PI4P极化并受生理信号调节
磷脂酰肌醇在质膜(PM)的脂质代谢由特定的脂激酶和磷酸酶控制(图1a) ●●●●。然而,细胞如何在PM处产生离散的磷酸肌醇信号以响应生理刺激仍知之甚少。磷脂酰肌醇4-磷酸亚型磷脂酰肌糖醇(PI4P)可能在极化细胞生长和细胞信号传导中发挥着特别重要但尚未被认识到的作用。先前的研究报告称,PI4P在芽殖酵母的小(生长)子细胞中富集[16,17,18,19]。然而,这些研究描述了定性观察而非定量测量,并使用了结合PI4P和PI(4,5)P的报告者2[20]。因此,我们使用经验证的PI4P FLARE(荧光脂质相关报告物),即特异性结合PI4P的SidC的P4C结构域,通过定量显微镜监测了PI4P在PM的分布[21,22](图1和其他文件1:图S1)。由于PI4P定位于细胞内以及PM,GFP-P4C强度与PM标记物(mCherry-2xPH)共同定位PLCδ)具体测量(参见附加文件中的示例1:图S1a-b)。在无应力生长条件下(26 °C),与母细胞相比,子细胞PM处PI4P FLARE高度富集(> 5折,图1b、 c,附加文件2:图1c和1d数据集)。这种极化分布表明,PI4P可能是PM的一个里程碑,正如其他带负电荷的脂质(包括PI(4,5)P)所建议的那样2和磷脂酰丝氨酸[1,23,24,25].
如果PI4P是PM的一个空间里程碑,那么它的分布应该随着调节细胞极性的生理刺激而改变。热在出芽酵母细胞中引发多种反应,包括肌动蛋白细胞骨架的重组、Rho-GTPase信号传导和母细胞中囊泡运输事件的增加[9,15,26]。短暂热休克(10 42时最小值 °C),子细胞中PI4P的极化富集显著降低。子细胞PM处的GFP-P4C强度下降了两倍(图1c和附加文件2:图1c和d数据集)和母体细胞PM的两倍增加(图1c、 其他文件1:图S1d,附加文件2:图1c和d数据集,以及附加文件三:图S1c和S1d数据集)。因此,热休克后,子细胞和母细胞之间PI4P报告子分布的比率显著下降(五倍)(F类d日/F类米 = 26时为7.5 °C与F类d日/F类米 = 42时为1.5 °C;图1b–d和附加文件2:图1c和d数据集)。这些反应发生得非常迅速,在2到4个小时内 min(附加文件1:图S1b-d和附加文件三:图S1c和S1d数据集),表明监管系统高度敏感。
接下来,我们研究了母体细胞PM处PI4P信号增加的潜在机制,这可能是由于合成增加和/或水解减少所致。PI4P由Stt4蛋白在芽殖酵母的PM处生成,Stt4蛋白质是磷脂酰肌醇4-激酶III型α(PI4KIIIα)的同源物[5]。因此,GFP-P4C在温度条件下从PM中损失stt4(stt4)热休克后的突变细胞(附加文件4:图S2a)。PI4KIIIα存在于两种不同的蛋白质复合物中。PI4KIIIα复合物I由酵母中的Stt4/Efr3/Ypp1和哺乳动物细胞中的PI4KIIIα/Efr3/TTC7/FAM126A组成(图2a)[8,10,27]。PI4KIIIα复合物II由酵母中的Stt4/Efr3/Sfk1和哺乳动物细胞中的PI4KIIIIα/Efr3/TMEM150组成(图2a)[9,28]。Sfk1是热诱导PI(4,5)P所必需的2酵母合成和TMEM150蛋白参与PI(4,5)P2磷脂酶C活化后的再合成[9,28]。我们测试了母细胞PM热诱导PI4P增加是否需要与热诱导PI(4,5)P相关的“信号”Stt4-PI4K复合物II2合成。令人惊讶的是,热休克在缺乏Sfk1的母细胞的PM处诱导了PI4P信号(图2b) ●●●●。因此,含有Sfk1的Stt4-PI4K复合物II并非绝对需要用于热诱导PI4P从子细胞向母细胞的再分配。Stt4-PI4K复合物I可能也有助于母细胞中诱导的PI4P信号。因此,热诱导的GFP-P4C重新分布在ypp1–7个突变细胞(附加文件4:图S2b和附加文件5:图S2b数据集)。为了支持这些结果,以前的工作表明Ypp1参与了PM处PI4P的大部分合成[10,29]。此外,最近的一项研究表明PI4K复合物I参与刺激诱导的PI(4,5)P2后生动物细胞中的合成[30]。所以,这两种Stt4-PI4K复合物都可能参与母细胞中热诱导PI4P信号的产生。
