罗姆·E·阿玛罗
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2020年–今天
2023 [j45] 阿比盖尔·多默 , 洛伦佐·卡萨利诺 , 菲奥娜·卡恩斯 , 米娅·罗森菲尔德 , 尼古拉斯·沃尔 , Surl-Hee Ahn公司 , 约翰鲁索 , A.索菲亚·奥利维拉 , 克莱尔·莫里斯 , 安东尼·博格蒂 , 安达·特里凡 , 亚历山大·布拉斯 , Terra Sztain公司 , 奥斯汀-克莱德 , Heng Ma公司 , S.Chakra Chennubhotla公司 , 韩国现代集团(Hyungro Lee) , 马特奥·图里利 , 赛玛·哈立德 , 特蕾莎·塔马约·门多萨 , 马修·威尔伯恩 , 安德斯·克里斯滕森 , 丹尼尔·史密斯 , 卓然巧 , 赛·西鲁马拉 , 奥康纳 , 弗雷德里克·曼比 , 阿尼玛·阿南德库玛 , 大卫·J·哈迪 , 詹姆斯·菲利普斯 , 亚伯拉罕·斯特恩 , 乔什·罗梅罗 , 克拉克 , 米切尔·多雷尔 , 汤姆·梅登 , 雷黄(Lei Huang) , 约翰·麦卡宾 , 克里斯托弗·伍兹 , 阿兰·格雷 , 马特·威廉姆斯 , 布莱恩·巴克 , 哈琳达·拉贾帕克沙 , 理查德·皮特斯 , 汤姆·吉布斯 , 约翰·E·斯通 , 丹尼尔·扎克曼 , 阿德里安·穆霍兰德 , 托马斯·米勒三世 , Shantenu Jha公司 , 阿尔文德·拉马纳森 , 莉莲·T·冲 , 罗姆·E·阿玛罗 :
#机载冠状病毒:在呼吸气溶胶中使用AI支持的δSARS-CoV-2多尺度计算显微镜。 国际期刊高性能计算。 申请。 37 ( 1 ) : 28-44 ( 2023 ) [公元44年] 阿努帕姆·阿南德·奥哈 , 安布杰·斯利瓦斯塔瓦 , 莱恩·沃塔普卡 , 罗姆·E·阿玛罗 :
使用马尔可夫Milestoning和Voronoi细分对紧密结合JAK-STAT抑制剂的选择性和排序。 化学杂志。 信息模型。 63 ( 8 ) : 2469-2482 ( 2023 ) [j43] 特蕾莎·A·索尔斯 , 佐伊·库尼亚 , 凯文·奈杜 , 罗姆·E·阿玛罗 , 哈比巴·A·瓦哈卜 , 肯尼思·默兹(Kenneth M.Merz Jr.)。 :
JCIM出版物中分子动力学模拟报告指南。 化学杂志。 信息模型。 63 ( 11 ) : 3227-3229 ( 2023 ) 【c3】 罗姆·E·阿玛罗 , Jiunn-Yeu Chen先生 , 哈维尔·杜阿尔特 , 托马斯·赫顿 , 克里斯托弗·欧文 , 马丁·坎迪斯 , 阿米特·马朱姆达尔 , 德米特里·米申 , Mai H.Nguyen女士 , 保罗·罗德里格斯 , 费尔南多·席尔瓦 , 罗伯特·辛科维茨 , 肖恩·斯特兰德 , 马希达尔·塔蒂尼尼 , Leon Si Tran先生 , 妮可·沃尔特 :
旅行者-科学和工程中人工智能和机器学习应用的创新计算资源。 PEARC公司 2023 : 278-282 2022 [公元42年] 杰西·罗甘 , 德鲁夫·库马尔 , 辛西娅·陈 , 布林·泰勒 , 本杰明·贾格尔 , 罗姆·E·阿玛罗 , 克里斯托弗·T·李 :
在D3R大挑战4中对集成对接方法进行基准测试。 J.计算。 辅助分子设计。 36 ( 2 ) : 87-99 ( 2022 ) [公元41年] 莱恩·沃塔普卡 , 安德鲁·斯托克利 , 阿努帕姆·阿南德·奥哈 , 罗姆·E·阿玛罗 :
SEEKR2:利用OpenMM分子动力学引擎的多功能多尺度里程计。 化学杂志。 信息模型。 62 ( 13 ) : 3253-3262 ( 2022 ) [j40] 佐伊·库尼亚 , 特蕾莎·A·索尔斯 , 哈比巴·A·瓦哈布 , 罗姆·E·阿玛罗 :
