设计逻辑规则来模拟具有复杂相互作用的生物分子网络的响应：癌症建模的应用

审核人：阿图罗·奥尔蒂斯·塔皮亚

基因外部因素的存在使基因表达可变。古齐奥洛夫斯基和其他人提出了一种通过使用施加在一些已知相互作用网络上的逻辑规则来建模生物分子网络的方法。他们提出了两种算法来分析某些分子的抑制或激活触发，并给出了其余的分子环境。第一个恢复连接一些观察值的最小子图，并找到激活或抑制给定目标的可能路径。该算法不会在多项式时间内进化。第二种算法通过人工固定一个节点来发现一些不可观察或不可预测的节点，然后在生成的子图中发现矛盾；这使得找到通向正确的不可预测节点的路径的子图成为可能。与统计微阵列相比，使用施加在网络上的逻辑规则的优势在于，后者在测试数千个基因时会产生许多假阳性。在他们的算法中，作者修改了预测概率，通过激活或抑制的逻辑（分子）规则对其进行偏置。本文中的算法已经过验证，用于包括癌基因与其他分子存在时其抑制或激活的相关性的路径。结果非常令人鼓舞。我向分子生物学家、软计算和人工数学家以及相关专业人士推荐本文。一些高级研究生可能也能掌握内容。在线计算评论服务