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概述

melt为使用经验似然方法进行数据分析提供了一个统一的框架。一组函数可用于执行多个经验似然检验,并为“R”中的各种模型构建置信区间。melt提供了一个易于使用的界面和指定假设和校准方法的灵活性,将框架扩展到同时推断。核心计算例程使用“Eigen”“C++”库和“RcppEigen“接口实现,使用“OpenMP”进行并行计算。测试程序的详细信息见Kim、MacEachern和Peruggia(2023年).包装上有一份配套文件Kim、MacEachern和Peruggia(2024年)这项工作得到了美国国家科学基金会(NoSES-1921523型DMS-2015552.

安装

您可以从CRAN安装最新稳定版本的熔体。

安装.包(“熔化”)

您可以从GitHub或R-宇宙.

#install.packages(“pak”)
巴基斯坦::巴基斯坦(“ropensci/melt”)
安装.包(“熔化”,回购= "https://ropensci.r-universe.dev网址")

主要功能

melt为执行最常见的数据分析任务提供了直观的API:

用法

图书馆(熔化)
设置种子(971112)

##平均值测试
数据(“精确”)
(适合 <- el_平均值(悬崖,票面价值= 30))
#>
#>经验可能性
#>
#>型号:平均
#>
#>最大EL估计值:
#> [1] 34.89
#>
#>奇斯克:8.285,df:1,Pr(>奇斯克):0.003998
#>EL评估:聚合


##调整后的经验似然校准
电子标签(适合,相对湿度= 30,校准= “艾尔”)
#>
#>经验似然检验
#>
#>假设:
#>票面价值=30
#>
#>显著性水平:0.05,校准:调整EL
#>
#>统计:7.744,临界值:3.841
#>p值:0.005389
#>EL评估:聚合


##自举校准
电子标签(适合,相对湿度= 30,校准= “引导”)
#>
#>经验似然检验
#>
#>假设:
#>par=30
#>
#>显著性水平:0.05,校准:Bootstrap
#>
#>统计:8.285,临界值:3.84
#>p值:0.0041
#>EL评估:聚合


##F校准
电子标签(适合,相对湿度= 30,校准= “f”)
#>
#>经验似然检验
#>
#>假设:
#>par=30
#>
#>显著性水平:0.05,校准:F
#>
#>统计:8.285,临界值:3.98
#>p值:0.005318
#>EL评估:聚合


##线性模型
数据(“地铁”)
fit_lm(适合_毫米) <- 标高(_L)(英里/加仑 ~ 显示 + 马力 + 重量 + qsec(秒),数据= 地铁车厢)
总结(fit_lm(适合_毫米))
#>
#>经验可能性
#>
#>型号:lm
#>
#>致电:
#>el_lm(公式=mpg~disp+hp+wt+qsec,数据=mtcars)
#>
#>观察次数:32
#>参数数量:5
#>
#>零假设下的参数值:
#>(截距)调度hp wt qsec
#>       29.04        0.00        0.00        0.00        0.00
#>
#>拉格朗日乘数:
#> [1] -260.167   -2.365    1.324  -59.781   25.175
#>
#>最大EL估计值:
#>(截距)调度hp wt qsec
#>   27.329638    0.002666   -0.018666   -4.609123    0.544160
#>
#>logL:-327.6,logLR:-216.7
#>奇斯克:433.4,df:4,Pr(>奇斯克):<2.2e-16
#>约束EL:聚合
#>
#>系数:
#>估算Chisq Pr(>Chisq)
#>(截距)27.329638 443.208<2e-16***
#>位移0.002666 0.365 0.54575
#>马力-0.018666 10.730 0.00105**
#>重量-4.609123 439.232<2e-16***
#>qsec 0.544160 440.583<2e-16***
#> ---
#>签名。代码:0’***’0.001’**'0.01’*'0.05’0.1 ' ' 1
 <- 对抗(fit_lm(适合_毫米),参数= c(c)(“显示”,“惠普”),n点= 200)
情节()

