综合抗生素耐药性数据库

抗性基因、其产物和相关表型的生物信息数据库。

7253个本体术语,5230个参考序列,1960个SNP,3310个出版物,5278个AMR检测模型

抗药性预测:413种病原体,24291条染色体,2662个基因组岛,48212个质粒,172216个WGS组合,276270个等位基因

YouTube网站:2024年加拿大生物信息学研讨会:抗菌耐药基因(AMR)分析

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CARD是由抗生素耐药性本体(ARO)和AMR基因检测模型组织的一个严格管理的特征化、同行评审的耐药性决定因素和相关抗生素的集合。

分析

CARD包括用于分析分子序列的工具,包括BLAST和基于同源性和SNP模型预测抗性体的抗性基因识别(RGI)软件。

下载

CARD数据和本体可以多种格式下载。RGI软件作为命令行工具提供。CARD诱饵捕获平台序列和协议可供下载。提供了有关更新的详细说明。

抗药性、变异体和流行

计算机生成413种重要病原体的耐药性预测。包括科学文献报道以外的序列变异,以及病原体、基因组和质粒中AMR基因的流行率统计。

卡:Live

CARD:Live项目收集了在线提交给RGI的基因组序列的病原体鉴定、MLST、AMR基因列表、日期和地理区域,提供了全世界正在分析的抗生素耐药菌株的动态视图。

CARD诱饵捕获平台

2024年3月更新:可下载一种稳健可靠的靶向诱饵捕获方法,用于复杂样品中抗生素耐药性决定簇的宏基因组检测,包括杂交诱饵FASTA序列和实验室协议。Hackenberger等人。生物Rxiv2024.03.27.587061.