王国力(Guoli Wang),罗兰·邓布雷克(Roland L.Dunbrack),《双鱼:蛋白质序列剔除服务器》(PISCES),生物信息学,第19卷,第12期,2003年8月,第1589–1591页,https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg224
摘要:PISCES是一个公共服务器,用于筛选蛋白质组通过序列标识和结构质量标准。PISCES可以提供从整个PDB或用户提供的PDB条目或链列表。这个序列恒等式是通过PSI-BLAST比对获得的由非冗余矩阵导出的位置特定替换矩阵蛋白质序列数据库。因此,双鱼座提供了比使用BLAST的服务器,无法识别下面的许多关系40%的序列一致性,并且经常高估序列一致性仅对齐保存良好的片段。PDB序列每周更新一次。PISCES还可以剔除用户提供的非PDB序列作为列表GenBank标识符、FASTA格式文件或BLAST/PSI-BLAST输出。
可用性:服务器位于http://www.fccc.edu/research/labs/dunbrack/pisces
联系人:rl_dunback@fccc.edu
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