[！[R-CMD-检查](https://github.com/ctlab/gatom/actions/workflows/R-CMD-check.yaml/bode.svg)](https://github.com/ctlab/gatom/actions/workflows/R-CMD-check.yaml)#关贸总协定寻找原子跃迁中活性代谢模块的R包网络。可以找到完整的渐晕图[此处](https://rpubs.com/asergushichev/gatom-tutorial网站).###安装```第页库（devtools）安装github（“ctlab/gatom”）```###快速入门```第页图书馆（gatom）库（data.table）库（igraph）图书馆（mwcsr）```首先，让我们用原子映射（`network`对象）、酶加载数据小鼠注释（`org.Mm.eg.gatom`）和代谢物注释（`met.kegg.db.rda`）：```对数据（“networkEx”）数据（“org.Mm.eg.gatom.annoEx”）数据（“met.kegg.dbEx”）```加载输入数据：```第页数据（“met.de.rawEx”）数据（“gene.de.rawEx”）```获取原子图：```第页g<-makeMetabolicGraph（网络=网络Ex，拓扑=“atoms”，org.gatom.anno=org.Mm.eg.gatom.annoEx，gene.de=基因.de.rawEx，met.db=met.kegg.dbEx，met.de=met.de.rawEx）```##找到具有RefSeq ID的基因的DE表##找到HMDB ID代谢物的DE表```第页打印（g）```##IGRAPH b23a8ad联合国——176 190——##+属性：名称（v/c）、代谢物（v/c##|（v/c），pval（v/n），原点##|（v/n）、logPval（v/n）、信号（v/c）、标签（e/c），pval（e/n），来源##|（e/n），RefSeq（e/c），基因，##|reaction_equation（e/c），url（e/c），reaction（e/c），log2FC（e/n），##|baseMean（e/n），logPval##+来自b23a8ad的边（顶点名称）：##[1]C00025_-0.3248_2.8125-C00026_-0.3248 _2.8125##[2]C00025_-1.6238_3.5625-C00026_-1.628_3.5625##[3]C00025_-2.9228_2.8125-C00026_-2.9225_2.8125## + ... 省略了几个边得分图，获得SGMWCS（信号广义最大权重子图）问题实例：```第页gs<-评分图（g，k.gene=25，k.met=25）```初始化SMGWCS解算器（启发式松弛与剪切解算器`rnc_solver `用于简化，请查看`mwcsr`包更多选项的文档）：```第页解算器<-rnc_solver（）```查找模块：```第页res<-solve_mwcsp（解算器，gs）m<-res$图形``````第页打印（m）```##IGRAPH e74bc24联合国——37 36——##+属性：信号（g/n）、名称（v/c）、代谢物，##|标签（v/c）、url（v.c）、pval（v/n##|（v/n），baseMean（v/n.），logPval（v/n:），signal（v/c），score（v/n-），##|标签（e/c），pval（e/n，##|酶（e/c），反应_名称（e/c），反作用_等式（e&c），url##|（e/c），反应（e/c），log2FC（e/n），基本平均值（e/n），logPval（e/m），##|signal（e/c），signalRank（e/n），score（e/n）##+来自e74bc24的边（顶点名称）：##[1]C00025_-2.9228_2.8125-C00026_-2.9225_2.8125##[2]C00024_15.0644_27.8518-C00033_-1.6238_0.5625## + ... 省略了几个边```第页头部（E（m）$标签）```##[1]“Psat1”“Acss2”“Gpt2”“Got2”“Pkm”“Tpi1”```第页头（V（m）$标签）```##[1]“丙酮酸”“乙酰-CoA”“L-谷氨酸”“2-氧化戊二酸”##[5]“醋酸盐”“草酸酯”我们可以将模块保存为不同的格式（dot、xgmml、svg、pdf）：```第页saveModuleToPdf（m，file=“M0.vs.M1.pdf”，name=“M0.vs.M1”，n_iter=100，force=1e-5）```