Stt4 PI4K组件定位于ER-PM触点
即使在非应激生长条件下,皮层Stt4 PI4K组件(也称为PIK斑片)也在母细胞中富集[9,10](图2c) ●●●●。这是令人惊讶的,因为在非应激生长条件下,PI4P在子细胞而非母细胞的PM处富集(图1和其他文件1:图S1)。建议Stt4 PIK补丁可能位于PM和ER之间的触点处[10],和ER-PM触点与PI4P调节有关[16]。然而,ER-PM触点的Stt4定位尚未得到证实。因此,我们通过更详细地检查PIK补丁定位来研究Stt4-generated PI4P的潜在调控机制。我们使用高含量定量显微镜检查了同时表达GFP标记的PIK斑块蛋白(Stt4或Ypp1)和ER标记物(DsRed-HDEL)的细胞中PIK斑块的分布。PIK斑块被自动分割,随后确定单个PIK斑块内GFP信号强度的最大值。接下来,量化每个GFP最大值(PIK斑块)内DsRed-HDEL(ER)信号的强度。还测量了ER中DsRed-HDEL强度的动态范围,以确定DsRed-HDEL ER信号的最小特异性水平和无ER区域的最大非特异性背景DsRed-HDEL水平。这些测量设置了一个阈值,将单个GFP最大值指定为与ER相关或无ER。
含有Stt4-和Ypp1-的PIK补丁与外周ER广泛吻合(图2c、 白色痕迹显示分段的GFP-Stt4和Ypp1-GFP PIK斑块;> 在所示示例中,80%与DsRed-HDEL重叠,附加文件6:图2c和S2c数据集)。DsRed-HDEL ER标记与高含量实验中确定的80%GFP-Stt4斑块重叠(三个独立实验中1111个细胞中最多7264个,图2d和附加文件7:图2d数据集)。同样,76%的Ypp1-GFP皮质斑块(1527个细胞中最大13079个)与ER相关(图2d和附加文件7:图2d数据集)。网织红蛋白(Rtn1、Rtn2和Yop1)的丢失将内质网形成高度弯曲的小管和具有弯曲边缘的膜片[31]没有改变PIK斑块与皮质ER的相关性。GFP-Stt4与皮质ER片广泛相关(78%重叠),网织红突变细胞中缺乏皮质ER的PM区域明显缺乏GFP-Stt 4(rtn1型∆rtn2型∆第1年∆突变细胞,附加文件4:图S2c和附加文件6:图2c和S2c数据集)。相反,PIK斑块与ER的定位依赖于ER-PM接触形成。在缺乏形成ER-PM接触的ER-localized Scs2和Scs22蛋白的细胞中[16,32],GFP-Stt4斑块在缺乏皮质ER的PM区域清晰可见(南海2号∆供应链22∆突变细胞,附加文件4:图S2c)。因此,Stt4-PI4K复合物I组合(PIK斑块)与皮质ER广泛相关,这种排列可能影响母细胞中PI4P的代谢。
PM-localized PIK斑块靠近皮质ER中的Scs2和Sac1 PI4P磷酸酶
我们进一步详细研究了Stt4-PI4K复合物I亚单位和Scs2之间的潜在关联。Scs2是VAP-a/B同源基因,是一种尾部锚定的内质网膜蛋白,具有N端细胞质MSP结构域。MSP结构域将蛋白质与FFAT基序结合(酸性道中的两个苯丙氨酸)[33]。使用计算FFAT基序的算法检测Stt4-PI4K复合物I蛋白[33]在Efr3蛋白的C末端发现了一个候选的FFAT样基序(…GENQNDDFKDANED公司LHSLSSRGKIFSST公司782). 我们采用了双分子荧光互补(BiFC或分裂GFP;图三和其他文件8:图S3)分析ER-localized Scs2蛋白是否接近PM-localize Efr3蛋白。在共表达Efr3-GFP的细胞中观察到皮层GFP斑块N个和GFPC-Scs2融合(图三a) ●●●●。