已发布的管道

CellProfiler支持可重复的研究，因为保存的管道包含所有模块和设置。在这里，我们提供了一些已发表研究中使用的管道的链接，以及用于创建这些管道的CellProfiler版本。你可以下载最多当前版本CellProfiler的；加载时，较旧的管道应自动更新为当前版本。

如果您在出版物中使用了CellProfiler并希望在此处发布管道，请联系我们; 我们很乐意接待他们。请记住为CellProfiler提供适当的引用在你的论文中。

请注意，每个下载链接都包含一个压缩的ZIP文件，其中包含以下内容：

• CellProfiler管道。
• 描述管道的补充说明。

出版物列表（按日期）

2023

• Sokolov，A.M.、Aurich，M.和Bordey，A.（2023）。用于中等吞吐量的子宫内电泳神经元筛选调节神经元形态的化合物。电子神经, 10(8) /国防部
  • [下载]（CellProfiler版本4.2.1）
• Schiller，H.、Kouasi，J.、Hong，Y.、Rados，T.、Kwak，J.，DiLucido，A.、Safer，D.、Marchfelder，A.、Pfeiffer，F.、Bisson-Filho，A.，Schulze，S.和Pohlschroder，M.（2023年）。火山卤虫结构和调控细胞形状决定因素的识别和表征。生物Rxiv/国防部
  • [下载] 
• Choudhury，Q.J.、Ambati，S.、Link，C.D.、Lin，X.、Lewis，Z.A.和Meagher，R.B.（2023年）。Dectin‐3靶向抗真菌脂质体可有效结合并杀死多种真菌病原体。 分子微生物学/国防部 
  • [下载]（CellProfiler版本4.2.4）
• Pellegrini F、Martino S、Fianco G、Ventura I、Valente D、Fiore M、Triscioglio D、Degrassi F（2023）通过SNAP29 O-GlcNAcylation阻断自噬体-溶酶体融合，通过产生ROS促进细胞凋亡。 自噬/国防部
  • [下载]（CellProfiler版本4.2.5）
• Upender I、Yoshida O、Schrecengost A、Ranson H、Wu Q、Rowley D、Kishore S、Cywes C、Miller E、Whalen K（2023）海洋衍生脂肪酸靶向革兰氏阳性菌的细胞膜。J抗菌药物与化疗
  • [下载]（CellProfiler版本4.2.5）
• Schrenk S、Bischoff L、Goines J、Cai Y、Vemaraju S、Odaka Y、Good S、Palumbo J、Szabo S、Reynaud D、Van Raamsdonk C、Lang R、Boscolo E（2023）MEK抑制降低了GNAQ亢进小鼠模型中的血管肿瘤生长和凝血病。 自然通信
  • [下载]（CellProfiler版本4.2.1）
• Davies SP、Ronca V、Wootton GE、Krajewska NM、Bozward AG、Fiancette R、Patten DA、Yankouskaya K、Reynolds GM、Pat S、Osei-Bordom DC、Richardson N、Grover LM、Weston CJ、Oo YH。CD8+T细胞表达E-cadherin促进其侵入胆道上皮细胞。自然通信
  • [下载]（CellProfiler版本4.1.3）