数据(“血凝素”)
fit2_lm(适合2-1m) <- 标高(_L)(clo(克隆) ~ -1 + 信托收据,数据= 噻虫胺)
总结(设备2 lm)
#>
#>经验可能性
#>
#>型号:lm
#>
#>电话:
#>el_lm(公式=clo~-1+trt,数据=clothianidin)
#>
#>观察次数:102
#>参数数量:4
#>
#>零假设下的参数值:
#>trt裸trt杀菌剂trt低trt高
#>            0            0            0            0
#>
#>拉格朗日乘数:
#>[1]-4.116e+06-7.329e-01-1.751e+00-1.418e-01
#>
#>最大EL估计值:
#>trt裸trt杀菌剂trt低trt高
#>       -4.479       -3.427       -2.800       -1.307
#>
#>logL:-918.9,logLR:-447.2
#>奇斯克:894.4,df:4,Pr(>奇斯克):<2.2e-16
#>EL评估:达到最大迭代次数
#>
#>系数:
#>估算Chisq Pr(>Chisq)
#>trt裸体-4.479 411.072<2e-16***
#>trt杀菌剂-3.427 59.486 1.23e-14***
#>trt低-2.800 62.955 2.11e-15***
#>trt高-1.307 4.653 0.031*
#>---
#>Signif(签名)。代码:0’***’0.001’**'0.01’*'0.05’0.1 ' ' 1
限制(confint)(fit2_lm(适合2-1m))
#>下部上部
#>trtNaked-5.002118-3.9198229
#>trt杀菌剂-4.109816-2.6069870
#>trt低-3.681837-1.9031795
#>trt高-2.499165-0.1157222


##广义线性模型
数据(“噻虫嗪”)
fit_glm公司 <- el_glm公司(参观 ~ 日志(群众) + 水果 + 树叶 + 无功功率,无功功率 + 信托收据,
家庭= 准泊松(链接= “日志”),数据= 噻虫嗪,
控制= el_控制(最大值= 100,托尔= 1e-08年,个读数= 4)
)
总结(fit_glm公司)
#>
#>经验可能性
#>
#>模型:glm(带对数链接的准泊松族)
#>
#>致电:
#>el_glm(公式=访问~log(质量)+水果+树叶+var+
#>trt,family=拟泊松(link=“log”),data=噻虫嗪,
#>控制=el_control(maxit=100,tol=1e-08,nthreads=4)
#>
#>观察次数:165
#>参数数量:8
#>
#>零假设下的参数值:
#>(截距)原木(大量)果叶varGZ trt喷雾
#>     -0.1098      0.0000      0.0000      0.0000      0.0000      0.0000
#>trt沟渠trt种子φ
#>      0.0000      0.0000      1.4623
#>
#>拉格朗日乘数:
#> [1]   1319.19    210.54    -12.99 -24069.07   -318.90   -189.14    -53.35
#> [8]    262.32   -170.21
#>
#>最大EL估计值:
#>(截距)原木(大量)果叶varGZ trt喷雾
#>    -0.10977     0.24750     0.04654   -19.40632    -0.25760     0.06724
#>trt犁沟trt种子
#>    -0.03634     0.34790
#>
#>logL:-2272,logLR:-1429
#>奇斯克:2859,df:7,Pr(>奇斯克):<2.2e-16
#>约束EL:初始化失败
#>
#>系数:
#>估算Chisq Pr(>Chisq)
#>(截距)-0.10977 0.090 0.764
#>对数(质量)0.24750 425.859<2e-16***
#>水果0.04654 29.024 7.15e-08***
#>树叶-19.40632 65.181 6.83e-16***
#>varGZ-0.25760 17.308 3.18e-05***
#>trt喷雾0.06724 0.860 0.354
#>trt沟渠-0.03634 0.217 0.641
#>trt种子0.34790 19.271 1.13e-05***
#> ---
#>Signif(签名)。代码:0’***’0.001’**'0.01’*'0.05’0.1 ' ' 1
#>
#>拟泊松族的色散:1.462288


##无处理效果试验
对比 <- c(c)(
  “trtNaked-trt杀菌剂”,“trt杀菌剂-trt低”,“trt低-trt高”
)
电子标签(fit2_lm(适合2-1m),左侧= 对比)
#>
#>经验似然检验
#>
#>假设:
#>trtNaked-trt杀菌剂=0
#>trt杀菌剂-trt低=0
#>trt低-trt高=0
#>
#>显著性水平:0.05,校准:Chi-square
#>
#>统计:26.6,临界值:7.815
#>p值:7.148e-06
#>约束EL:聚合


##多次测试
对比度2 <- 旋转(
  c(c)(0,0,0,0,0,1,0,0),
  c(c)(0,0,0,0,0,0,1,0),
  c(c)(0,0,0,0,0,0,0,1)
)
埃尔姆特(fit_glm公司,左侧= 对比度2)
#>
#>经验似然多重检验
#>
#>总体显著性水平:0.05
#>
#>校准:多元方格
#>
#>假设:
#>估计Chisq Df
#>trt喷雾=0 0.06724 0.860 1
#>trt沟渠=0-0.03634 0.217 1
#>trt设定=0 0.34790 19.271 1

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