全局优化是原子模拟中一个活跃的研究领域,迄今为止已经提出了许多算法。一个突出的例子是跳盆蒙特卡罗,它执行改进的大都会蒙特卡罗搜索,以探索感兴趣系统的势能面。由于高维的配置搜索空间,这些模拟可能要求很高。通过对原子位置使用网格,可以减少有效的搜索空间,但如果使用固定网格,则可能会使结果产生偏差。在本文中,我们提出了一种用于全局优化的灵活网格算法,该算法使我们能够在不影响模拟结果的情况下利用网格的效率。该方法是通用的,适用于非常异质的系统,例如两种不同晶体结构的材料之间的界面或表面支撑的大团簇。作为一个基准案例,我们展示了它在包含多达100个粒子的Lennard-Jones簇的著名全局优化问题中的性能。尽管该模型潜力很简单,但Lennard-Jones簇代表了一个具有挑战性的测试案例,因为某些“神奇”粒子数的全局极小值显示出与仅具有轻微不同大小的簇的几何结构截然不同的几何结构。

1
米。
A.H.公司。
泽瓦尔
, “
蛋白质折叠——复杂性的简单性
,”
每年。物理学。
524
,
379
391
(
2012
).
2
J。
皮拉迪
,
C、。
恰普莱夫斯基
,
答:。
Liwo公司
,
J。
,
D.R.公司。
Ripoll公司
,
R。
卡·米尔基维茨
,
美国。
Ołdziej先生
,
W·J。
Wedemeyer公司
,
K.D.公司。
吉布森
,
年。
阿诺托娃
,
J。
桑德斯
,
Y。-J。
Ye(是)
、和
H.A.公司。
舍拉加
, “
通过势能函数全局优化预测蛋白质结构的最新进展
,”
程序。国家。阿卡德。科学。美国。
98
,
2329
2333
(
2001
).
三。
D.J.博士。
威尔士
H.A.公司。
舍拉加
, “
簇、晶体和生物分子的全局优化
,”
科学类
285
,
1368
(
1999
).
4
C.答。
弗洛达斯
C.E.公司。
Gounaris公司
, “
全局优化的最新进展综述
,”
J.全球优化。
45
,
38
(
2009
).
5
B。
哈特克
, “
全局优化
,”
威利公司(Wiley Interdiscip)。版本:计算。摩尔科学。
1
,
879
887
(
2011
).
6
注册总会计师。
骨骼
总部。
维拉尔
, “
分子亚结构的穷举计数
,”
J.计算。化学。
18
,
86
107
(
1997
).
7.
S.J.公司。
叙温
,
J。
,
J。
布伦沃尔
,
美国。
,
年。
,
B.编号。
叙温
、和
Y。
, “
烷烃的交错构象:枚举问题的完全解
,”
J.分子结构。结构。化学。
413–414
,
227
239
(
1997
).
8
十、。
B。
库尔曼
, “
蛋白质设计模拟表明,侧链构象熵不是氨基酸环境偏好的强决定因素
,”
蛋白质:结构。,功能。,生物信息学。
62
,
739
748
(
2006
).
9
序号。
波洛克
,
欧洲航空公司。
美洲狮
,
医学博士。
韦斯特
、和
T.I.公司。
奥普拉
, “
脚手架拓扑。1.穷举枚举最多八个环
,”
化学杂志。信息模型。
48
,
1304
1310
(
2008
).
10
J·M·。
拉姆
第页。
埃尔哈特
, “
超越神奇数字:任何尺寸的原子尺度平衡纳米颗粒形状
,”
纳米Lett。
17
,
5775
5781
(
2017
).
11
N。
大都市
,
A.W.公司。
罗森布卢特
,
M.编号。
罗森布卢特
,
A.H.公司。
出纳员
、和
E.公司。
柜员
, “
快速计算机器的状态方程计算
,”
化学杂志。物理学。
21
,
1087
1092
(
1953
).