2022

• Jang W、Puchkov D、SamsóP、Liang Y、Nadler-Holly M、Sigrist S、Kintscher U、Liu F、Mamchaoui K、Mouly V、Haucke V（2022）内体脂质信号重塑内质网以控制线粒体功能。 科学378, 6625, (1173-1174) /国防部 
  • [下载]（CellProfiler版本4.1.3）
• 赵，L。；丰塞卡，A。；Meschichi，A。；Sicard，A。；Rosa，S.（2022）整体安装smFISH允许在细胞和亚细胞分辨率下结合RNA和蛋白质定量。bioRxiv（2022年）.10.05.510616;国防部.
  • [下载]（CellProfiler版本4.2.1）
• A.F.J.詹森。；Breusegem，S.Y.公司。；Larrieu，D.基于图像定量核形状和核包络异常的当前方法和管道。2022单元格, 11, 347 国防部.
  • [下载]（CellProfiler版本4.1.3）
• 坎帕纳，C.、范·科茨维尔，P.M.、费德尔斯，R.A.、德赫德，W.W.、伊耶，A.M.、范·维尔瑟森，M.-L.F.、维恩斯特拉，M.J.、范登登根，E.S.R.、弗兰克，S.E.、费隆，D.、加托，F.和霍夫兰德，L.J.（2022）。生长抑素受体2a亚型免疫染色的数字量化：一项验证研究。欧洲内分泌杂志/欧洲内分泌学会联合会。国防部.
  • [下载]（CellProfiler版本4.0.7）
• Sánchez-Jaramillo EA、Gasca-Lozano LE、Vera-Cruz JM、Hernández-Ortega LD、Gurrola-Díaz CM、Bastidas-Ramírez BE、Vargas Guerrero B、Mena-Enríquez M、Martínez-Limón FJ、Salazar-Montes AM。纳米粒子制剂改善槲皮素对腺嘌呤诱导的慢性肾脏病模型的抗纤维化作用。国际分子科学杂志.2022年5月12日；23(10):5392.国防部.
  • [下载]（CellProfiler 3.1.9版）

2021

• Groiss S、Somvilla I、Daxböck C、Fuchs J、Lang-Olip I、Stiegler P、Leber B、Liegl-Atzwanger B、Brislinger D（2021）使用基于自动图像的方法量化吸烟者气道粘液中增加的MUC5AC表达。显微镜研究与技术.Epub提前打印国防部PMID:34288207。
  • [下载]（CellProfiler 3.1.5版）

2020

• Mazzoleni V、Zimmermann‐Meisse G、Smirnova A、Tarassov I、Prévost G（2020）金黄色葡萄球菌Panton‐Valentine Leukocidin触发了另一种针对线粒体的NETosis过程FASEB杂志， 00: 1– 22. /国防部PMID:33241563
  • [下载]（CellProfiler版本2.1.1）

2019

• Sanz G、Martínez-Aranda LM、Tesch PA、Fernandez-Gonzalo R、Lundberg TR（2019）Muscle2View，一种用于检测毛细血管-肌肉纤维界面和高含量定量纤维类型特异组织学的CellProfiler管道。 应用物理学杂志（1985）. 127(6):1698-1709. / 国防部PMID:31697593。
  • [下载]（CellProfiler版本3.1.5)
• Tian R、Gachechiladze MA、Ludwig CH、Laurie MT、Hong、JY、Nathaniel、D、Prabhu AV、Fernandopulle MS、Patel R、Abshari M、Ward ME、Kampmann M（2019）基于CRISPR干扰的人类iPSC-Derived神经元多模遗传筛查平台。 神经元，104（2）：239–255.e12/ 国防部PMID:31422865 PMCID:PMC6813890
  • [下载] 

