Pango公司血统：
SARS-CoV-2的最新流行病学谱系

cov-lineages.org网站


世界各地的研究人员和公共卫生机构正在使用Pango命名法来追踪SARS-CoV-2的传播和传播，包括令人担忧的变种。该网站记录了所有当前盘古血统及其传播，以及研究人员可用于对SARS-COV-2序列数据进行分析的各种软件工具。


有关发现和指定这些血统的过程的更多信息，请访问pango.网络

穿山甲
穿山甲是为了实现SARS-CoV-2血统的动态命名法而开发的，称为穿山甲命名法。它允许用户将SARS-CoV-2基因组序列——最可能的谱系（Pango谱系）分配给SARS-CoV-2查询序列。

穿山甲为查询序列分配谱系，如Rambaut等人2020所述。

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天蝎座
与系统发育无关的起源重复出现的严重星座。用于基于snp调用关注变量的工具。

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麝香猫
果子狸是一种基于“实时”基因组学开发的工具。

使用背景系统发育，例如通过CLIMB上的COG-UK基础设施提供的大型系统发育，果子狸将为一组感兴趣的序列生成报告，即疫情调查。

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Polecat公司
使用背景系统发育，例如通过CLIMB上的COG-UK基础设施提供的大型系统发育，polecat将基于各种可配置统计数据识别和标记集群。

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pango.网络
一个记录Pango命名法以及指定新谱系所涉及的政策的网站。

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全球血统报告

关注的变量

贡献者

爱丁堡大学
安娜·奥图尔
艾米丽·谢尔
本·杰克逊
JT麦克罗内
雷切尔·科尔库洪
Verity Hill公司
伊索贝尔·格思里
安德鲁·兰伯特
基因组病原体监测中心
安东尼·安德伍德
本·泰勒
科林·叶芝
哈利·阿布·达哈卜
大卫·阿纳森
牛津大学
奥利弗·派布斯
莫里茨·克莱默
路易斯·杜普莱西斯
蓝点
卡姆兰汗
艾萨克·博戈赫
亚历山大·瓦茨
剑桥大学
克里斯·鲁伊斯
悉尼大学
艾迪·霍姆斯

致谢

GISAID数据
我们感谢各个研究实验室和公共卫生机构的辛勤工作和开放科学，他们在GISAID公司.
COG-英国
我们感谢COG联盟允许直接和立即访问英国SARS-CoV-2数据以及所有参与生成基因组序列的个人。
GitHub问题
我们感谢穿山甲用户对GitHub问题页面并认识到由于他们的耐心和建议，软件有了很大的改进！

联系我们

关于Pango世系的问题

请首先检查您的问题是否在cov-lineages常见问题页面或在Pango网络常见问题页面.

如果您正在联系您认为应该被指定为血统的SARS-CoV-2集群，请在pango-designation存储库。可以找到有关如何提交问题的说明在这里.

否则，应将查询发送至enquiries@pango.network。

关于穿山甲的问题

伸出手之前，请先检查穿山甲文档以及穿山甲仓库以前的问题以确保您的问题尚未得到回答。

如果没有，查询应发送至全景仓库作为一个新问题。