庆祝计算和理论化学的多样性、公平性、包容性和尊重。 化学杂志。 信息模型。 62 ( 24 ) : 6287-6291 ( 2022 ) 2021 [公元39年] 洛伦佐·卡萨利诺 , 阿比盖尔·多默 , 齐德·盖布 , 埃米利亚·巴罗斯 , Terra Sztain公司 , Surl-Hee Ahn公司 , 安达·特里凡 , 亚历山大·布拉斯 , 安东尼·博格蒂 , 奥斯汀-克莱德 , Heng Ma公司 , 韩国现代集团(Hyungro Lee) , 马特奥·图里利 , 赛玛·哈立德 , 莉莲·T·冲 , 卡洛斯·辛默林 , 大卫·J·哈迪 , 朱利奥·D·C·迈亚 , 詹姆斯·菲利普斯 , 托尔斯滕·库思 , 亚伯拉罕·斯特恩 , 雷黄(Lei Huang) , 约翰·麦卡宾 , 马希达尔·塔蒂尼尼 , 汤姆·吉布斯 , 约翰·E·斯通 , Shantenu Jha公司 , 阿尔文德·拉马纳森 , 罗姆·E·阿玛罗 :
AI驱动的多尺度模拟阐明了SARS-CoV-2尖峰动力学的机制。 国际期刊高性能计算。 申请。 35 ( 5 ) ( 2021 ) [公元38年] Terra Sztain公司 , 罗姆·E·阿玛罗 , 詹姆斯·安德鲁·麦卡蒙 :
SARS-CoV-2主蛋白酶中隐秘和变构口袋的说明。 化学杂志。 信息模型。 61 ( 7 ) : 3495-3501 ( 2021 ) [公元37年] 佐伊·库尼亚 , 特蕾莎·A·索尔斯 , 哈比巴·A·瓦哈布 , 罗姆·E·阿玛罗 :
提高女性在化学方面的地位。 化学杂志。 信息模型。 61 ( 11 ) : 5305-5306 ( 2021 ) 2020 [公元36年] 罗姆·E·阿玛罗 , 阿德里安·穆霍兰德 :
新冠肺炎及其后的生物分子模拟。 计算。 科学。 工程师。 22 ( 6 ) : 30-36 ( 2020 ) [j35] 迈克尔·吉尔森 , 罗姆·E·阿玛罗 :
药物设计数据资源,大挑战4,第二期。 J.计算。 辅助分子设计。 34 ( 2 ) : 97 ( 2020 ) [公元34年] 康纳·D·帕克斯 , 齐德·盖布 , 迈克尔·邱 , 杨焕旺 , 邵成华 , W·帕特里克·沃尔特斯 , 约翰娜·詹森(Johanna M.Jansen) , 乔治亚·B·麦考基 , 理查德·刘易斯 , 斯科特·本内克 , 迈克尔·K·亚美利克斯 , 塔拉·米尔扎德甘 , 史蒂芬·K·伯里 , 罗姆·E·阿玛罗 , 迈克尔·吉尔森 :
D3R大挑战4:蛋白质结合位的盲预测、亲和力排名和相对结合自由能。 J.计算。 辅助分子设计。 34 ( 2 ) : 99-119 ( 2020 ) [公元33年] 朱利亚·帕勒莫 , Yuji Sugita公司 , 威利箭手 , 罗姆·E·阿玛罗 :
当代CryoEM信息和建模的面孔。 化学杂志。 信息模型。 60 ( 5 ) : 2407-2409 ( 2020 ) [公元32年] 罗姆·E·阿玛罗 , 阿德里安·穆霍兰德 :
关于共享新冠肺炎生物分子模拟数据的社区信函。 化学杂志。 信息模型。 60 ( 6 ) : 2653-2656 ( 2020 ) [公元31年] 当归Mazzolari , Ariane Nunes-Alves公司 , 哈比巴·A·瓦哈卜 , 罗姆·E·阿玛罗 , 佐伊·库尼亚 , 肯尼思·默兹(Kenneth M.Merz Jr.)。 :
《化学信息与建模杂志》特刊对计算化学领域女性的影响。 化学杂志。 信息模型。 60 ( 7 ) : 3328-3330 ( 2020 ) 【j30】 Surl-Hee Ahn公司 , 本杰明·R·贾格尔 , 罗姆·E·阿玛罗 :