2018

• Tollemar V、Tudzarovski N、Boberg E、Törnqvist AndréN A、Al-Adili A、Le Blanc K、Garming Legert K、Bottai M、Warfvinge G、Sugars RV。cellprofiler软件中的定量显色免疫组织化学图像分析。细胞测定A.2018年10月；93(10):1051-1059.国防部Epub 2018年8月8日。PMID:30089197。
  • [下载]（CellProfiler版本2.2.0)
• Bray MA，Carpenter AE（2018年）。使用Cellprofiler中的机器学习进行高通量成像实验的质量控制。 方法分子生物学。 / 国防部PMID:29082489。
  • [下载]（CellProfiler版本2.2.0)
• 张H、爱立信M、维塔宁M、韦斯特罗姆S、沃尔比C、瓦尔奎斯特A、特尔梅H（2018）。皮肤切片中蛋白质表达和共定位的定量图像分析。 实验皮肤病。 / 国防部PMID:29094393。
  • [下载]（CellProfiler版本2.2.0)
• Bouçanova F、Maia AF、Cruz A、Millar V、Mendes Pinto I、Relvas JB、Domingues HS（2018）。领占位：一种新的定量成像工具，用于少突胶质细胞的形态计量分析。 神经科学方法杂志 294:122–135 / 国防部PMID:29174019。
  • [Github储存库]（CellProfiler版本2.2.0)
• Salzmann M、Hoesel B、Haase M、Mussbacher M、Schrottmier WC、Kral-Pointner JB、Finsterbusch M、Mazharian A、Assinger A、Schmid JA（2018）。一种自动评估巨核细胞分化和前血小板形成的新方法。 血小板 :1–8 / 国防部PMID:29461915。
  • [下载]（CellProfiler版本3.0.0)
• Van Tol N、Rolloos M、Van Loon P、Van der Zaal B.J.（2018年）。MeioSeed：一个基于CellProfiler的程序，用于计算拟南芥中用于交叉频率分析的荧光种子。 植物方法， 14: 32. / 国防部PMCID:PMC5905130。
  • [下载]（包括管道和分类器文件）（CellProfiler版本2.1.1)
• Gomes-Alves AG、Maia AF、Cruz T、Castro H、Tomás AM（2018年），利什曼原虫胞内形态定量的自动图像分析协议的开发《公共科学图书馆·综合》。 / 国防部PMID:30071097 PMCID:PMC6072083。
  • [Github储存库]（CellProfiler版本2.2.0)

2017

• Zimmermann-Meisse G、Prévost G、Jover E（2017）。葡萄球菌白细胞毒素靶向C5a以上受体：泛素-瓦伦丁白细胞色素和γ-溶血素的逆行转运。 毒素 / 国防部.
  • [下载]
• Bray MA、Gustafsdottir SM、Ljosa V、Singh S、Sokolnicki KL、Bittker JA、Bodycombe NE、Dancík V、Hasaka TP、Hon CS、Kemp MM、Li k、Walpita D、Wawer MJ、Golub TR、Schreiber SL、Clemons PA、Shamji AF、Carpenter AE（2017年）。使用细胞绘画分析的30000个小分子治疗的图像和形态数据集。 超级科学 / 国防部.
  • [Github储存库]（CellProfiler版本2.1.1)
• Barczak A、Avraham R、Singh S、Luo SS、Zhang WR、Bray MA、Hinman AE、Thompson M、Nietupski RM、Golas A、Montgomery P、Fitzgerald M、Smith RS、White DW、Tischler AD、Carpenter AE和Hung DT（2017）。结核分枝杆菌胞内感染的系统、多参数分析提供了对协同毒性的见解。 《公共科学图书馆·综合》。
  • [下载]
• Sucic L、Galati-Fournier V、Kym U、Pfeifle V、Gros S、Schäfer KH、Holland-Cunz S、Keck S（2017）。小儿急性阑尾炎调节性T细胞增多。 儿童过敏免疫学。 国防部PMID:28881058。
  • [下载]（CellProfiler版本2.2.0)
• Erben L、He M-X、Laeremans A、Park E、Buonanno A（2017年）。QA新型超灵敏原位杂交方法，用于检测具有细胞分辨率的短序列和拼接变体。 摩尔神经生物学。 / 国防部PMID:29264769。
  • [下载]（CellProfiler版本2.2.0)

2016

• Grenfell A、Strzelecka M、Crowder ME、Helmke KJ、Schlaitz AL、Heald R（2016）。一个多功能的多元图像分析管道揭示了非洲爪蟾提取纺锤体的特征。 细胞生物学杂志 213(1): 127-136 / 国防部.PMID:27044897。
  • [下载]（CellProfiler版本2.1.1)
• Dordea AC、Bray MA、Allen K、Logan D、Fei F、Gregory M、Carpenter AE、Buys ES（2016）。一种开源计算工具，用于自动量化免疫标记的视网膜神经节细胞。 实验眼科研究 / 国防部PMID:27119563。预防性维修诊断代码：PMC4903927。
  • [下载]（CellProfiler版本2.1.1)
• Shan J、Logan DJ、Root DE、Carpenter AE和Bhatia SN（2016年）。高通量平台，用于鉴定与体外原代人肝细胞表型稳定相关的分子因子。 生物分子筛选杂志。 21(9):897-911 / 国防部 . PMID:27650791。PMCID：正在进行。
  • [下载]
• Melo-Filho CC、Dantas RF、Braga RC、Neves BJ、Senger MR、Valente WCG、Rezende-Neto JM、Chaves WT、Muratov EN、Paveley RA、Furnham N、Kamentsky L、Carpenter AE、Silva-Junior FP、Andrade CH（2016）。QSAR驱动新型化学支架的发现曼氏血吸虫. 化学信息与建模杂志 / 国防部.
  • [下载]

