OpenEye Scientific的OMEGA利用NVIDIA以30倍的速度为药物设计生成3D分子整合器

计算分子设计涉及需要特殊处理能力的计算密集型计算。 

无论是在制药、生物技术、农用化学品还是香料行业工作，研究人员经常要处理包含数百万到数十亿种化合物的数据集。

直到最近，这还要求公司投资于昂贵的专用高性能计算（HPC）能力，以进行大规模分子设计程序。对于许多团队来说，这意味着他们的研究经常受到硬件和预算限制。

随着GPU的出现，现在比以往任何时候都更容易进行快速、准确和成本敏感的计算。 

OpenEye科学作为科学计算和分子设计领域的行业领导者，该公司已经更新了几款产品，以利用GPU的强大功能。因此，任何规模的研究小组现在都能更好地进行大规模分子计算和模拟，快速分析指数级较大的数据集，提高计算速度，同时降低相关成本。

许多OpenEye产品的核心是欧米茄该工具使用1D或2D分子数据文件来生成高质量和生物活性的3D构象体，其是三维分子结构的不同形状。

然后，研究人员使用这些3D构象器与其他OpenEye软件产品一起执行各种分子建模或药物发现任务，例如：

• 形状和化学特征相似性评分（ROCS^®和FastROCS™）静电划线（EON）
• 碎片替换（BROOD）
• 停靠和摆姿势（OEDocking）
• 力场优化（SZYBKI）
• 配体热力学（自由形式）

OpenEye最近更新了OMEGA，以与NVIDIA市场领先的GPU处理器配合使用。与传统的CPU处理时间相比，使用GPU运行OMEGA可使整合器生成速度提高30倍。与使用传统CPU运行如此大规模的处理相比，它还降低了成本。 

基准测试结果

基准测试研究表明，与传统CPU相比，运行GPU-OMEGA可显著加快一致性生成速度，且无精度损失。

在一次比较中，GPU-OMEGA的执行精度与OpenEye的原始OMEGA软件相同，如下所示，使用Platinum数据集的过滤子集[弗里德里希-2017] [霍金斯-2020].

GPU-OMEGA还与OMEGA的原始CPU版本进行了基准测试NVIDIA A100公司所有可用采样模式（经典、DENSE、POSE、ROCS和FastROCS）上的GPU使用GSK TCAM数据集中大约13000个分子的子集[2010年奥运会]. 最令人印象深刻的加速是密集采样模式，处理时间从近220小时减少到仅超过6小时。

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了解更多信息关于OpenEye Scientific的OMEGA分子构象发生器。