聚糖图形表示的符号命名法

聚糖是自然界中发现的最复杂的生物分子之一，由各种组合和连接的单糖单元组成，具有多种不对称分支类型。直到20世纪70年代，聚糖结构在科学出版物中通常被表示为化学精确绘图，或使用标准IUPAC公司-批准的缩写(沙龙1986;麦克诺特1997;切斯特1998). 然而，考虑到许多聚糖结构的复杂性，很难在出版物附图中表示此类分子，尤其是涉及多步生物合成途径或多结构的分子。因此，各种研究人员开始使用符号来表示聚糖中的单糖。1978年，Kornfeld及其同事提出了一种优雅而简单的脊椎动物聚糖表征系统(Kornfeld等人，1978年)在接下来的二十年里，它开始广泛使用。这一制度最终被第一版教科书的编辑采用并标准化糖生物学基础(Varki等人，1999年). 虽然这种采用增加了符号的流行度，但该系统存在一些局限性和不一致性，并且没有利用颜色。由于预计会有修订，编辑们制定了一个更新的符号命名法，并于2005年在《第二版（Varki、Cummings、Esko、Freeze、Stanley、Bertozzi等人。2009). 该命名法被采纳并广为传播，尤其是由NIGMS资助的功能糖组学联合会(CFG公司)它还就这个问题征求了科学界的意见，从而提高了人们的接受度。的官方版本第二版术语自那以后，该教材的在线版本中就有了。随后在网站上展示了一个建议的扩展版本糖衣菌属同时，提出了替代符号命名系统(Harvey等人，2009年). 与命名相关的问题往往比基础科学更具争议性（Varki、Cummings、Esko、Freeze、Stanley、Marth等）。2009)因为从来没有一个正确的答案，有些方面是品味问题。例如，上述两种系统都有一些相对的优点和缺点。

预计将编制另一版本的要素教科书，一个新重组的编辑小组已经同意了一个更新的单糖符号命名法，用于描述第三版目标是生产一个超越脊椎动物聚糖的系统，同时考虑其他人使用相关系统的输入，与IUPAC碳水化合物命名委员会协调，将每个单糖符号与公共化学并开始与其他长期在线资源进行协调，如UniCarbKB公司,单糖DB,KEGG通道,CSDB公司,JCGGDB公司,ACGG-DB型和GlyTouCan公司。该系统现在作为在线预付款提供附录到第三版属于要素将在NCBI和冷泉港实验室出版社出版。与前一版本一样，没有人试图要求研究人员使用拟议的系统，除非他们自愿在第三版正式出版之前采用该系统。

为了确保与许多已使用第二版符号集，未对该系统进行任何更改，但添加了新符号。由于这一历史原因，只有己糖、己糖胺、己糖NAcs、己酸盐和戊糖的形状和颜色在内部是一致的，只有壬醛酸盐、脱氧己糖、脱氧己NAcs和二脱氧己糖的形状是一致的（例如。我-岩藻糖没有被赋予最合乎逻辑的颜色）。人们认为，使用全白色符号指定通用单糖类别有助于质谱描述，其中只有质量已知（例如，未知类型的己糖将是一个白色圆圈）。如前所述，天和我构型、吡喃糖对呋喃糖和环构象没有表示出来，但被认为是隐含在它们的平凡名称中，或者是自然界中最常见的构型（不太常见的构型需要在图中指出或在图例中说明）。修改缩写（例如。O（运行）-乙酰酯和硫酸酯）也将遵循第二版，根据需要添加。当前集合中未表示的单糖可以用五边形符号和内部字母表示，并在图形图例中定义。符号颜色在打印机当前使用的CMYK设置中指定，并可在标准绘图程序中指定。链接可以使用IUPAC样式在第二版系统中显示，假设使用原始碳，并使用连字符（非逗号）作为选项。示例显示了使用新系统的常见聚糖的描述。现在也可以选择使用牛津方法，该方法描述了单糖与内嵌特异性和异序性的联系(Harvey等人，2009年). 该第三版系统将被视为符号命名法的基础，该符号命名法将被纳入IUPAC碳水化合物命名法建议的未来更新中。有关上述所有方面的详细信息，请参阅本书附录本文的在线和pdf版本还包含许多其他有用的链接。

除了大量增加特定单糖的彩色符号赋值外，新系统的一个特点是，网站上的符号最终将嵌入以下信息：将工具提示/指针悬停在符号上将显示单糖的全名，点击符号即可将读者链接到相应的PubChem页面，其中包含单糖的全部详细信息。为了方便用户，符号集也可以在可下载的文件中获得，质量高SVG对象，和一张表文本词对象后一个文件包含指向PubChem的符号嵌入链接。这些符号还可能最终出现在UniCarbKB数据库、单糖数据库（一个列出了当前数据库中700多种天然和合成单糖的网站）、CSDB、Glycopedia的更新版本中，也可能出现在其他网站，如KEGG通路数据库、GlyTouCan和ACGG-DB。

我们希望，聚糖的这种扩展图形表示将更好地处理有关化学和生物系统中聚糖结构和功能的快速增长的信息。特别是，符号命名法可以帮助学生和研究人员更容易地发现和欣赏生物系统中聚糖多样性的相关性和美丽，并将这一令人兴奋的信息传达给他人。

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