2015

• Metelo AM、Noonan HR、Li X、Jin Y、Baker R、Kamentsky L、Zhang Y、van Rooijen E、Shin J、Carpenter AE、Yeh JR、Peterson RT、Iliopoulos O（2015）。药理学HIF2α抑制改善斑马鱼模型中VHL疾病相关表型。 临床研究杂志 25(5): 1987-97 / 国防部PMID:25866969
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.11710)
• Du Z、Abedalthagafi M、Aizer AA、McHenry AR、Sun HH、Bray MA、Viramontes O、Machaidze R、Brastianos PK、Reardon DA、Dunn IF、Freeman GJ、Ligon KL、Carpenter AE、Alexander BM、Agar NY、Rodig SJ、Bradshaw EM、Santagata S（2014）。间变性脑膜瘤中免疫调节分子PD-L1（CD274）的表达增加。 Oncotarget公司 10;6(7):4704-16 / 国防部PMID:25609200
  • [下载]（CellProfiler版本2.1.0)
• Leavesley SJ、Nakhmani A、Gao Y、Rich TC（2015）。用于亚细胞cAMP定量的FRET信号的自动图像分析。 分子生物学方法 1294:59-70 / 国防部PMID:25783877
  • [下载]（CellProfiler版本2.1.1)
• Logan DJ、Shan J、Bhatia SN、Carpenter AE（2015）。使用基于像素的分类以高通量量化共培养的细胞表型。 方法 96:6-11 / 国防部PMID:26687239。PMCID:PMC4766037。
  • [广泛的Bioimage基准收集条目]
• Jolly AL、Luan CH、Dusel BE、Dunne SF、Winding MJ、Dixit VJ、Robins C、Saluk JL、Logan DJ、Carpenter AE、Cohen、AR、Gelfand VI（2015）。果蝇S2细胞微管网络形成和溶酶体运动调节的全基因组RNAi筛选。 单元格报告 14(3):611-20 / 国防部PMID:26774481。
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.10997)
• Ricci F、Subramanian A、Wade M（2015）。开放获取高含量克隆分析。 生物分子筛选杂志 20(3): 391-401 / 国防部PMID:25381257。
  • [下载]（CellProfiler版本版本2.1.1（修订版6c2d896；适用于Windows 64位）。)

