天然化合物5,10-二羟基-2,2-二甲基吡喃[3,2-b条]?黄原-6(2H(H))-一个(6-脱氧-雅卡鲁宾),C18H(H)14O(运行)5,从宽叶紫苏(古铁虫科)。该化合物有四个六元环。分子中有两个平面苯并环和一个平面吡喃环,再加上一个扭曲椅子构象的吡喃圈。晶体由一个分子内和一个分子间氢键稳定。
支持信息
CCDC参考:173384
(在室温下)用正己烷(32.85 g)和EtOH(200.0 g)。乙醇提取物是用水搅拌24小时并过滤。提取可溶性部分含CHCl三、乙酸乙酯和正丁醇。通过以下方法获得的固体CHCl中可溶部分的蒸发(真空下)三(30.0克)在硅胶(Merck)(352 g)CC上进行色谱分析,并用CH洗脱2氯2,EtOAc和EtOH。获得的90个组分产生了9个组分(D1-D9)。D3(frs 4–6,658.0 mg)用汽油醚洗涤,得到不溶性用甲醇洗涤的部分,产生6-deoxyjacareubina(101.0 mg)作为黄色固体。获得的粉末块由甲醇结晶在室温下缓慢蒸发。
苯基和甲基的氢原子是立体化学的使用固定的单个位移参数进行定位和优化[U型国际标准化组织(H) =1.2U型等式(C) 或1.5U型等式(C)甲氧基)]使用芳香族C-H=0.93Å和甲基C-H=0.98Å的骑行模型。这个通过差分傅里叶合成定位羟基H原子,并设置各向同性。
数据收集:收集(Nonius,1997-2000);单元格细化:香港(HKL) 电子秤组件(Otwinowski&Minor,1997);数据缩减:香港(HKL) DENZO公司和电子秤组件(Otwinowski&Minor,1997);用于求解结构的程序:SHELXS86型(谢尔德里克,1986年);用于优化结构的程序:货架xl97(Sheldrick,1997);分子图形:ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997);用于准备出版材料的软件:WinGX公司出版惯例(Farrugia,1999)。
1,5-二羟基-2,,2,-二甲基吡喃o个-5,,6,:2,3-黄原酮顶部
水晶数据 顶部
C类18H(H)14O(运行)5 | Z轴=2 |
M(M)第页= 310.29 | F类(000) = 324 |
三联诊所,P(P)1 | D类x个=1.424毫克负极三 |
大厅符号:-P 1 | 熔点:503-505 K K |
一= 7.4450 (2) Å | 钼K(K)α辐射,λ= 0.71070 Å |
b条= 9.5200 (3) Å | 3315次反射的细胞参数 |
c(c)= 10.9390 (3) Å | θ= 1.0–27.5° |
α= 105.051 (2)° | µ=0.11毫米负极1 |
β= 103.154 (2)° | 吨=293千 |
γ= 93.083 (2)° | 棱镜,黄色 |
V(V)= 723.80 (4) Å三 | 0.24×0.17×0.12毫米 |
数据收集 顶部
Nonius KappaCCD公司 衍射仪 | 2674次反射我> 2σ(我) |
辐射源:细焦点密封管 | R(右)整数= 0.014 |
水平安装石墨晶体单色仪 | θ最大值= 27.5°,θ最小值= 2.0° |
探测器分辨率:9像素mm-1个 | 小时= 0→9 |
ϕ扫描和ω扫描winthκ偏移 | k个=负极12→12 |
6210次测量反射 | 我=负极14→13 |
3319次独立反射 | |
精炼 顶部
优化于F类2 | 主原子位置定位:结构-变量直接方法 |
最小二乘矩阵:完整 | 二次原子位置:差分傅里叶映射 |
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.051 | 氢站点位置:从邻近站点推断 |
水风险(F类2) = 0.150 | 通过独立和约束精化的混合物处理的H原子 |
S公司= 1.02 | w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0624P(P))2+ 0.4P(P)] 哪里P(P)========================================================(F类o个2+ 2F类c(c)2)/3 |
3319次反射 | (Δ/σ)最大值= 0.003 |
218个参数 | Δρ最大值=0.41埃负极三 |
0个约束 | Δρ最小值=负极0.49埃负极三 |
水晶数据 顶部
C类18H(H)14O(运行)5 | γ= 93.083 (2)° |
M(M)第页= 310.29 | V(V)= 723.80 (4) Å三 |
