#msa：一个用于多序列比对的R包“msa”包提供了一个统一的R/Bioconductor接口，用于多序列比对算法ClustalW、ClustalOmega、，和肌肉。这三种算法都集成在软件包中，因此，它们不依赖于任何外部软件工具和适用于所有主要平台。多重序列对齐算法由以下函数补充使用LaTeX预打印多序列比对TeXshade包。虽然包由Ulrich Bodenhofer维护，但包本身主要由Enrico Bonatesta和Christoph Kainrath实施（前克里斯托夫·霍雷杰斯·坎拉特）。##安装可以从以下位置安装软件包[生物导体](https://bioconductor.org/). 因此，安装包的最简单方法是输入```如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“msa”）```进入R会话。如果出于何种原因，您希望手动安装软件包，请按照[用户手册]中的说明进行操作(https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/msa/inst/doc/msa.pdf).##用户支持如果您遇到任何问题，或者您有任何其他用户可能感兴趣的问题，请在向软件包开发人员/维护人员发送私人消息之前，在该存储库中创建一个问题，并考虑在[生物导体支持]上发布(https://support.bioconductor.org/)或在[StackOverflow]上(https://stackoverflow.com/). 有关软件包的其他事宜，请联系软件包作者。##引用此包如果您将此软件包用于稍后发布的研究，请引用如下：-U.Bodenhofer、E.Bonatesta、C.Horejs-Kainrath和S.Hochreiter（2015）。msa：用于多序列比对的R包*生物信息学**31**（24）：3997-3999。内政部：[10.1093/生物信息学/btv494](http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv494).此外，我们坚持认为，无论您何时使用/引用该软件包，您都会引用介绍了您使用的算法/方法/软件包的原始文件：**俱乐部W：**-J.D.Thompson、D.G.Higgins和T.J.Gibson（1994年）。集群W：通过序列加权、特定位置间隙惩罚和权重矩阵选择提高渐进式多序列比对的敏感性*核酸研究***22**（22）：4673 4680。内政部：[10.1093/nar/22.22.4673](http://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673).**ClustalOmega公司：**-F.Sievers、A.Wilm、D.Dineen、T.J.Gibson、K.Karplus、W.Li、R.Lopez、H.McWilliam、M.Remmert、J.Söding、J.D.Thompson和D.G.Higgins（2011年）。使用Clustal Omega快速、可扩展地生成高质量蛋白质多序列比对*摩尔系统。生物***7**:539。内政部：[10.1038/msb.2011.75](http://doi.org/10.1038/msb.2011.75).**肌肉：**-R.C.Edgar（2004）。MUSCLE：一种减少时间和空间复杂度的多序列比对方法*BMC生物信息学***5**（5）：113。内政部：[10.1186/1471-2105-5-113](http://doi.org/10.1186/1471-2105-5-113).-R.C.Edgar（2004年）。肌肉：高精度和高通量的多序列比对*核酸研究***32**（5）：1792 1797。内政部：[10.1093/nar/gkh340](http://doi.org/10.1093/nar/gkh340).**TeXshade公司：**-E.Beitz（2000年）。TeXshade：使用LaTeX2e对多序列比对进行着色和标记*生物信息学***16**（2）：135-139。内政部：[10.1093/生物信息学/16.2.135](http://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.2.135).
