联合概率分布函数方法已被应用于分子置换技术。旋转搜索是通过相对于模型结构的计算变换旋转蛋白质的倒易晶格来执行的；平移搜索通过快速傅里叶变换执行。研究了旋转和平移步骤的几种先验信息情况：例如单体旋转或平移的条件概率密度可同时用于从头算以及当其他单体的旋转和/或平移值给定时。新方法已在计划中实施删除09，这是全球分阶段计划的一部分伊利诺伊州[布拉、卡利安德罗、卡马利、卡斯卡拉诺、德卡罗、贾科瓦佐、波利多里、西里奇和斯帕格纳（2007）。J.应用。克里斯特。 40, 609-613]. 使用了大量测试结构来检查新算法的效率，证明新算法在找到正确的解以及从噪声中区分它们方面具有显著的鲁棒性。一个重要的设计理念是高度自动化：删除09通常能够提供目标结构的可靠模型，而无需任何用户干预。