三联诊所,P(P)1 | Z轴=2 |
一= 7.4450 (2) Å | 钼K(K)α辐射 |
b条= 9.5200 (3) Å | µ=0.11毫米负极1 |
c(c)= 10.9390 (3) Å | 吨=293千 |
α= 105.051 (2)° | 0.24×0.17×0.12毫米 |
β= 103.154 (2)° | |
数据收集 顶部
Nonius KappaCCD公司 衍射仪 | 2674次反射我> 2σ(我) |
6210次测量反射 | R(右)整数=0.014 |
3319次独立反射 | |
精炼 顶部
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.051 | 0个约束 |
水风险(F类2) = 0.150 | 通过独立和约束精化的混合物处理的H原子 |
S公司= 1.02 | Δρ最大值=0.41埃负极三 |
3319次反射 | Δρ最小值=负极0.49埃负极三 |
218个参数 | |
特殊细节 顶部
几何图形所有的e.s.d.(除了两个l.s.平面之间的二面角中的e.s.d.)使用全协方差矩阵进行估计在估计e.s.d.的距离、角度时单独考虑和扭转角;e.s.d.细胞内参数之间的相关性仅为当它们由晶体对称性定义时使用。近似(各向同性)细胞e.s.d.的处理用于估计涉及l.s.的e.s.d。飞机。 |
精炼.完善F类2对抗所有反射。加权R(右)-因子水风险和贴合度S公司基于F类2,常规R(右)-因素R(右)基于F类,使用F类为设置为零消极的F类2。的阈值表达式F类2>σ(F类2)仅用于计算R(右)-因子(gt)等.并且与选择反射进行细化无关。R(右)-因素基于F类2从统计上看大约是两倍大作为那些基于F类、和R(右)-基于所有数据的系数将为甚至更大。 |
分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部 | x个 | 年 | z | U型国际标准化组织*/U型等式 | |
O1公司 | 0.20011 (17) | 负极0.51755 (16) | 负极0.19870 (14) | 0.0491 (4) | |
H1英寸 | 0.269 (5) | 负极0.439 (3) | 负极0.146 (3) | 0.095(10)* | |
氧气 | 负极0.49153 (16) | 负极0.32309 (15) | 负极0.04343 (14) | 0.0524 (4) | |
臭氧 | 负极0.41897 (18) | 负极0.08552 (18) | 0.14370 (17) | 0.0621 (5) | |
H3’ | 负极0.481(5) | 负极0.162 (4) | 0.079 (3) | 0.108 (11)* | |
O4号机组 | 0.20030 (17) | 0.14926 (13) | 0.27926 (12) | 0.0418 (3) | |
O5公司 | 0.05941 (15) | 负极0.29604 (12) | 负极0.04833 (11) | 0.0351 (3) | |
C1类 | 0.0187 (2) | 负极0.52917 (18) | 负极0.19702(16) | 0.0351 (4) | |
指挥与控制 | 负极0.0936 (2) | 负极0.65696 (19) | 负极0.27140 (17) | 0.0394 (4) | |
氢气 | 负极0.0433 | 负极0.7316 | 负极0.3214 | 0.047* | |
C3类 | 负极0.2806 (2) | 负极0.67601 (19) | 负极0.27285 (17) | 0.0409 (4) | |
H3级 | 负极0.3536 | 负极0.7631 | 负极0.3234 | 0.049* | |
补体第四成份 | 负极0.3585 (2) | 负极0.56726(19) | 负极0.20019 (17) | 0.0392 (4) | |
H4型 | 负极0.4838 | 负极0.5803 | 负极0.2019 | 0.047* | |
C5级 | 负极0.2478 (2) | 负极0.43641 (18) | 负极0.12333 (16) | 0.0336 (3) | |
C6级 | 负极0.3222 (2) | 负极0.31847 (19) | 负极0.04209(17) | 0.0363 (4) | |
抄送7 | 负极0.1897 (2) | 负极0.19686 (18) | 0.04208 (16) | 0.0341 (3) | |
