#ChromS磁带##什么是ChromSCape？**ChromSCape**-单细胞染色质横向分析-是一个现成的用户友好的闪亮应用程序，用于分析单细胞表观基因组数据集（scChIP-seq、scATAC-seq、scCUT&Tag…），从对齐数据到差异分析和基因集富集分析。它具有高度的交互性，使用户能够保存他们的分析，并涵盖广泛的分析步骤：质量控制、预处理、过滤、批量校正、降维、可视化、聚类、差异分析和基因集分析。[Prompsy，P.，Kirchmeier，P.，Marsolier，J.等人，用ChromSCape对单细胞表观基因组景观进行交互分析。Nat Commun 11，5702（2020）。](https://www.nature.com/articles/s41467-020-19542-x)##启动ChromSCape**ChromSCape**需要**R版本4.02**。要安装**ChromSCape**，请打开**R**或**Rstudio**并运行以下命令：```if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ChromSCape”）```安装成功后，使用以下命令启动**ChromSCape**：```库（ChromSCape）启动应用程序（）```建议使用Chrome浏览器优化图形和表格的显示。如果没有打开浏览器，请在“侦听…”后复制url并在浏览器中粘贴。##演示查看应用程序外观：[演示](https://vallotlab.shinyapps.io/CromSCape/). 在这个演示应用程序中，您可以跟踪Jurkat&Ramos scChIP H3K4me3细胞的分析。##用户指南开始之前请先看一下用户指南：[用户指南](https://vallotlab.github.io/CromSCape/ChromSCape_guide.html)##测试数据集ChromSCape为每个样本输入一个选项卡分隔的计数矩阵（in.tsv或.txt）。为了上传多个矩阵，矩阵应放在计算机的同一文件夹中。之前你输入自己的矩阵，建议你试着四处游玩并熟悉通过下载示例矩阵并将其上传到ChromSCape，使用ChromSCap：尝试使用各种数据集的ChromSCape：[Dropbox存储库](https://www.dropbox.com/sh/vk7umx3ksgoez3x/AACEq9zn-rRbtwf_Al9uEUaQa？dl=0)##运行时间在Intel®Core™i5-6500 CPU（3.20GHz×4，31,3 Gio RAM）上，安装不到一个小时。scChIP_H3K27me3测试数据集的运行时间为25分钟（无峰值调用）和35分钟（有峰值调用）。##输入矩阵格式应为制表符分隔文件，单元格为列和特征作为行。第一行应该是单元格名称，第一列应该是功能名称。特征名称可以是“chr:start-end”格式的基因组坐标或“chr_start_end”或基因符号（例如：A1BG，A1BG-AS1代表hg38或Rab23，Bag2对于mm10）。##输出应用程序会自动创建一个目录**Chromscape_analysis**，其中会为每个分析创建一个新目录，并使用不同的输入名称。在该目录中，为分析的每个部分创建了一个目录，其中包含RData和图形。##其他基因集富集分析基于MSIG数据库(http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb).##可选峰值呼叫步骤的高级要求峰值调用步骤对基因集富集分析尤其重要对于定义为基因组bins>=20kbp或宽峰的特征。它会的每个簇中细胞的聚合信号（“硅内细胞分类”）和呼叫峰值使用MACS2峰值调用者分别针对每个集群。然后将基因注释为对垃圾桶进行精炼，去除TSS不接近任何峰值1000bp的基因来自注释。这排除了大基因组箱/区域与基因的任何“虚假”关联。此步骤需要每个样本的**BAM文件**（一个BAM文件必须包含对所有样本的读取给定样本的单元格）作为输入。用户应在Unix系统（Mac、Linux）上并已安装MACS2：```macs2 2.1.2(https://github.com/taoliu/MACS网站)```应用程序将自动检查这些工具是否可用，并提供如果它们没有安装/可用，您将收到警告。##Windows用户注意事项Windows用户无法运行峰值调用步骤，因为Windows上还没有和macs2。因此，如果用户想运行峰值调用，可以使用docker版本。##码头工人具有所有依赖项的docker镜像可在[DockerHub]上获得(https://hub.docker.com/repository/docker/pacomito/chromscape).要运行docker映像并启动ChromSCape，请运行：```sudo docker运行--rm-p 4747:4747-v~/ChromSCape_analyses_docker:/root/output/-t pacomito/ChromSCape:v0.0.9001```说明：*“sudo”以管理员权限运行，将询问密码*`docker run-t pacomito/chromscape:v0.0.9001 `下载并运行映像*`--rm`运行结束时抑制容器*`-p 4747:4747`将docker端口4747暴露给localhost:4747*`-v~/ChromSCape_analyses_docker:/root/output/`将在其中创建ChromSCape\uanalyses文件夹的输出文件夹链接到容器“/root/”文件夹。将“~/ChromSCape_analyses_docker”更改为首选输出路径或者，如果要输入Peak-Index-Barcode文件的BAM、BED，请从本地计算机目录向docker容器添加另一个-v选项：```-v~/file_inputs:/root/input```下载图像并加载ChromSCape后，导航至：[网址：http://127.0.0.1:4747](网址：http://127.0.0.1:4747)如果端口号已被使用，您可以通过更改-p选项并添加“5858”作为最终参数来更改端口号，例如端口=5858：```sudo docker运行--rm-p 4747:4747-v~/ChromSCape_analyses_docker:/root/output/-t pacomito/ChromSCape:v0.0.9001 5858```MACS2安装在Docker映像上，因此这是一种运行Windows上的峰值调用。#作者请随时发布问题或联系作者：塞琳·瓦洛特（Celine Vallot）：celine.vallot@curie.frPacome Prompsy公司：pacome.prompsy@curie.fr
