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关于此数据库

DBTSS;转录起始点数据库。

为了支持转录调控研究,我们构建了DBTSS,它根据我们独特的经实验验证的TSS测序方法TSS-seq表示基因组中转录起始位点(TSS)的准确位置。该数据库包括人类成人和胚胎组织主要部分的DBTSS数据。DBTSS现在包含4.91亿TSS标签序列,用于从总共20个组织和7个细胞培养物中收集。我们还整合了新生成的亚细胞分离RNA的RNA-seq数据和组蛋白修饰的ChIP-seq数据、RNA聚合酶II和培养细胞系中的几个转录调控因子。我们还包括最近积累的外部表观基因组数据,如ENCODE项目的染色质图谱。

综上所述,我们提供了一种独特的数据资源,用于调查在各种样本的特定基因组坐标中观察到的基因组特征。我们认为,新的DBTSS有助于理解大规模鉴定的TSS的生物学后果,并确定与无序转录调控相关的人类遗传估值。


基金:

DBTSS公司由JSPS支持,授予ID为221S0002



参考文献  

铃木良子、申川野、三山拓泰、铃山美子、菅井佳美、白志浩、佐佐木裕久、德久那加、竹原胜也、铃野秀男、中井肯田、铃木裕隆。用于转录调控的综合分析的DBTSS/DBKERO。核酸研究。2018(数据库问题)。

铃木A、Mimaki S、Yamane Y、Kawase A、松岛K、铃木M、Goto K、Sugano S、Esumi H、Suzuki Y、Tsuchihara K。未对正常组织对应物进行测序的日本肺腺癌癌突变的鉴定和表征。公共科学图书馆一号。2013年9月12日;8(9).

Yamashita R、Sathira NP、Kanai A、Tanimoto K、Arauchi T、Tanaka Y、Hashimoto S、Sugano S、Nakai K、Suzuki Y.(2011)通过整合转录组分析对人类转录起始位点的基因组表征。基因组研究。2011年3月3日。

Tsuchihara K、Suzuki Y、Wakaguri H、Irie T、Tanimoto K、Hashimoto S、Matsushima K、Mizushima-Sugano J、Yamashita R、Nakai K、Bentley D、Esumi H和Sugano S.(2009)缺氧细胞中人类基因的大规模转录起始点分析。核酸研究。2009年2月22日。

[日语]
《数据库手册》(Yodosha)



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新闻
  • 2017年12月21日:DBTSS 10.1版更新。


  • 2017年9月15日:DBTSS 10.0版发布。


  • 2017年9月1日:人类肺腺癌细胞系(LC-2/ad:(replicate))的新C1数据现已发布(参见浏览器:Single cell->C1->LC-2/ad(replication))。


  • 2017年8月25日:人类肺腺癌细胞系(LC-2/ad:+Vandetanib)的新C1数据现已发布(参见浏览器:Single cell->C1->LC-2/ad+Vandeteanib。)。


  • 2017年8月18日:全基因组鸟枪(WGS)读取肺腺癌深度数据,26个细胞株更新为bigWig文件(参见浏览器:肺癌omix->[细胞株(如LC2/ad)]->[细胞系]WGS(bw))。


  • 2017年8月10日:人类肺腺癌细胞系(LC-2/ad:Registant+Vandetanib)的新C1数据现已发布(请参阅浏览器:Single cell->C1->LC-2/ad+Vandeteanib(Resistant))。


  • 2017年8月4日:人类肺腺癌细胞系(LC-2/ad:Registant)的新C1数据现已发布(请参阅浏览器:Single cell->C1->LC-2/ad(Resistible))。


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