昏暗的第页勒
高分子晶体学管道
用于精制和配体筛选
基于CCP4程序。
它是如何工作的
您提供反射数据（合并的mtz）和Apo模型（pdb）并告诉管道它应该在哪里转储结果：
$dimple my.mtz apo.pdb输出dir
实际上，您可以提供任意数量的模型或pdb代码，但是将只使用其中一个单元–具有最相似单元的单元：
$dimple my.mtz apo.pdb my-other.pdb 4uqi输出dir
DIMPLE将尽其所能快速返回精细模型和差异密度图指向未建模的电子密度斑点-潜在的配体位点。
稍微简化一下：管道经过几次常规的大分子精制准备步骤（I到F，选择Rfree集，如果需要重新索引）。有时需要在精炼之前运行Molecular Replacement。最后，它会检查未建模的斑点-可疑配体。
它很快。运行时间当然取决于数据（分辨率、，单元单元的大小等）、模型和计算机，但通常大约3分钟。MR通常需要3-10分钟，但时不时地，时间会更长。
In Diamond（英国国家同步加速器）Dimple自动运行自动处理如果用户提供了PDB文件在实验之前。
选项
DIMPLE有很多选项(酒窝-h列出所有），但由于管道的目标是使事情变得简单，我们这里只介绍了其中三个：
--慢（或-秒简而言之）–如果您不着急，建议您使用。DIMPLE将花费两倍的时间，在额外的周期上花费更多的时间精致。如果这仍然太快，请两次选择此选项——获得100次果冻身体精炼。
-M（M）也很受欢迎。它决定了MR何时开始工作。-米0.4（默认值）运行MR，如果在刚体细化之后的R因子，在3.5º以下的数据中，高于0.4。边缘情况：-M0（M0）–始终运行MR，-M1级–从来没有。
--利宾到岸价将您自己的配体描述传递给Refmac。
选定的详细信息
MTZ柱–默认情况下，Dimple需要标记为IMEAN或标记为F或FP的振幅。要使用不同的列指定选项--icolumn柱/--fcolumn（体积）.仅当振幅不在文件中时才使用强度，或当用户明确设置--icolumn柱或--ItoF-prog公司.
重新编制索引–如果数据和模型在兼容但不同的空间组中，我们使用毫无意义的更改MTZ文件中的空间组。我们还检查所有可能的设置–无意义的计算结构模型中的系数，并比较E^2上的CC以找到最佳值匹配设置，必要时重新索引数据。在某些情况下，这一步骤可以避免MR，从而节省我们几分钟的时间。
自由反射–免费统计数据在一定程度上取决于伪随机的幸运程度一组空闲标志。因此，人们可能更喜欢使用一致的自由标志比较从不同晶体收集的数据时。这就是为什么Dimple，默认情况下，在使用相同的pdb文件时分配相同的标志（忽略输入mtz文件中的标志）。
一致性标志由CCP4生成自由滞后程序假设数据与模型位于同一点群中分辨率高于1º（我们必须选择一个任意的极限）。对于更高的分辨率，自由集的一致性最高可达1º。
或者，您可以使用一组外部引用标志(--自由r-标志外部.mtz)或输入mtz中的现有标志(--自由r标志-或-R（右）-).您还可以指定列名和对应于排除的数据（例如。--freecolumn FreeR_flag=5).
不同的asu体积–如果数据中的asu比模型中的大得多，我们在MR中搜索模型的多个副本。相反，当数据中的asu较小时，我们用所有链子做了一个合奏(相位积分器)在MR之前。
网络控制系统–PDB文件格式存储非晶体学对称变换在MTRIXn记录中。NCS副本的坐标可以是，也可以不是如MTRIXn/iGiven字段所反映的（有一些例外）。Dimple通常都知道这些事情，应该在所有方面都合理地工作尽管截至2016年第二季度，情况并非如此，但仍在等待refmac中的错误修复。
刚体精细化–二者都参考跑道和相位器可以做到。我们可以通过之前一直运行phaser来简化我们的流水线refmac，但平均速度会慢一些。但幅度不大。Phaser检查输入模型是否为已正确放置并跳过搜索。
因为在某些情况下，我们只使用高达3.5°的刚体数据5%的自由反射不足以提供可靠的统计数据。另一方面，在刚体中没有过度装配的危险。因此，我们在这一步中完全停止使用Rfree集。
实际精细化–我们运行了两次refmac约束优化。第一次运行（标记为果冻)有果冻般的身体约束，没有氢，忽略非常高分辨率的反射。在默认模式下，我们使用这些设置只运行4个循环，以及8个循环的最终细化。注意，通常推荐使用100次以上的凝胶体精制。在测试了各种组合后，我们选择了数字4和8在数百个数据集上。这次裂开碰巧有点在相同的时间限制内比其他组合获得更好的结果。
得分斑点–现在太简单了，我们需要努力
异常差异图–而不是（或除此之外）搜索未建模的blob，凹坑可用于在异常差分图中查找斑点（选项--阳极).使用SHELX/AnoDe生成的地图突出显示了金属和硫原子。它用于验证MR结果或检查金属的存在。
正在生成图片–我们有一个选择(-（f）)生成静态blob的图像（PNG或JPEG）。它们由使用同步Web在DLS中。图片是用Coot+Raster3d生成的-这结合了Coot熟悉的外观和感觉，具有更好的图形和无头致使。
目前我们正在努力交互式网络查看器它模仿Coot，并有望以足够快的速度取代静态图像。
污染物–最后，如果数据与模型不匹配，我们会检查单元是否匹配匹配任何单位单元格与此相对应结晶污染物清单.
常见问题解答
安装
DIMPLE是CCP4套件的一部分。所有工作都完成了由套件中运行的其他程序执行。最重要的是参考跑道和相位器.所以您需要安装CCP4，并且酒窝已经存在了。
但是如果你想试试没有过滤的最新版本到CCP4套房，从github.com/ccp4/简单.
如果您不想使用git，请下载master.zip格式,解压缩，重命名酒窝管理员到酒窝然后跑./窝/窝.
诊断的
（主要针对开发人员）
Dimple运行许多CCP4程序。我们在这里指的是呼叫作为一个外部程序步管道。命令：
列出了所有步骤。输出直径是上一个目录中使用的目录跑。将步骤号添加到信息命令显示详细信息，例如：
$酒窝信息输出2<工作毫无意义2018-09-07 13:44>毫无意义的HKLIN/thaumatin.mtz HKLOUT无点.mtz XYZIN ini.pdb<<EOF公差5结束电动势总时间：3.0秒输出汇总：resol。1.43参考号：43611标准输出：->02-pointles.log
这允许您重新运行选定的步骤，而无需使用“凹陷”。但如果您希望使用dimple重新运行它，请键入：
其中STEPS是一个或多个数字或一个范围（例如：1,2 4-6 8-）。但为了能够重新运行任何步骤，您需要首先运行Dimple和选项--不清洁，因此不会删除任何中间文件。
或者，如果要重新运行步骤N中的所有内容，可以运行带选项的Dimple--从步骤N开始.酒窝重复仅重新运行外部程序，虽然酒窝--从台阶运行所有内部逻辑，但跳过运行外部程序直到指定的步骤。
欢迎对如何改进此工具提出任何意见和想法。如果它不能按预期工作或根本不工作，请尽快告诉我们。使用问题跟踪器或发送电子邮件至CCP4帮助台或电子邮件wojdyr@gmail.com或
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