Protein structure comparison based on fold evolution

本文提出了一种蛋白质结构比较算法，能够识别两个蛋白质之间的特定折叠突变。对这种突变的搜索是基于结构进化模型，该模型表明，与序列类似，蛋白质折叠（至少部分）是通过逐步过程进化的，其中每个步骤都包括相对简单的变化，影响很少的二级结构元素。本研究中考虑的特殊折叠突变基于Grishin[Gr01]的工作。该算法使用3D图形的结构表示，是对SSM结构对齐工具[KH04a]中使用的方法的修改。实验表明，我们的方法能够自动识别Grishin给出的85%的折叠突变示例。此外，为了测量不同类型折叠突变的比较频率，还进行了一些测试，包括CATH结构域的全面对比，并获得了一些统计估计。

Natalja Kurbatova；劳拉·曼金斯卡；Víksna，Juris（2007）：基于折叠进化的蛋白质结构比较。德国生物信息学会议-GCB 2007。波恩：Gesellschaft für Informatik e.V.PISSN:1617-5468。国际标准图书编号：978-3-88579-2009-3。第78-89页。常规研究论文。波茨坦。2007年9月26日至28日，波茨坦，

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基于折叠进化的蛋白质结构比较

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