C8 | 负极0.2418 (2) | 负极0.0822 (2) | 0.13413 (18) | 0.0395(4) | |
C9级 | 负极0.1133 (2) | 0.03402 (19) | 0.21636 (17) | 0.0380 (4) | |
C10号机组 | 负极0.1599 (3) | 0.1591(2) | 0.30798 (19) | 0.0478 (5) | |
H10型 | 负极0.2833 | 0.1739 | 0.3042 | 0.057* | |
C11号机组 | 负极0.0236 (3) | 0.2516 (2) | 0.39687 (19) | 0.0485 (5) | |
H11型 | 负极0.0518 | 0.3347 | 0.4524 | 0.058* | |
第12项 | 0.1758 (3) | 0.22398 (19) | 0.40898 (17) | 0.0428 (4) | |
第13页 | 0.3071 (3) | 0.3651(2) | 0.4532 (2) | 0.0537 (5) | |
H13A型 | 0.3067 | 0.4167 | 0.5410 | 0.081* | |
H13B型 | 0.2674 | 0.4252 | 0.3963 | 0.081* | |
H13C型 | 0.4305 | 0.3427 | 0.4502 | 0.081* | |
第14项 | 0.2330 (3) | 0.1254 (2) | 0.4971 (2) | 0.0547 (5) | |
H14A型 | 0.2322 | 0.1758 | 0.5852 | 0.082* | |
H14B型 | 0.3558 | 0.1009 | 0.4945 | 0.082* | |
H14C型 | 0.1473 | 0.0374 | 0.4672 | 0.082* | |
第15页 | 0.0706(2) | 0.03511 (18) | 0.20446 (16) | 0.0346 (4) | |
第16号 | 0.1272 (2) | 负极0.07304 (17) | 0.11465 (16) | 0.0339 (3) | |
H16型 | 0.2494 | 负极0.0683 | 0.1075 | 0.041* | |
第17页 | 负极0.0034 (2) | 负极0.18804 (17) | 0.03607 (15) | 0.0312 (3) | |
第18号 | 负极0.0604 (2) | 负极0.41890(17) | 负极0.12208 (15) | 0.0316 (3) | |
原子位移参数(2) 顶部 | U型11 | U型22 | U型33 | U型12 | U型13 | U型23 |
O1公司 | 0.0284 (6) | 0.0482 (8) | 0.0594 (8) | 0.0008 (5) | 0.0134 (6) | 负极0.0058 (6) |
氧气 | 0.0242 (6) | 0.0544 (8) | 0.0643 (9) | 负极0.0020 (5) | 0.0104 (6) | 负极0.0061 (7) |
臭氧 | 0.0270 (6) | 0.0644(9) | 0.0758 (10) | 0.0003 (6) | 0.0175 (7) | 负极0.0165 (8) |
O4号机组 | 0.0373(6) | 0.0388 (6) | 0.0401 (7) | 负极0.0070 (5) | 0.0074 (5) | 负极0.0008 (5) |
O5公司 | 0.0257 (5) | 0.0341 (6) | 0.0397 (6) | 负极0.0007 (4) | 0.0083 (4) | 0.0007 (5) |
C1类 | 0.0283 (7) | 0.0380 (8) | 0.0362 (8) | 0.0031 (6) | 0.0066 (6) | 0.0070 (7) |
指挥与控制 | 0.0371 (9) | 0.0370 (9) | 0.0381 (9) | 0.0048 (7) | 0.0063 (7) | 0.0029 (7) |
C3类 | 0.0354(8) | 0.0365 (8) | 0.0415 (9) | 负极0.0028 (7) | 0.0016 (7) | 0.0031 (7) |
补体第四成份 | 0.0290 (8) | 0.0406 (9) | 0.0416 (9) | 负极0.0028 (7) | 0.0043(7) | 0.0061 (7) |