有趣的是,Efr3-Scs2相互作用发生在母细胞而不是子细胞中,发生在皮层内质网结构中而不是细胞质内质网或核内质网区域(图三a) ●●●●。Efr3中的FFAT基序是与Scs2有效关联所必需的,因为在表达截断Efr3的细胞中,分裂的GFP信号强度显著降低∆法特-绿色荧光粉N个融合和GFPC-Scs2(图三a、 b和附加文件9:图3b数据集)。在对照实验中,全长Efr3-GFPN个和截断的Efr3∆FFAT-绿色荧光粉N个融合物均与Efr3-GFP相互作用C,表明Efr3缺失FFAT基序的截断形式被表达(图三c、 d和附加文件10:图3d数据集)。除Scs2外,Efr3与BiFC评估的ER-localized PI4P磷酸酶Sac1接近(附加文件8:图S3b)。与Efr3类似,Sac1在皮质斑块处显示出同型相互作用(附加文件8:图S3b),表明Sac1可能聚集在皮层ER中。在其他对照实验中,Efr3与Ypp1相互作用,Sac1与Scs2通过BiFC相互作用(附加文件8:图S3b),与公布的数据一致[10,16,34]。因此,ER-localized Scs2在PM接近Stt4-PIK补丁亚单位Efr3,并与ER中的Sac1 PI4P磷酸酶相互作用。这种结构可能允许有效控制Stt4在母细胞PM产生的PI4P。
Osh3介导的PI4P水解在热休克过程中减弱
我们的结果表明St4PIK补丁定位于ER-PM接触(图2和三)与PI4P监管有关[16]。热休克时,ER-PM触点可能会分解或Stt4可能会移动到无ER-PM区,从而损害Sac1介导的母细胞PI4P水解。然而,在热休克期间,观察到皮层ER结构,Stt4 PIK斑块与皮层ER网络广泛共存(附加文件11:图S4a-b)。然后我们进一步研究了热诱导的母体细胞PM处PI4P信号是如何被触发的。
Scs2结合并招募含FFAT基序的Osh3蛋白[19,35]。Osh3是一个保守的脂交换蛋白家族的成员,即氧甾醇结合蛋白相关蛋白(ORP)。酵母Osh2和Osh6/7蛋白分别在体外结合麦角固醇和磷脂酰丝氨酸,并建议将这些脂质从内质网转移到质膜,以交换PI4P[12,13](图2a) ●●●●。目前还没有确定Osh3是否为脂质转运蛋白,但Osh3已被证明能结合PI4P并在体外激活Sac1 PI4P磷酸酶[19,36]。我们检测了与PM PI4P池代谢相关的Osh蛋白(通过提取PI4P并将PI4P输送至内质网以交换另一种脂质或直接将PI4P输送至Sac1磷酸酶)是否在热休克期间减弱。在正常生长条件下,Osh3-GFP在皮质斑块处以及细胞质中广泛分布(图4a) ●●●●。热休克后,Osh3-GFP(细胞共同表达PM标记mCherry-2xPH)的皮质定位PLCδ)Osh3-GFP显著减少,而定位于许多细胞内点状突起(图4a、 b和附加文件12:图4b数据集)。
我们还研究了Osh3失活是否与母细胞中热诱导的PI4P信号有关。为了支持这一点,PI4P的极化分布在职业安全与健康3∆细胞,即使在非应激条件下,缺乏Osh3的母细胞在PM时GFP-P4C增加(图4c) ●●●●。因此,缺乏Osh3(Fd日/F类米 = 野生型细胞在26岁时为5.4 °C与Fd日/F类米 = 2.5英寸职业安全与健康3∆单元格,26 °C;图4d和附加文件13:图4d数据集)。定位于ER-PM接触的其他Osh蛋白(Osh2、Osh6和Osh7)[13]也有助于PI4P极化,因为缺乏这些蛋白的母细胞中PI4P报告子的定位增加(附加文件11:图S4c)。热休克后,Osh2和Osh7仍留在皮质斑块处(图4e) ,尽管结果并没有说明这些蛋白质在热休克时是否减弱。总之,结果表明Osh蛋白对非应激条件下PI4P的极化分布很重要,并提示Osh3失活可能参与了母细胞热诱导PI4P信号的产生。
Osh3蛋白经历热诱导聚集