12
D.B.博士。
拉克斯
,
L.G.公司。
费雷拉
,
美国。
弗洛恩
、和
答:。
Zunger公司
, “
替代系统的高效集群扩展
,”
物理学。版本B
46
,
12587
(
1992
).
13
十、。
,
L。
、和
西。
, “
Lennard–Jones簇快速优化的动态格搜索方法
,”
J.计算。化学。
25
,
1693
1698
(
2004
).
14
英国。
,
十、。
,
L。
、和
L。
, “
N的Lennard-Jones簇的无偏模糊全局优化1000
,”
化学杂志。物理学。
151
,
214105
(
2019
).
15
D.J.博士。
威尔士
J.P.K。
多伊
, “
通过碱基跳跃和含110个原子的Lennard-Jones团簇的最低能量结构进行全局优化
,”
《物理学杂志》。化学。A类
101
,
5111
5116
(
1997
).
16
美国。
柯克帕特里克
,
C.D.公司。
盖拉特
、和
下午。
维奇
, “
模拟退火优化
,”
科学类
220
,
671
680
(
1983
).
17
美国。
戈德克
, “
极小跳跃:复杂分子体系势能面全局极小值的一种有效搜索方法
,”
化学杂志。物理学。
120
,
9911
9917
(
2004
).
18.
瑞典。
勋伯恩
,
美国。
戈德克
,
美国。
罗伊
、和
A.R.公司。
奥加诺夫
, “
最小跳变和进化算法在簇结构预测中的性能
,”
化学杂志。物理学。
130
,
144108
(
2009
).
19
C.J.Z。
米查莱维茨
, “
数值优化的遗传算法
,”
统计计算。
1
,
75
(
1991
).
20
D.M.博士。
迪文
K.M.公司。
, “
基于遗传算法的分子几何优化
,”
物理学。修订稿。
75
,
288
291
(
1995
).
21
A.R.公司。
奥加诺夫
C.W.公司。
玻璃
, “
用从头算进化技术预测晶体结构:原理和应用
,”
化学杂志。物理学。
124
,
244704
(
2006
).
22
L、B。
维尔姆森
B。
锤子
, “
金的系统研究6至Au12用密度泛函理论研究MgO(100)F中心上的金团簇
,”
物理学。修订稿。
108
,
126101
(
2012
).
23
L.B.公司。
维尔姆森
B。
锤子
, “
金红石型TiO上金团簇界面周长催化位点的确定2(110)
,”
ACS目录。
4
,
1626
1631
(
2014
).
24
第页。
,
年。
,
T。
,
E.公司。
,
J。
、和
J。
, “
金的构造勘探x个M(M)(M=Si,Ge,Sn;x=9–12)聚类及改进的遗传算法
,”
RSC高级。
9
,
7432
7439
(
2019
).
25
F、。
布恩迪亚
,
J.A.公司。
瓦尔加斯
,
共和国。
约翰斯顿
、和
M.R.先生。
贝尔特兰
, “
用遗传算法研究小AuRh团簇的稳定性
,”
计算。西奥。化学。
1119
,
51
58
(
2017
).
26
美国。
海达里扬
,
M.R.先生。
努里
,
M。
阿莱
,
Z.公司。
阿拉哈里
、和
T.A.公司。
尼豪斯
, “
中型硅团簇全球最小值的新候选:应用于Sin的混合DFTB/DFT遗传算法,n=8–80
,”
化学杂志。物理学。
149
,
074313
(
2018
).
27
E.公司。
博兹科特
,
硕士。
佩雷斯
,
R。
霍维乌斯
,
新泽西州。
布朗宁
、和
美国。
罗斯利斯伯格
, “
基于遗传算法的高耐热金属蛋白的设计与实验表征
,”
美国化学杂志。Soc公司。
140
,
4517
4521
(
2018
).
28
G.G.公司。
龙迪纳
J.L.F.公司。
席尔瓦
, “
团簇和纳米粒子结构优化的改进basin-hoppin-Monte-Carlo算法
,”
化学杂志。Inf.模块。
53
,
2282
(
2013
).
