8)0.0340 (8)0.0001 (6)0.0041 (6)0.0065 (6)
C6级0.0244 (7)0.0407 (9)0.0397 (9)0.0008 (6)0.0068 (6)0.0059(7)
抄送70.0243(7)0.0366 (8)0.0370(8)0.0011 (6)0.0060(6)0.0048 (7)
C80.0259 (8)0.0444 (9)0.0435 (9)0.0036 (7)0.0093 (7)0.0039 (7)
C9级0.0311 (8)0.0390(9)0.0387 (9)0.0032 (7)0.0073 (7)0.0032 (7)
C10号机组0.0408 (9)0.0472 (10)0.0485 (10)0.0077 (8)0.0121 (8)0.0001 (8)
C11号机组0.0520 (11)0.0427 (10)0.0433 (10)0.0063 (8)0.0116 (8)负极0.0005 (8)
第12项0.0450 (10)0.0395(9)0.0358 (9)负极0.0020 (7)0.0051 (7)0.0024 (7)
第13页0.0599 (12)0.0429 (10)0.0450 (10)负极0.0104 (9)0.0021 (9)0.0021 (8)
第14项0.0554 (12)0.0548 (12)0.0506 (11)0.0007 (9)0.0055 (9)0.0169 (9)
第15页0.0305 (8)0.0337 (8)0.0348 (8)负极0.0010 (6)0.0034 (6)0.0066 (6)
第16号0.0249 (7)0.0355 (8)0.0382 (8)负极0.0004 (6)0.0063(6)0.0069 (7)
第17页0.0267(7)0.0324 (8)0.0333 (8)0.0038 (6)0.0072 (6)0.0071 (6)
第18号0.0277 (7)0.0319 (8)0.0311 (7)0.0001 (6)0.0038 (6)0.0057(6)
几何参数(λ,º) 顶部
O1-C1型1.354 (2)C5至C181.392 (2)
O1-H1’0.87 (3)C5至C61.460 (2)
氧气-C61.255 (2)C6至C71.439 (2)
臭氧层-81.346 (2)C7-C17号机组1.402 (2)
O3-H3’0.89 (3)C7-C8号机组1.418(2)
O4-C15型1.360 (2)C8-C9型1.388 (2)
O4-C12型1.470 (2)C9-C15型1.404(2)
O5-C17型1.373 (2)C9-C10型1.458 (2)
O5-C18型1.373(2)C10-C11号机组1.327 (3)
C1-C2类1.381 (2)C11-C12号机组1.504 (3)
C1-C18号机组1.400 (2)C12-C13型1.517 (2)
C2-C3型1.390(2)C12-C14号1.522 (3)
C3-C4型1.374 (2)C15至C161.383 (2)
C4-C5型1.403 (2)C16-C17号1.378 (2)
C1-O1-H1’116 (2)C8-C9-C15型117.7 (2)
C8-O3-H3’105 (2)C8-C9-C10型124.0 (2)
C15-O4-C12型116.8(1)C15-C9-C10型118.1 (2)
C17-O5-C18型119.0(1)C11-C10-C9119.0 (2)
O1-C1-C2型118.5(2)C10-C11-C12号机组120.9 (2)
O1-C1-C18型123.3 (2)O4-C12-C11型109.3 (1)
C2-C1-C18型118.2 (2)O4-C12-C13型104.5 (2)
C1-C2-C3121.2 (2)C11-C12-C13112.2 (2)
C4-C3-C2型120.5 (2)O4-C12-C14型107.4 (2)
C3-C4-C5型119.6 (2)C11-C12-C14型111.8 (2)
C18-C5-C4型119.4 (2)C13-C12-C14型111.3(2)
C18-C5-C6型118.7 (1)O4-C15-C16型117.0 (1)
C4-C5-C6121.9 (1)O4-C15-C9120.0 (2)
氧气-C6-C7121.5 (2)C16-C15-C9122.9 (2)
氧气-C6-C5122.3 (2)C17-C16-C15型117.8 (1)
C7-C6-C5型116.2(1)O5-C17-C16型116.1 (1)
C17-C7-C8型117.6 (1)O5-C17-C7型121.3 (1)
C17-C7-C6型121.0 (2)C16-C17-C7型122.6 (2)
C8-C7-C6121.5 (1)O5-C18-C5123.6 (1)
O3-C8-C9118.8 (2)O5-C18-C1115.4 (1)
O3-C8-C7型119.8 (2)C5-C18-C1121.1 (1)
C9-C8-C7121.4 (2)
O1-C1-C2-C3179.4 (2)C10-C11-C12-C13148.1 (2)
C18-C1-C2-C30.4 (3)C10-C11-C12-C14负极86.1 (2)
C1-C2-C3-C4型0.2 (3)C12-O4-C15-C16负极152.2 (2)
C2-C3-C4-C5型负极0.4 (3)C12-O4-C15-C930.6 (2)
C3-C4-C5-C18型0.1 (3)C8-C9-C15-O4177.5 (2)
C3-C4-C5-C6型负极178.7 (2)C10-C9-C15-O41.4 (3)
C18-C5-C6-O2176.1 (2)C8-C9-C15-C16型0.5 (3)
C4-C5-C6-O2型负极5.1 (3)C10-C9-C15-C16负极175.7 (2)
C18-C5-C6-C7负极5.0(2)O4-C15-C16-C17型负极178.7 (1)
C4-C5-C6-C7型173.8 (2)C9-C15-C16-C17负极1.5(3)
氧气-C6-C7-C17负极175.5 (2)C18-O5-C17-C16175.1 (1)
C5-C6-C7-C175.6 (2)C18-O5-C17-C7负极4.1 (2)
氧气-C6-C7-C84.8 (3)C15-C16-C17-O5负极177.6 (1)
C5-C6-C7-C8负极174.2 (2)C15-C16-C17-C71.5(3)
C17-C7-C8-O3180.0 (2)C8-C7-C17-O5型178.6 (2)
C6-C7-C8-O3负极0.2 (3)C6-C7-C17-O5负极1.2 (3)
C17-C7-C8-C9负极0.6 (3)C8-C7-C17-C16负极0.5 (3)
C6-C7-C8-C9179.2 (2)C6-C7-C17-C16179.7 (2)
O3-C8-C9-C15负极180.0 (2)C17-O5-C18-C54.7 (2)
C7-C8-C9-C15型0.7 (3)C17-O5-C18-C1负极174.7 (2)
O3至C8至C9至C10负极4.1 (3)C4-C5-C18-O5负极178.8 (2)
C7-C8-C9-C10176.5 (2)C6-C5-C18-O5负极0.1 (2)
C8-C9-C10-C11号机组168.9 (2)C4-C5-C18-C10.5 (3)
C15-C9-C10-C11负极15.2 (3)C6-C5-C18-C1179.3 (2)
C9-C10-C11-C12负极3.6 (3)O1-C1-C18-O5型负极0.3 (2)
C15-O4-C12-C11负极45.8 (2)C2-C1-C18-O5型178.7 (1)
C15-O4-C12-C13负极166.1 (2)O1-C1-C18-C5负极179.7 (2)
C15-O4-C12-C1475.6 (2)C2-C1-C18-C5负极0.7 (3)
C10-C11-C12-O432.6 (3)
氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···A类D类-H(H)H(H)···A类D类···A类D类-H(H)···A类
O1-H1型···氧气0.87 (3)1.97(3)2.778 (2)154 (3)
O1-H1型···O5公司0.87 (3)2.38 (4)2.733 (2)105 (3)
臭氧-H3···氧气0.89 (3)1.74 (3)2.561 (2)152 (4)
对称代码:(i)x个+1,,z.

