[！[生成状态](https://travis-ci.org/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks.svg？branch=master)](https://travis-ci.org/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks网站)[！[AppVeyor生成状态](https://ci.appveyor.com/api/projects/status/github/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks？branch=master&svg=true)](https://ci.appveyor.com/project/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks网站)[！[codecov.io](https://codecov.io/github/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/coverage.svg？branch=master)](https://codecov.io/github/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks？branch=master)[！[生物](http://www.bioconductor.org/shields/years-in-bioc/TCGAbiolinks.svg)](http://bioconductor.org/packages/TCGAbiolinks/)[！[生物](http://bioconductor.org/shields/availability/devel/TCGAbiolinks.svg)](http://bioconductor.org/packages/TCGAbiolinks/)------------------------------------------------------------------------#TCGAbiolinks-一种用于TCGA数据综合分析的R/Bioconductor软件包TCGAbiolinks能够通过其GDC应用程序编程接口（API），用于搜索、下载和准备相关数据，以便在R中进行分析。###从GitHub安装###```R（右）if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data”）BiocManager:：install（“BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks”）```###生物导体安装###```R（右）if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）生物管理器：：安装（“TCGAbiolinks”）```------------------------------------------------------------------------###Docker图像###TCGAbiolinks可用作Docker镜像（包含运行软件所需的一切的独立环境），它可以在Mac OS、Windows和Linux系统上轻松运行。此[PDF](https://drive.google.com/open？id=0B0-8N2fjttG-QXp5LVlPQnVQejg）显示如何安装和执行映像。图像可以从Docker Hub获得：https://hub.docker.com/r/tiagochst/tcgabiolinksgui/有关更多信息，请查看：https://docs.docker.com/和https://www.bioconductor.org/help/docker/###手动###http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/index.html------------------------------------------------------------------------##引文请引用两个TCGAbiolinks包：*Colaprico A、Silva TC、Olsen C、Garofano L、Cava C、Garolini D、Sabedot T、Malta TM、Pagnotta SM、Castiglioni I、Ceccarelli M、Bontempi G和Noushmehr H。“TCGAbiolinks:用于TCGA数据综合分析的R/生物导体包。”核酸研究（2015）：gkv1507。*Mounir、Mohamed、Lucchetta、Marta、Silva、C T、Olsen、Catharina、Bontempi、Gianluca、Chen、Xi、Noushmehr、Houtan、Colaprico、Antonio、Papaleo、Elena（2019）。“TCGAbiolinks包中用于研究和整合GDC和GTEx癌症数据的新功能”，《公共科学图书馆·计算生物学》，15（3），e1006701。*Silva TC、Colaprico A、Olsen C等人。TCGA工作流程：使用Bioconductor软件包分析癌症基因组学和表观基因组学数据[版本2；同行评审：1批准，2保留批准]。F1000研究2016，5:1542(https://doi.org/10.12688/f1000research.8923.2)[！[doi](https://img.shields.io/badked/doi-10.1093/nar/gkv1507-green.svg？style=flat)](http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv1507)[！[引用](https://img.shields.io/badge/tigated%20作者-1151-绿色svg？样式=平面）](https://scholar.google.com.hk/solarant？oi=bibs&hl=en&cites=15937881581405647591)[！[高度](https://img.shields.io/badked/Altmetric-44-green.svg？style=flat)](https://www.altmetric.com/details/4919535)此外，如果您使用了ELMER分析，请引用：*Yao，L.，Shen，H.，Laird，P.W.，Farnham，P.J.，&Berman，B.P.“从癌症甲基体推断调控元件景观和转录因子网络”，《基因组生物学》16（2015）：105。*Yao，Lijing，Benjamin P.Berman和Peggy J.Farnham。“解开增强子的秘密使命：将远端调控元件与靶基因联系起来。”《生物化学和分子生物学评论》50.6（2015）：550-573。*Tiago C Silva、Simon G Coetzee、Nicole Gull、Lijing Yao、Dennis J Hazelett、Houtan Noushmehr、De-Chen Lin、Benjamin P Berman、ELMER v.2：从DNA甲基化和转录组图谱重建基因调控网络的R/Bioconductor包，生物信息学，第35卷，第11期，2019年6月1日，第1974–1977页，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty902