使用加权系综方法对配体结合动力学进行排序,并与多尺度里程法进行比较。 化学杂志。 信息模型。 60 ( 11 ) : 5340-5352 ( 2020 ) [公元29年] 阿德里安·穆霍兰德 , 罗姆·E·阿玛罗 :
新冠肺炎——计算化学家迎接这一时刻。 化学杂志。 信息模型。 60 ( 12 ) : 5724-5726 ( 2020 ) [公元28年] 肯尼思·默兹(Kenneth M.Merz Jr.)。 , 罗姆·E·阿玛罗 , 佐伊·库尼亚 , 马蒂亚斯·拉里 , 特蕾莎·A·索尔斯 , 亚历山大·特罗普沙 , 哈比巴·A·瓦哈布 , 王仁晓 :
编辑:方法和数据共享以及科学结果的再现性。 化学杂志。 信息模型。 60 ( 12 ) : 5868-5869 ( 2020 ) [公元27年] 克里斯托弗·T·李 , 贾斯汀·劳克林 , 尼尔斯·安格利维尔 , 罗姆·E·阿玛罗 , 詹姆斯·安德鲁·麦卡蒙 , 拉维·拉马穆蒂 , 迈克尔·霍尔斯特 , 帕德米尼·兰加马尼 :
使用GAMer 2进行3D网格处理,以实现真实细胞几何中的反应扩散模拟。 公共科学图书馆计算。 生物。 16 ( 4 ) ( 2020 )
2010 – 2019
2019 [公元26年] 齐德·盖布 , 康纳·D·帕克斯 , 迈克尔·邱 , 杨焕旺 , 邵成华 , W·帕特里克·沃尔特斯 , 米勒德·兰伯特 , 内萨·尼文斯 , 斯科特·本内克 , 迈克尔·K·亚美利克斯 , 塔拉·米尔扎德甘 , 史蒂芬·K·伯里 , 罗姆·E·阿玛罗 , 迈克尔·吉尔森 :
D3R大挑战3:蛋白质-甘露型的盲预测和亲和力排名。 J.计算。 辅助分子设计。 33 ( 1 ) : 1-18 ( 2019 ) [公元25年] 哈比巴·A·瓦哈卜 , 罗姆·E·阿玛罗 , 佐伊·库尼亚 :
计算化学女性庆祝活动。 化学杂志。 信息模型。 59 ( 5 ) : 1683-1692 ( 2019 ) [公元24年] 杰弗里·瓦格纳 , 奥兹勒姆·德米尔 , 迈克尔·卡彭特 , Hideki Aihara先生 , 丹尼尔·哈基 , 鲁本·S·哈里斯 , 罗姆·E·阿玛罗 :
APOBEC3B寡核苷酸选择性的决定因素。 化学杂志。 信息模型。 59 ( 5 ) : 2264-2273 ( 2019 ) [公元23年] 朱利亚·巴勒莫 , 杉田裕二 , 威利箭手 , 罗姆·E·阿玛罗 :
CryoEM建模前沿。 化学杂志。 信息模型。 59 ( 7 ) : 3091-3093 ( 2019 ) [公元22年] 杨培池 , Shweta Purawat公司 , Pek U.Leong(北京) , Mao-Tsuen Jeng(毛顺仁) , 凯文·德马尔科 , 伊戈尔·沃罗比奥夫 , 安德鲁·麦卡洛赫(Andrew D.McCulloch) , 伊尔凯·阿提塔斯 , 罗姆·E·阿玛罗 , 科琳·E·克兰西 :
使用开普勒工作流进行心脏电生理建模和模拟的模块化、重用、再现性、可移植性和可扩展性演示。 公共科学图书馆计算。 生物。 15 ( 三 ) ( 2019 ) [公元21年] 克里斯托弗·T·李 , 约翰·穆迪 , 罗姆·E·阿玛罗 , 詹姆斯·安德鲁·麦卡蒙 , 迈克尔·J·霍尔斯特 :
彩色抽象单纯形复数的实现及其在网格生成中的应用。 ACM事务处理。 数学。 柔和。 45 ( 三 ) : 28:1-28:20 ( 2019 ) 2018 [j20] 克里斯托弗·T·李 , 罗姆·E·阿玛罗 :