C5级 | 0.0266 (7) | 0.0362 (8) | 0.0340 (8) | 0.0001 (6) | 0.0041 (6) | 0.0065 (6) |
C6级 | 0.0244 (7) | 0.0407 (9) | 0.0397 (9) | 0.0008 (6) | 0.0068 (6) | 0.0059(7) |
抄送7 | 0.0243(7) | 0.0366 (8) | 0.0370(8) | 0.0011 (6) | 0.0060(6) | 0.0048 (7) |
C8 | 0.0259 (8) | 0.0444 (9) | 0.0435 (9) | 0.0036 (7) | 0.0093 (7) | 0.0039 (7) |
C9级 | 0.0311 (8) | 0.0390(9) | 0.0387 (9) | 0.0032 (7) | 0.0073 (7) | 0.0032 (7) |
C10号机组 | 0.0408 (9) | 0.0472 (10) | 0.0485 (10) | 0.0077 (8) | 0.0121 (8) | 0.0001 (8) |
C11号机组 | 0.0520 (11) | 0.0427 (10) | 0.0433 (10) | 0.0063 (8) | 0.0116 (8) | 负极0.0005 (8) |
第12项 | 0.0450 (10) | 0.0395(9) | 0.0358 (9) | 负极0.0020 (7) | 0.0051 (7) | 0.0024 (7) |
第13页 | 0.0599 (12) | 0.0429 (10) | 0.0450 (10) | 负极0.0104 (9) | 0.0021 (9) | 0.0021 (8) |
第14项 | 0.0554 (12) | 0.0548 (12) | 0.0506 (11) | 0.0007 (9) | 0.0055 (9) | 0.0169 (9) |
第15页 | 0.0305 (8) | 0.0337 (8) | 0.0348 (8) | 负极0.0010 (6) | 0.0034 (6) | 0.0066 (6) |
第16号 | 0.0249 (7) | 0.0355 (8) | 0.0382 (8) | 负极0.0004 (6) | 0.0063(6) | 0.0069 (7) |
第17页 | 0.0267(7) | 0.0324 (8) | 0.0333 (8) | 0.0038 (6) | 0.0072 (6) | 0.0071 (6) |
第18号 | 0.0277 (7) | 0.0319 (8) | 0.0311 (7) | 0.0001 (6) | 0.0038 (6) | 0.0057(6) |
几何参数(λ,º) 顶部
O1-C1型 | 1.354 (2) | C5至C18 | 1.392 (2) |
O1-H1’ | 0.87 (3) | C5至C6 | 1.460 (2) |
氧气-C6 | 1.255 (2) | C6至C7 | 1.439 (2) |
臭氧层-8 | 1.346 (2) | C7-C17号机组 | 1.402 (2) |
O3-H3’ | 0.89 (3) | C7-C8号机组 | 1.418(2) |
O4-C15型 | 1.360 (2) | C8-C9型 | 1.388 (2) |
O4-C12型 | 1.470 (2) | C9-C15型 | 1.404(2) |
O5-C17型 | 1.373 (2) | C9-C10型 | 1.458 (2) |
O5-C18型 | 1.373(2) | C10-C11号机组 | 1.327 (3) |
C1-C2类 | 1.381 (2) | C11-C12号机组 | 1.504 (3) |
C1-C18号机组 | 1.400 (2) | C12-C13型 | 1.517 (2) |
C2-C3型 | 1.390(2) | C12-C14号 | 1.522 (3) |
C3-C4型 | 1.374 (2) | C15至C16 | 1.383 (2) |
C4-C5型 | 1.403 (2) | C16-C17号 | 1.378 (2) |
| | | |
C1-O1-H1’ | 116 (2) | C8-C9-C15型 | 117.7 (2) |
C8-O3-H3’ | 105 (2) | C8-C9-C10型 | 124.0 (2) |
C15-O4-C12型 | 116.8(1) | C15-C9-C10型 | 118.1 (2) |
C17-O5-C18型 | 119.0(1) | C11-C10-C9 | 119.0 (2) |