实验细节

水晶数据
化学式C类18H(H)14O(运行)5
M(M)第页310.29
晶体系统,空间组三联诊所,P(P)1
温度(K)293
,b条,c(c)(Å)7.4450 (2), 9.5200 (3), 10.9390 (3)
α,β,γ(°)105.051 (2), 103.154 (2), 93.083 (2)
V(V))723.80 (4)
Z轴2
辐射类型K(K)α
µ(毫米负极1)0.11
晶体尺寸(mm)0.24×0.17×0.12
数据收集
衍射仪Nonius KappaCCD公司
衍射仪
吸收校正
测量、独立和
观察到的[> 2σ()]反射
6210, 3319, 2674
R(右)整数0.014
(罪θ/λ)最大值负极1)0.650
精炼
R(右)[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司0.051, 0.150, 1.02
反射次数3319
参数数量218
氢原子处理通过独立和约束精化的混合物处理的H原子
Δρ最大值, Δρ最小值(eó)负极)0.41,负极0.49

计算机程序:Collect(Nonius,1997-2000),香港(HKL) 电子秤组件(Otwinowski和Minor,1997),香港(HKL) DENZO公司电子秤组件(Otwinowski和Minor,1997),SHELXS86型(谢尔德里克,1986),货架xl97(谢尔德里克,1997),ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997),WinGX公司出版惯例(Farrugia,1999)。

选定的几何参数(Å,º) 顶部
O1-C1型1.354(2)C10-C11号机组1.327 (3)
臭氧层-81.346 (2)C11-C12号机组1.504 (3)
O4-C15型1.360 (2)C12-C13型1.517 (2)
O4-C12型1.470 (2)C12-C14号1.522 (3)
C9-C10型1.458 (2)
O4-C12-C11型109.3 (1)O4-C12-C14型107.4 (2)
O4-C12-C13型104.5(2)C11-C12-C14型111.8 (2)
C11-C12-C13112.2 (2)C13-C12-C14型111.3(2)
氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···A类D类-H(H)H(H)···A类D类···A类D类-H(H)···A类
O1-H1'··O20.87 (3)1.97 (3)2.778 (2)154 (3)
O3-H3'··O20.89 (3)1.74 (3)2.561 (2)152 (4)
对称代码:(i)x个+1,,z.
 

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