29
J·E。
琼斯
美国。
查普曼
, “
关于分子场的测定-二、。从气体状态方程
,”
程序。R.Soc.伦敦,Ser。A类
106
,
463
477
(
1924
).
30
H。
埃谢特
,
F、。
布吕内瓦尔
、和
M。
帕里内洛
, “
新Lennard-Jones亚稳态
,”
化学杂志。物理学。
129
,
026101
(
2008
).
31
Z.公司。
H.A.公司。
舍拉加
, “
蛋白质折叠中多重最小问题的蒙特卡罗最小化方法
,”
程序。国家。阿卡德。科学。美国。
84
,
6611
6615
(
1987
).
32
D。
法国
B。
史密特
,
了解分子模拟
(
学术出版社
,
2002
).
33
H。
健内
, “
搜索Lennard-Jones团簇最佳几何结构的聪明有效方法
,”
化学杂志。信息模型。
46
,
2066
2070
(
2006
).
34
J·D·。
亨特
, “
Matplotlib二维图形环境
,”
计算。科学。工程师。
9
,
90
95
(
2007
).
35
美国。
米勒
答:。
Zunger公司
, “
有序和无序α黄铜的结构
,”
物理学。版本B
63
,
094204
(
2001
).
36
答:。
斯图科夫斯基
, “
使用开放可视化工具OVITO对原子模拟数据进行可视化和分析
,”
模型1。模拟。马特。科学。工程师。
18
,
015012
(
2009
).
37.
L.B.公司。
维尔姆森
B。
锤子
, “
支持纳米结构第一性原理全局结构优化的遗传算法
,”
化学杂志。物理学。
141
,
044711
(
2014
).
38
美国。
普里普顿
, “
短程分子动力学的快速并行算法
,”
J.计算。物理学。
117
,
1
(
1995
).
40
请参阅http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html剑桥能源景观数据库。
41
A.H.公司。
拉森
,
J·J。
莫滕森
,
J。
布洛姆奎斯特
,
I.E.公司。
卡斯泰利
,
R。
克里斯滕森
,
M。
杜瓦克
,
J。
弗里斯
,
M.编号。
格罗夫斯
,
B。
锤子
,
C、。
哈格斯
,
电气工程师。
爱马仕
,
邮政编码:。
詹宁斯
,
邮政信箱。
延森
,
J。
科尔莫德
,
J.R.公司。
基钦
,
大肠杆菌。
科尔斯伯格
,
J。
库巴尔
,
英国。
卡斯布杰格
,
美国。
吕斯高
,
J.B.公司。
马伦森
,
T。
马克森
,
T。
奥尔森
,
L。
帕斯特夫卡
,
答:。
彼得森
,
C、。
罗斯加德
,
J。
希奥茨
,
O。
Schütt公司
,
M。
奇怪
,
英国标准。
蒂格森
,
T。
素食
,
L。
维尔姆森
,
M。
沃尔特
,
Z.公司。
、和
K.W.公司。
雅各布森
, “
原子模拟环境——用于处理原子的Python库
,”
物理杂志:康登斯。物质
29
,
273002
(
2017
).
42
J。
贝勒
, “
透视:原子模拟的机器学习潜力
,”
化学杂志。物理学。
145
,
170901
(
2016
).
43
M。
岩松
年。
奥卡比
, “
偶尔跳台跳台
,”
化学。物理学。莱特。
399
,
396
400
(
2004
).
44.
P.W.公司。
沃尔希斯
, “
奥斯特瓦尔德成熟理论
,”
《统计物理学杂志》。
38
,
231
252
(
1985
).
45.
美国。
卢卡斯
第页。
莫斯科夫金
, “
用通用的简单动力学蒙特卡罗程序模拟原子沉积、孤岛聚合、奥斯特瓦尔德成熟和逆奥斯特瓦德成熟的高温过程
,”
固体薄膜
518
,
5355
5361
(
2010
).

补充材料

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