2014

• Chudnovsky Y、Kim D、Zheng S、Whyte WA、Bansal M、Bray MA、Gopal S、Theisen MA、Bilodeau S、Thiru P、Muffat J、Yilmaz OH、Mitalipova M、Woolard K、Lee J、Nishimura R、Sakata N、Fine HA、Carpenter AE、Silver SJ、Verhaak RGW、Califano A、Young RA、Ligon KL、Mellinghoff IK、Root DE、Sabatini DM、Hahn WC、Chheda MG（2014）。ZFHX4与NuRD核心成员CHD4相互作用并调节胶质母细胞瘤肿瘤起始细胞状态。 单元格报告 6(2):313-24 / 国防部PMID:24440720
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.11710)
• TJF尼兰德；DJ洛根；索尔尼尔，J；Lam，D；约翰逊，C；根，DE；木工，AE；萨巴蒂尼，BL（2014）。高内容图像分析识别初级高通量RNAi筛查中突触发生的新调控因子神经元PLoS ONE9（3）.e91744/国防部PMID:24633176
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.11710)
• 摩尔多瓦L、Anghelina M、Kantor T、Jones D、Ramadan E、Xiang Y、Huang K、Kolipaka A、Malarkey W、Ghasemzadeh N、Mohler PJ、Quyyumi A、摩尔多瓦NI（2014）。包含原始和分化标记的人类外周血单个核细胞排列网络模块与特定的心血管健康变量相关。 公共科学图书馆9（4）：e95124/国防部下午时间：24759906
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.11710)
• Sheik-Khalil E、Bray MA、Ozkayaöahin G、Scarlatti G、Jansson M、Carpenter AE、FenyöEM（2014）。基于图像的自动检测用于评估HIV中和和细胞与细胞融合抑制。 BMC感染性疾病 14:472 / 国防部PMID:25176034
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.11710)
• Singh S、Bray MA、Jones TR、Carpenter AE（2014年）。高通量显微镜图像光照校正管道。 显微镜杂志 256(3):231-6 / 国防部PMID:25228240
  • [下载]（CellProfiler版本2.1.0)
• Wählby C、Conery AL、Bray MA、Kamentsky L、Larkins-Ford J、Sokolnicki KL、Veneskey M、Michaels K、Carpenter AE、O'Rourke EJ（2014）。秀丽线虫脂肪质量和体脂分布的高通量和低通量评分。方法68(3):492-499. /国防部.PMID:24784529。本出版物包括四个示例管道，如下所述：
  • 解开蠕虫：在此管道中，我们识别单个蠕虫并提取形状和强度测量值。蠕虫解开需要一个蠕虫模型，该模型与管道一起提供。如果调整管道以适应您自己的数据，蠕虫检测可能会通过基于您自己的图像数据创建新的蠕虫模型而得到改进。[下载（1.4 MB）]
  • 拉直蠕虫并使用低分辨率地图集提取强度测量值：一旦蠕虫被解开，此管道将显示如何将其拉直并与低分辨率蠕虫地图集对齐，以提取局部强度测量值并比较报告信号的模式。其中包括识别次要对象（荧光标记信号）并将这些对象与单个蠕虫关联的步骤，以每个蠕虫为基础实现信号计数。[下载（1 MB）]
  • 创建自己的蠕虫模型：UntangleWorms模块有“Untangle”模式和“Train”模式。此管道描述了如何使用“Train”模式创建蠕虫模型。训练包括提供大量蠕虫图像，这些图像代表蠕虫在种群中的变异，并且不接触或重叠。请注意，此示例下载仅包含两个图像，不会产生好的模型，因为它不能代表蜗杆形状的所有可能变化。我们建议使用至少60个蠕虫来创建模型。[下载（1.6 MB）]
  • 解开蠕虫并进行测量亮场染色模式表型：该管道通过蠕虫解开来检测单个蠕虫，并在蠕虫中发现子物体（油红O染色的脂肪区域）。它仅使用亮场数据，通过单个图像通道中的强度阈值检测脂肪区域，并将脂肪区域与单个蠕虫联系起来。这使得能够检测异质群体中的罕见表型，如果观察到群体平均值，就会错过这些表型。更多数据可以在BBBC上找到。[下载（1.7 MB）]

2013

• Hartwell KA、Miller PG、Mukherjee S、Kahn AR、Stewart AL、Logan DJ、Negri JM、Duvet M、JäråS M、Puram r、Dancik V、AL Shahrour F、Kindler T、Tothova Z、Chattopadhyay S、Hasaka T、Narayan r、Dai M、Huang C、Shterental S、Chu LP、Haydu JE、Shieh JH、Steensma DP、Munoz B、Bittker JA、Shamji AF、Clemens PA、Tolliday NJ、Carpenter AE、Gilliland DG，Stern AM、Moore MA、Scadden DT、Schreiber SL、Ebert BL、Golub TR（2013）。基于生态位的筛查确定白血病干细胞的小分子抑制剂。 自然化学生物 9(12):840-8 / 国防部PMID:24161946
  • [下载]（注：下载中包含用于Windows7 64位的CellProfiler 7807版）（CellProflier Analyst版本2.0.11710)