O1-C1-C2型 | 118.5(2) | C10-C11-C12号机组 | 120.9 (2) |
O1-C1-C18型 | 123.3 (2) | O4-C12-C11型 | 109.3 (1) |
C2-C1-C18型 | 118.2 (2) | O4-C12-C13型 | 104.5 (2) |
C1-C2-C3 | 121.2 (2) | C11-C12-C13 | 112.2 (2) |
C4-C3-C2型 | 120.5 (2) | O4-C12-C14型 | 107.4 (2) |
C3-C4-C5型 | 119.6 (2) | C11-C12-C14型 | 111.8 (2) |
C18-C5-C4型 | 119.4 (2) | C13-C12-C14型 | 111.3(2) |
C18-C5-C6型 | 118.7 (1) | O4-C15-C16型 | 117.0 (1) |
C4-C5-C6 | 121.9 (1) | O4-C15-C9 | 120.0 (2) |
氧气-C6-C7 | 121.5 (2) | C16-C15-C9 | 122.9 (2) |
氧气-C6-C5 | 122.3 (2) | C17-C16-C15型 | 117.8 (1) |
C7-C6-C5型 | 116.2(1) | O5-C17-C16型 | 116.1 (1) |
C17-C7-C8型 | 117.6 (1) | O5-C17-C7型 | 121.3 (1) |
C17-C7-C6型 | 121.0 (2) | C16-C17-C7型 | 122.6 (2) |
C8-C7-C6 | 121.5 (1) | O5-C18-C5 | 123.6 (1) |
O3-C8-C9 | 118.8 (2) | O5-C18-C1 | 115.4 (1) |
O3-C8-C7型 | 119.8 (2) | C5-C18-C1 | 121.1 (1) |
C9-C8-C7 | 121.4 (2) | | |
| | | |
O1-C1-C2-C3 | 179.4 (2) | C10-C11-C12-C13 | 148.1 (2) |
C18-C1-C2-C3 | 0.4 (3) | C10-C11-C12-C14 | 负极86.1 (2) |
C1-C2-C3-C4型 | 0.2 (3) | C12-O4-C15-C16 | 负极152.2 (2) |
C2-C3-C4-C5型 | 负极0.4 (3) | C12-O4-C15-C9 | 30.6 (2) |
C3-C4-C5-C18型 | 0.1 (3) | C8-C9-C15-O4 | 177.5 (2) |
C3-C4-C5-C6型 | 负极178.7 (2) | C10-C9-C15-O4 | 1.4 (3) |
C18-C5-C6-O2 | 176.1 (2) | C8-C9-C15-C16型 | 0.5 (3) |
C4-C5-C6-O2型 | 负极5.1 (3) | C10-C9-C15-C16 | 负极175.7 (2) |
C18-C5-C6-C7 | 负极5.0(2) | O4-C15-C16-C17型 | 负极178.7 (1) |
C4-C5-C6-C7型 | 173.8 (2) | C9-C15-C16-C17 | 负极1.5(3) |
氧气-C6-C7-C17 | 负极175.5 (2) | C18-O5-C17-C16 | 175.1 (1) |
C5-C6-C7-C17 | 5.6 (2) | C18-O5-C17-C7 | 负极4.1 (2) |
氧气-C6-C7-C8 | 4.8 (3) | C15-C16-C17-O5 | 负极177.6 (1) |
C5-C6-C7-C8 | 负极174.2 (2) | C15-C16-C17-C7 | 1.5(3) |
C17-C7-C8-O3 | 180.0 (2) | C8-C7-C17-O5型 | 178.6 (2) |
C6-C7-C8-O3 | 负极0.2 (3) | C6-C7-C17-O5 | 负极1.2 (3) |
C17-C7-C8-C9 | 负极0.6 (3) | C8-C7-C17-C16 | 负极0.5 (3) |
C6-C7-C8-C9 | 179.2 (2) | C6-C7-C17-C16 | 179.7 (2) |
O3-C8-C9-C15 | 负极180.0 (2) | C17-O5-C18-C5 | 4.7 (2) |
C7-C8-C9-C15型 | 0.7 (3) | C17-O5-C18-C1 | 负极174.7 (2) |
