RCSB蛋白质数据库：通过全面的结构比对探索蛋白质3D的相似性

蛋白质三维（3D）结构之间的成对比对工具对于结构生物学和生物信息学具有根本重要性，能够可视化探索进化和功能关系。然而，由于缺乏一个用户友好的、基于浏览器的工具来创建对齐并在1D序列和3D结构级别上对其进行可视化，这使得该过程变得不必要地繁琐。

我们介绍了一种新型的成对结构对齐工具（rcsb.org/alignization），该工具无缝集成到rcsb蛋白质数据库（rcsb PDB）以研究为中心的rcsb.org门户网站中。我们的工具及其底层应用程序编程接口（API，alignment.rcsb.org）允许用户通过提供对已建立的对齐算法（FATCAT、CE、TM-align或Smith-Waterman 3D）的访问，将多个蛋白质链与参考结构对齐。用户友好的界面简化了参数设置和输入选择。在几秒钟内，我们的工具可以分别通过RCSB PDB RCSB.org序列注释查看器和Mol*3D查看器在序列（1D）和结构（3D）透视图中可视化结果。用户可以毫不费力地将PDB档案中存储的结构与来自ModelArchive和AlphaFold DB的100多万个合并的计算结构模型（CSM）进行比较。此外，该工具还可以通过提供链接/URL或直接上传原子坐标文件来对齐自定义结构数据。重要的是，对齐结果可以添加书签并与合作者共享。通过桥接蛋白质的1D序列和3D结构之间的差距，我们的工具通过全面的序列和结构分析，有助于深入了解蛋白质之间复杂的进化关系。

校准工具是RCSB PDB以研究为中心的RCSB.org门户网站的一部分，可在RCSB.org/alignize上获得。可进行编程访问通过alignment.rcsb.org。前端代码已在github.com/rcsb/rcsb-pecos-app上发布。可视化由开源Mol*查看器（github.com/molstar/molstar和github.com/molstar/rcsb-molstar）以及3D查看器中的序列注释（github.com/rcsb/rcsb-saguaro-3D）提供支持。