摘要
简介
结果和讨论
一个摘要文件,为每个PCR产物提供扩增子名称、分析的组织、总DNA甲基化百分比、分析的克隆数和分析的CG位置百分比(“results_methylation_summary.csv”)。 格式化的总览表,允许直接比较每个组织中每个扩增子的平均甲基化水平(“results_methylation_overview.csv”)。 一个文件给出每个PCR产物每个CG位点的平均甲基化(“results_methylation_CG_sites.csv”)。 在这里,如果每个CG站点至少有五个结果可用,则执行一个阈值,以便仅计算平均值。 否则CG位点的甲基化状态将被注释为“未确定”。 一个文件,包含每个PCR产品的每个克隆的平均甲基化(“results_methylation_clones.csv”)。 每个PCR产物的一个主数据HTML文件,包含扩增子名称、分析的组织、总DNA甲基化百分比和每个CG位点观察到的甲基化,以PNG格式的浓缩图片显示,可直接用于数据显示。 比较不同组织中每个扩增子获得的甲基化模式的摘要HTML文件(“summary.HTML”)。 此文件中的图形直接链接到HTML文件,显示(v)中所述的单个结果。 此文件系统可用于在internet上立即显示数据。 用于在UCSC基因组浏览器中直接上传结果的自定义跟踪文件(“UCSC_upload.txt”)( 图3 ). 一个压缩数据文件,以简化格式收集所有主要数据,以便以后进行下游分析(“downstream.txt”)。
平均数据可以直接用于比较不同组织中单个CG位点的甲基化状态,并计算 P(P) -通过应用二项式分布的统计数据,确定两个组织之间观察到的差异的显著性值。 此外,这些数据可用于显示单个扩增子的甲基化曲线( 图4 A) ●●●●。 单个克隆的甲基化水平可以直接用于比较不同组织的甲基化( 图4 B) ●●●●。 此外,它们还可以用于通过以下方式对不同组织的甲基化模式进行配对比较 t吨 -测试如所示 图5 如果两个组织都显示甲基化水平的单峰分布,则该程序是准确的。 如果是至少一个组织的双峰分布,简单的 t吨 -尽管甲基化差异具有统计学意义,但该测试可能无法检测到它们。 如上所述,UCSC上传文件可用于在UCSC基因组浏览器中显示甲基化数据( 图3 ).