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结石模型膜中的双刺激

出版:2008年7月1日出版历史
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摘要

摘要

互模拟是公认的行为等价物,广泛用于研究计算机科学系统的特性。互模拟假设系统的行为被描述为标记的过渡系统,通过评估系统与已知具有这些特性的系统的互相似性,可以验证系统的特性。

在本文中,我们展示了如何为两种描述生物系统的形式定义基于标记转换系统和互模拟的语义,这两种形式都能够描述膜相互作用。这两种形式是循环序列演算(CLS)和Brane演算,由于它们来源于两种不同的方法(重写系统和过程演算),互模拟似乎是一种很好的通用验证方法。

我们引入CLS并定义了一个标记语义和互模拟,并证明了一些同余结果。我们通过两个例子展示了如何使用相互刺激来验证特性:描述大肠杆菌中乳糖降解的调节和描述EGF信号通路。我们回顾了PEP演算(Brane演算中最简单的)及其到CLS的翻译,我们定义了PEP过程的标记语义和一些互模拟同余,并证明了双相似的PEP过程被翻译成双相似的CLS术语。

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