Exascale Computing:计算生物学的新曙光。 计算。 科学。 工程师。 20 ( 5 ) : 18-25 ( 2018 ) [公元19年] 齐德·盖布 , 刘帅(Shuai Liu) , 西蒙·加蒂亚卡 , 迈克尔·邱 , 杨焕旺 , 邵成华 , 维多利亚·A·费赫 , W·帕特里克·沃尔特斯 , 伯恩德·库恩 , 马库斯·鲁道夫 , 史蒂芬·K·伯里 , 迈克尔·吉尔森 , 罗姆·E·阿玛罗 :
D3R大挑战2:蛋白质结合态的盲预测、亲和力排名和相对结合自由能。 J.计算。 辅助分子设计。 32 ( 1 ) : 1-20 ( 2018 ) [公元18年] 哈比巴·A·瓦哈布 , 罗姆·E·阿玛罗 , 佐伊·库尼亚 :
计算化学领域的女性。 化学杂志。 信息模型。 58 ( 11 ) : 2175-2177 ( 2018 ) [i1] 克里斯托弗·T·李 , 约翰·穆迪 , 罗姆·E·阿玛罗 , 詹姆斯·安德鲁·麦卡蒙 , 迈克尔·霍尔斯特 :
彩色抽象单纯形复数的实现及其在网格生成中的应用。 CoRR公司 abs/1807.01417 ( 2018 ) 2017 [公元17年] Shweta Purawat公司 , 查尔斯·考沃特 , 罗姆·E·阿玛罗 , 伊尔凯·阿提塔斯 :
生物医学大数据训练协作组织(BBDTC):致力于缩小生物医学科学和研究领域的人才差距。 J.计算。 科学。 20 : 205-214 ( 2017 ) 2016 [公元16年] 西蒙·加蒂亚卡 , 刘帅(Shuai Liu) , 迈克尔·邱 , 杨焕旺 , 珍妮·斯塔基 , 尤娜康 , 吉姆·德尔普洛普斯托 , 生姜Kubish , 詹姆斯·邓巴(James B.Dunbar Jr.)。 , 希瑟·A·卡尔森 , 史蒂芬·K·伯里 , W·帕特里克·沃尔特斯 , 罗姆·E·阿玛罗 , 维多利亚·A·费赫 , 迈克尔·吉尔森 :
2015年D3R大挑战:评估蛋白质与亲和力预测。 J.计算。 辅助分子设计。 30 ( 9 ) : 651-668 ( 2016 ) [公元15年] 克里斯托弗·T·李 , 杰弗里·科默 , 康纳·赫恩登 , Nelson Leung先生 , 安娜·巴夫洛娃 , 罗伯特·斯威夫特 , Chris Tung(克里斯·东) , 克里斯托弗·罗利 , 罗姆·E·阿玛罗 , 克里斯托夫·奇波特 , 王毅(Yi Wang) , 詹姆斯·坎巴特 :
基于模拟的小化合物膜渗透性测定方法。 化学杂志。 信息模型。 56 ( 4 ) : 721-733 ( 2016 ) [公元14年] 罗伯特·斯威夫特 , 西蒂·阿兹马·朱索 , 塔维娜·洛夫特 , 埃里克·S·李 , 罗姆·E·阿玛罗 :
基于知识的方法训练和优化虚拟筛选集成。 化学杂志。 信息模型。 56 ( 5 ) : 830-842 ( 2016 ) [j13] 塔维娜·洛夫特 , 罗伯特·斯威夫特 , 罗姆·E·阿玛罗 :
利用分子动力学模拟增强蛋白激酶的虚拟筛选性能。 化学杂志。 信息模型。 56 ( 10 ) : 1923-1935 ( 2016 ) 【c2】 Shweta Purawat公司 , 查尔斯·考沃特 , 罗姆·E·阿玛罗 , 伊尔凯·阿提塔斯 :
生物医学大数据训练协作组织(BBDTC):努力缩小生物医学科学和研究的人才差距。 ICCS系统 2016 : 1791-1800 2015 [公元12年] 努尔·库塞拉·凯鲁尔·伊克拉姆 , 雅各布·D·达兰特 , 穆赫塔里迪 , 阿尤尼·萨利哈·扎拉鲁丁 , 尼尼·普维塔萨里 , 诺尼萨·穆罕默德 , 艾西亚·萨阿德·阿卜杜勒·拉希姆 , 陈吉林(Chan Kit Lam) , Yahaya M.诺米 , 努萨达·阿卜杜勒·拉赫曼 , 罗姆·E·阿玛罗 , 哈比巴·A·瓦哈布 :