2012

• Bray MA、Fraser AN、Hasaka TP、Carpenter AE（2012年）。大型高内容屏幕中图像质量控制的工作流和度量。 J生物素筛选 17(2):135-143 / 国防部PMID:21956170
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.10997)
• González JE、Barquinero JF、Lee M、García O、Casacóa（2012）。抗表皮生长因子受体单克隆抗体西妥昔单抗和尼莫单抗在A431细胞中诱导的放射增敏作用。 癌症生物治疗 13(2):1-6 / 国防部PMID:22231391
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.10997)
• Kitami T、Logan DJ、Negri J、Hasaka T、Tolliday NJ、Carpenter AE、Spiegelman BM、Mootha VK（2012）。一种探索线粒体含量和细胞大小之间关系的化学筛选。 公共科学图书馆7（3）：e33755/国防部PMID:22479437
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.10997)
• González JE，Romero I，Barquinero JF，Garcia O.（2012）。CellProfiler软件自动分析银染彗星。 突变研究 748(1-2):60-4 / 国防部PMID:22771502
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.10997)

2011

• Elkabets M、Gifford AM、Scheel C、Nilsson B、Reinhardt F、Bray MA、Carpenter AE、JirströM K、Magnuson K、Ebert BL、Ponten F、Weinberg RA、McAllister SS（2011）。人类肿瘤通过激活小鼠的基质成纤维细胞，刺激粒蛋白表达的造血细胞促进恶性肿瘤。 临床研究杂志 121(2):784-99 / 国防部PMID:21266779 PMCID:PMC3026724
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.9978)

2010

• Logan DJ，Carpenter AE（2010年）。筛选细胞特征测量用于基于图像的分析开发。 J生物分子筛 15(7): 840–846 / 国防部PMID:20516293
  • [广泛的Bioimage基准收集条目]（CellProfiler版本2.0.10997)
• 安妮·加泰罗多（Anne M Cataldo）；唐娜·L·麦克菲；尼古拉斯·兰格（Nicholas T Lange）；史蒂文·蓬泽尔（Steven Punzell）；Elmiligy，Sarah；Ye，Nancy Z；迈克尔·弗罗莫维茨（Michael P Froimowitz）；琳达·C·哈辛格；艾米丽·梅内萨莱（Emily B Menesale）；Laura W Sargent；大卫·J·洛根；卡彭特（Anne E Carpenter）；科恩，布鲁斯·M（2010）。双相情感障碍患者细胞线粒体结构异常。 美国病理学杂志。 177(2): 575–585 / 国防部PMID:20566748 PMCID:PMC2913344
  • [下载]（CellProfiler版本2.0.11710)

2009

• Jones TR**、Carpenter AE**、Lamprecht MR、Moffat J、Silver SJ、Grenier JK、Castoreno AB、Eggert US、Root DE、Golland P、Sabatini DM（2009）。利用迭代反馈和机器学习在基于图像的屏幕上对不同的细胞形态进行评分。PNAS 106（6）：1826-31/doi:10.1073/PNAS.0808843106。PMID:19188593 PMCID:PMC2634799（研究文章）(PNAS链接)**这些作者贡献均等。
  • [功能列表.txt] [分类器规则.zip] [综合得分.xls] [分析PIPE.txt] [分析PIPE.mat.zip] [示例分数.zip] [培训集.zip] [所有补充数据.zip]

2008

• Jones TR、Carpenter AE、Lamprecht MR、Moffat J、Silver SJ、Grenier JK、Castoreno AB、Eggert US、Root DE、Golland P、Sabatini DM（2008）。利用迭代反馈和机器学习在基于图像的屏幕上对不同的细胞形态进行评分。 美国国家科学院 106(6):1826–1831 / 国防部PMID:19188593。预防性维修识别码：PMC2634799
  • [下载]