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5.WABI 2005：西班牙马洛卡

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丽塔·卡萨迪奥,吉恩·迈尔斯:
生物信息学中的算法，第五届国际研讨会，WABI 2005，西班牙马洛卡，2005年10月3-6日，会议记录。计算机科学课堂讲稿3692,施普林格 2005，国际标准图书编号3-540-29008-7

表达式

混合方法

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诺拉·斯佩尔,克里斯蒂安·斯皮斯,安德烈亚斯·泽尔:
光谱聚类基因本体论术语按功能对基因进行分组。 1-12
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查亚·本·扎肯·齐尔伯斯坦,米查尔·齐夫·乌克尔森:
与细胞条件相关的microRNAs的动态脱氮预测：通过表达修剪的搜索。 13-26

时间模式

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劳伦特·布列赫林:
用先验知识聚类基因表达序列。 27-38
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萨拉·马德拉,阿林多·L·奥利维拉:
时间序列基因表达数据的线性时间双聚类算法。 39-52
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塔米尔·图勒,Efrat Oron公司,埃雷斯·马卡维,丹尼尔·夏莫维茨,本尼·乔尔:
具有多种遗传背景的发育基因表达数据的时间窗分析。 53-64

系统发育

四重奏

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吴刚,嘉惠游,林国辉:
最大四重奏一致性问题的前瞻分枝定界算法。 65-76
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克里斯·克里斯蒂安森,托马斯·梅隆德,克里斯蒂安·N·S·佩德森,马丁·兰德斯:
计算任意程度树之间的四方距离。 77-88

树对帐

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什洛莫·莫兰,萨蒂什·拉奥,萨吉·斯尼尔:
使用半定义编程增强超级树的可解析性。 89-103
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彭泽山,H.F.Ting先生:
从约束到无约束最大协议子树的有效约简。 104-115

Clades和单倍型

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加内什库马尔·加纳帕西,芭芭拉·古德森,罗伯特·K·詹森,维贾亚·拉马钱德兰,坦迪·J·沃诺:
生物地理学中的模式识别。 116-127
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鲁迪·齐利贝西,利奥·范·埃尔塞尔,史蒂文·凯尔克,约翰·特隆普:
关于几个单体型问题的复杂性。 128-139
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帕西·拉斯塔斯,米科·科维斯托,海基·曼尼拉,埃斯科·乌科宁:
单体型重建的隐马尔可夫技术。 140-151
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云S.宋,吴玉凤,丹·古斯菲尔德:
具有单一同源或重组事件的不完全系统发育单体型（IPPH）算法。 152-164

网络

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塞巴斯蒂安·韦尼克:
一种快速的网络模式检测算法。 165-177
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文森特·拉克鲁斯,克里斯蒂娜·费尔南德斯,玛丽-法国Sagot:
代谢网络中的反应模式。 178-191
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华威塔克,文森特·莫尔顿:
使用区间分析重建代谢网络。 192-203

基因组重排

换位模型

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艾萨克·埃利亚斯,茨维卡·哈特曼:
一种1.375近似算法，用于按换位排序。 204-215
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安东尼·拉巴雷:
换位距离的新紧上限。 216-227

其他型号

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塞维琳·贝拉德,安妮·贝杰伦,塞德里克·乔夫,克里斯托夫·保罗:
按反转进行完美排序并不总是困难的。 228-238
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Rune B.林瑟,宋云（Yun S.Song）,佐敦海因:
按分支和绑定列出的最小重组历史记录。 239-250

序列

串

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格雷戈里·库切洛夫,劳伦特·诺埃,米哈伊尔·罗伊特伯格:
种子敏感度的统一框架及其在子集种子中的应用。 251-263
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亨利·梁朝伟,弗朗西斯·李·钦:
广义种植(我,d日)-负集的主题问题。 264-275
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迈克尔·萨米特,托马斯·威尼格尔,达格·哈姆森,延斯·斯托耶:
串联重复序列与切除、重复、取代和Indels（EDSI）的比对。 276-290
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丹尼尔·达列维,Devdatt P.Dubhashi公司:
固定和可变长度Markov模型的Peres-Shields阶估计及其在DNA序列相似性中的应用。 291-302

多对齐和聚类

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马科斯·保尔,Gunnar W.Klau公司,克努特·赖讷特:
拉格朗日松弛多重结构RNA比对。 303-314
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潘卡杰·K·阿加瓦尔,尤纳坦·比卢,雷切尔·科洛德尼:
基于两两比较的最优多序列比对快速算法。 315-327
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阿克谢·瓦希斯特,卡西米尔·库利科夫斯基,伊利亚·穆奇尼克:
多部图上的正交聚类。 328-340

聚类和表示

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巴哈拉克·拉斯特加里,安妮·康登:
解析RNA二级结构的线性时间算法。 341-352
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罗伯特·博伊尔,沃伦·亨特（Warren A.Hunt Jr.）。,塞丽塔·M·奈勒森:
系统发生树集合的压缩格式和改进的一致性性能。 353-364

结构

螺纹加工

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菲利普·韦伯,尼古拉·亚涅夫,鲁门·安多诺夫,文森特·波里兹:
通过成本分割优化蛋白质线程。 365-375
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宋英磊,刘春梅,黄秀珍,罗素·L·马尔伯格,应旭,蔡黎明:
生物聚合物结构序列比对的高效参数化算法。 376-388

折叠

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安德鲁·利弗·费,布莱恩·库尔曼,杰克·斯诺因克:
使用Trie数据结构计算转子空气能量。 389-400
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埃兰·埃亚尔,丹·哈尔佩林:
使用动态图连通性改进分子表面的维护。 401-413
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亚历山大·基斯特:
三明治蛋白质的主要结构规律。 414-422
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克伦·拉斯克,Oranit Dror公司,露丝·努西诺夫,哈伊姆·J·沃尔夫森:
EM图谱中蛋白质亚结构的发现。 423-434

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