识别具有抗H5N1神经氨酸酶活性植物的虚拟筛选方法。 化学杂志。 信息模型。 55 ( 2 ) : 308-316 ( 2015 ) [公元11年] 雅各布·D·达兰特 , 凯瑟琳·E·卡尔森 , 特蕾莎·A·马丁 , 塔维娜·洛夫特 , 克里斯托弗·梅恩 , 约翰·卡泽内伦伯根 , 罗姆·E·阿玛罗 :
神经网络评分功能识别结构新颖的雌激素受体配体。 化学杂志。 信息模型。 55 ( 9 ) : 1953-1961 ( 2015 ) [公元10年] 莱恩·沃塔普卡 , 罗姆·E·阿玛罗 :
使用布朗动力学、分子动力学和里程计对结合动力学进行多尺度估计。 公共科学图书馆计算。 生物。 11 ( 10 ) ( 2015 ) 2014 [公元9年] 雅各布·D·达兰特 , 罗姆·E·阿玛罗 :
WebChem Viewer:用于轻松传播化学和结构数据集的工具。 BMC生物信息。 15 : 159 ( 2014 ) [j8] 雅各布·D·达兰特 , 罗姆·E·阿玛罗 :
LipidWrapper:一种生成任意几何形状的大规模膜模型的算法。 公共科学图书馆计算。 生物。 10 ( 7 ) ( 2014 ) 【c1】 Pek U.Leong(北京) , Jesper Sørensen公司 , 普拉桑塔·维姆 , 西莉亚·W·王 , 奥兹勒姆·德米尔 , 纳迪亚·威廉姆斯 , 王建武 , 丹尼尔·克劳尔 , 罗伯特·斯威夫特 , 罗伯特·D·马尔姆斯特罗姆 , 伊尔凯·阿提塔斯 , 罗姆·E·阿玛罗 :
计算机辅助药物发现和分子模拟的自动开普勒科学工作流进展。 ICCS系统 2014 : 1745-1755 2013 [j7] 莱恩·沃塔普卡 , 罗姆·E·阿玛罗 :
用FTProd表征多结构热点。 生物信息。 29 ( 三 ) : 393-394 ( 2013 ) [j6] Jiho公园 , 卢克·扎普拉 , 罗姆·E·阿玛罗 :
芳香化酶的分子模拟揭示了配体结合机制的新见解。 化学杂志。 信息模型。 53 ( 8 ) : 2047-2056 ( 2013 ) 2012 [j5] 奥兹勒姆·德米尔 , 罗姆·E·阿玛罗 :
中的核苷酸特异性元素 布氏锥虫 线粒体RNA编辑酶RET2。 化学杂志。 信息模型。 52 ( 5 ) : 1308-1318 ( 2012 ) 2011 【j4】 罗伯特·斯威夫特 , 罗姆·E·阿玛罗 :
被动膜透性的药效学建模。 J.计算。 辅助分子设计。 25 ( 11 ) : 1007-1017 ( 2011 ) [j3] 奥兹勒姆·德米尔 , 罗伯塔·巴罗尼奥 , 费泽·萨利希 , 克里斯托弗·沃斯曼 , 琳达厅 , G.韦斯利·哈特菲尔德 , 理查德·张伯林 , 皮特-凯塞尔 , 理查德·拉思罗普 , 罗姆·E·阿玛罗 :
基于集合的计算方法区分p53癌症和救援突变体的功能活性。 公共科学图书馆计算。 生物。 7 ( 10 ) ( 2011 ) 2010 [注2] 雅各布·D·达兰特 , 罗姆·E·阿玛罗 , 谢磊(音) , 迈克尔·D·乌尔巴尼亚克 , 迈克尔·A·J·弗格森 , 安蒂·哈帕莱宁 , 陈志军 , 安妮·玛丽·迪·吉尔米 , 弗兰克·温德 , 菲利普·伯恩 , 詹姆斯·安德鲁·麦卡蒙 :
在缺乏结构和序列同源性的情况下检测多药靶点的多维策略。 公共科学图书馆计算。 生物。 6 ( 1 ) ( 2010 )
2000 – 2009
2008 [j1] 罗姆·E·阿玛罗 , 里卡多·巴伦 , 詹姆斯·安德鲁·麦卡蒙 :
计算机辅助药物设计中用于受体灵活性的改进松弛复合方案。 J.计算。 辅助分子设计。 22 ( 9 ) : 693-705 ( 2008 )