O3至C8至C9至C10 | 负极4.1 (3) | C4-C5-C18-O5 | 负极178.8 (2) |
C7-C8-C9-C10 | 176.5 (2) | C6-C5-C18-O5 | 负极0.1 (2) |
C8-C9-C10-C11号机组 | 168.9 (2) | C4-C5-C18-C1 | 0.5 (3) |
C15-C9-C10-C11 | 负极15.2 (3) | C6-C5-C18-C1 | 179.3 (2) |
C9-C10-C11-C12 | 负极3.6 (3) | O1-C1-C18-O5型 | 负极0.3 (2) |
C15-O4-C12-C11 | 负极45.8 (2) | C2-C1-C18-O5型 | 178.7 (1) |
C15-O4-C12-C13 | 负极166.1 (2) | O1-C1-C18-C5 | 负极179.7 (2) |
C15-O4-C12-C14 | 75.6 (2) | C2-C1-C18-C5 | 负极0.7 (3) |
C10-C11-C12-O4 | 32.6 (3) | | |
氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···A类 | D类-H(H) | H(H)···A类 | D类···A类 | D类-H(H)···A类 |
O1-H1型′···氧气我 | 0.87 (3) | 1.97(3) | 2.778 (2) | 154 (3) |
O1-H1型′···O5公司 | 0.87 (3) | 2.38 (4) | 2.733 (2) | 105 (3) |
臭氧-H3′···氧气 | 0.89 (3) | 1.74 (3) | 2.561 (2) | 152 (4) |
实验细节
水晶数据 |
化学式 | C类18H(H)14O(运行)5 |
M(M)第页 | 310.29 |
晶体系统,空间组 | 三联诊所,P(P)1 |
温度(K) | 293 |
一,b条,c(c)(Å) | 7.4450 (2), 9.5200 (3), 10.9390 (3) |
α,β,γ(°) | 105.051 (2), 103.154 (2), 93.083 (2) |
V(V)(Å三) | 723.80 (4) |
Z轴 | 2 |
辐射类型 | 钼K(K)α |
µ(毫米负极1) | 0.11 |
晶体尺寸(mm) | 0.24×0.17×0.12 |
|
数据收集 |
衍射仪 | Nonius KappaCCD公司 衍射仪 |
吸收校正 | – |
测量、独立和 观察到的[我> 2σ(我)]反射 | 6210, 3319, 2674 |
R(右)整数 | 0.014 |
(罪θ/λ)最大值(Å负极1) | 0.650 |
|
精炼 |
R(右)[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司 | 0.051, 0.150, 1.02 |
反射次数 | 3319 |
参数数量 | 218 |
氢原子处理 | 通过独立和约束精化的混合物处理的H原子 |
Δρ最大值, Δρ最小值(eó)负极三) | 0.41,负极0.49 |
选定的几何参数(Å,º) 顶部O1-C1型 | 1.354(2) | C10-C11号机组 | 1.327 (3) |
臭氧层-8 | 1.346 (2) | C11-C12号机组 | 1.504 (3) |
O4-C15型 | 1.360 (2) | C12-C13型 | 1.517 (2) |
O4-C12型 | 1.470 (2) | C12-C14号 | 1.522 (3) |
C9-C10型 | 1.458 (2) | | |
| | | |
O4-C12-C11型 | 109.3 (1) | O4-C12-C14型 | 107.4 (2) |
O4-C12-C13型 | 104.5(2) | C11-C12-C14型 | 111.8 (2) |
C11-C12-C13 | 112.2 (2) | C13-C12-C14型 | 111.3(2) |
氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···A类 | D类-H(H) | H(H)···A类 | D类···A类 | D类-H(H)···A类 |
O1-H1'··O2我 | 0.87 (3) | 1.97 (3) | 2.778 (2) | 154 (3) |
O3-H3'··O2 | 0.89 (3) | 1.74 (3) | 2.561 (2) | 152 (4) |