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ESLTAG解析的改进算法：一种适用于RNA伪结的语法模型

作者:

桑古瑟瓦尔拉贾塞卡兰,

萨哈尔阿尔·塞西、和

瑞达A。 Ammar公司作者信息和声明

IEEE/ACM计算生物学和生物信息学汇刊（TCBB）,体积7,问题4

页619-627

https://doi.org/10.109/TCBB.2010.54

出版:2010年10月1日出版历史

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摘要

形式文法在生物学中被用来解决各种重要问题。特别是，语法被用于建模和预测RNA结构。两种这样的语法是简单线性树邻接语法（SLTAG）和扩展SLTAG（ESLTAGs）。使用语法形式的技术的性能关键取决于底层解析算法的效率。本文提出了有效的SLTAG和ESLTAG解析算法。我们的SLTAG解析算法需要O（{rm-min}\{m，n^4\}）时间和O（{orm-min}，n^4]）空间，其中m是矩阵m（通常由TAG分析算法使用）中的条目数。我们的ESLTAG解析算法需要O（n{rm-min}\{m，n^4\}）时间和O（{rm-min}\{m^4\{）空间。我们表明，在实践中，这些算法的性能优于Uemura等人的算法[21]。

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索引术语

ESLTAGs解析的改进算法：一种适用于RNA伪结的语法模型
1. 计算理论
  1. 形式语言与自动机理论
    1. 语法和上下文无关语言

索引项已通过自动分类分配给内容。

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封面图片IEEE/ACM计算生物学和生物信息学汇刊

IEEE/ACM计算生物学和生物信息学汇刊第7卷第4期

2010年10月

203页

国际标准编号：1545-5963

出版商

IEEE计算机学会出版社

美国华盛顿特区

出版历史

出版：2010年10月1日

发布于TCBB体积7,问题4

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