--- #图案匹配器[！[生成状态](https://travis-ci.org/GreenleafLab/motifmatchr.svg？branch=master)](https://travis-ci.org/GreenleafLab/motifmatchr网站)##引言motismatcher是一个用于快速motif匹配的R包，使用MOODS库中的C++代码。MOODS库由Pasi Rastas、Janne Korhonen和Petri Martinmäki开发。MOOD版本MOODs 1.9.3代码的核心C++库已包含在此存储库中。##关于最近函数名更改的注释motifmatcher包最近更改为从snake_case切换到camelCase。所有导出的函数现在都使用camelCase，例如`match_motifs`现在是`matchMotifs`。如果遵循当前文档，但使用的是软件包的早期版本，请更新软件包或注意差异。此更改是为了符合Bioconductor命名首选项。##安装使用devtools包最容易安装。函数“install_github”将安装该包。```第页devtools:：install_github（“GreenleafLab/motifmatcher”）```在此过程中安装了许多所需的软件包。其中一个依赖项对gsl库有系统要求，因此如果尚未安装，则可能需要单独安装。##match主题motismatcher的主要方法是`matchMotifs`。此方法有两个强制参数：1） 位置权重矩阵或位置频率矩阵，存储在TFBSTools包中的PWMatrix、PFMatrix或PFMatrixList对象中2） 一组基因组范围（GenomicRanges或RangedSummarizedExperiment对象）或一组序列（DNAStringSet、DNAString或简单字符向量）如果第二个论点是一组基因组范围，那么还需要基因组序列。如果基因组范围包括seqinfo，则默认情况下将使用seqinfo中指定的基因组（如果安装了相关的BSgenome包）。否则，如果安装了相应的BSgenome对象，则可以提供指定基因组构建的短字符串、BSgenone对象、DNAStringSet对象或fasta文件的FaFile对象点。该方法可以返回三个可能的输出，具体取决于“out”参数：1） （默认，with `out=“matches”`）布尔矩阵，指示哪些范围/序列包含哪些基序，存储为SummarizedExperiment对象的分析槽中的“matche”2） （`out=“scores”`）与（1）相同，再加上两个额外的分析——一个在每个范围/序列中具有高motif分数的矩阵（只有在匹配时才报告分数）和一个具有多个motif匹配的矩阵。3） （`out=“positions”`）包含输入范围/序列内所有匹配范围的GenomicRangesList。##快速启动```第页库（motifmatchr）库（GenomicRanges）#加载一些示例图案数据（example_motifs，package=“motismatcher”）#制作一组峰值峰值<-G范围（序列名=c（“chr1”、“chr2”、“chr2”），范围=I范围（开始=c（7658587342772928100183786），宽度=500））#获取图案匹配，例如山峰中的图案motif_ix<-matchMotifs（例如motifs，peaks，genome=“hg19”）motifMatches（motif_ix）#从SummarizedExperiment结果中提取匹配矩阵#获取峰中的图案位置，例如峰中的图形motif_ix<-matchMotifs（示例_motifs，峰值，基因组=“hg19”，out=“位置”）```##更多信息有关更详细的概述，请参见[vignette](https://greenleaflab.github.io/motifmatchr/articles/motifmaschr.html).