我们进一步检查了热休克期间形成的细胞内Osh3点。热休克时,Osh3-GFP与Hsp104广泛定位(图5a、 b,附加文件14:图5b数据集)。Hsp104是一种解聚酶,在包括热休克在内的应激条件下起到重新折叠变性蛋白质的作用[37]。因此,在热应力条件下,Osh3可能会发生相变和聚集。因此,热诱导的Osh3-GFP结构没有与高尔基体室、内体、内质网或脂滴广泛共存(附加文件15:图S5a)。在额外的对照实验中,GFP在细胞质中广泛定位,在热休克时没有形成细胞内聚集物(附加文件15:图S5b)。
我们进行了额外的体内试验来表征热诱导的Osh3穿孔的材料状态,以确定它们是相分离液滴还是稳定的蛋白质聚集体。一旦形成,热诱导的Osh3泪点是稳定的,并持续60多年 回到无应力温度(26 °C,图6a、 其他文件16:图6a数据集)。皮层Osh3组件重新出现90–120 转移到非应激温度后的min,与之前报道的芽殖酵母适应热应激和恢复极化生长的持续时间一致[15]。我们还进行了体内FRAP(光漂白后荧光恢复)实验,以表征热诱导Osh3结构的材料状态(图6b–d)。在FRAP分析过程中,相分离的液体冷凝液(液-液滴)倾向于进行动态交换并快速恢复,而稳定的蛋白质聚集体在FRAP实验中没有显示快速恢复率[38,39,40]。热诱导的Osh3-GFP点在光漂白后表现出非常温和的恢复(约为光漂白前水平的20%,图6c、 d,附加文件17:图6c数据集)。此外,在整个实验过程中观察到稳定的点状突起(20 最小值,图6d) 。因此,Osh3是一种热敏蛋白,在热应激条件下与解聚酶Hsp104聚集并共同定位。
令人惊讶的是,Osh3聚集并不需要Hsp104或Hsp42蛋白(附加文件18:Osh3定位数据集)与含Hsp104的Q体的形成有关[41]。热诱导的Osh3聚集也独立于许多应激激活因子发生(附加文件18:Osh3定位数据集),包括Rsp5 E3泛素连接酶活性和热反应蛋白激酶Pkc1和Tor2[15,17]。这让我们问Osh3蛋白本身的一些固有性质是否会触发热诱导聚集,然后我们研究了相关的Osh3蛋白质域。Osh3蛋白的一个显著特征是N末端的GOLD结构域(附加文件19:图S6)。金结构域足以进行热诱导聚集。在非应激条件下,GOLD-GFP融合蛋白在细胞质中广泛定位,但在短暂的热休克(42 摄氏度,10 最小值;其他文件19:图S6a)。然而,出乎意料的是,体内热诱导的Osh3聚集并不需要GOLD结构域。N端截断显示,C端PI4P结合ORD区域也足以进行热诱导聚集。在无压力条件下,作战需求文件Osh3号机组-GFP融合蛋白广泛定位于细胞质和细胞核,但在42℃短暂热休克后形成胞内点状突起 °C(附加文件19:图S6b)。ORD域对温度特别敏感,因为ORDOsh3号机组-GFP和全长Osh3-GFP形成聚集体,即使在短暂转变为37 °C(附加文件19:图S6b)。PI4P极化需要ORD域,因为GFP-P4C定位在表达Osh3截断形式的母细胞的PM处增加,即使在非应激条件下(附加文件19:图S6c)。因此,Osh3蛋白的PI4P结合ORD区域经历热诱导的聚集,并且是母细胞中PI4P调节所必需的。
与体内结果一致,纯化的Osh3 ORD区域(Osh3588–996)在体外显示出热敏特性。NBD标记的Osh3588–996蛋白质在42℃短暂孵育后形成点状和大纤维状结构 °C(图7a) ●●●●。这些结构在形状和尺寸上都不均匀,没有显示出相分离液-液滴预期的典型圆形(图。7a)[38,39,40]。然而,热诱导NBD标记的Osh3588–996在FRAP实验中,结构显示部分恢复(流动分数30–35%;图7b–d和附加文件20:图7c数据集)。此外,有效的光漂白需要连续几轮的紫外线激发,并导致靶区外的荧光强度降低(图7d) 。这些结果表明,提纯的Osh3-ORD在高温下可以形成具有凝胶性质的聚合物。在沉淀分析中,纯化的Osh3588–99626岁时出现在可溶性上清液部分 °C,但在42℃下短暂培养后可有效造粒 °C(附加文件21:图S7a和附加文件22:图S7a数据集)。同样,NBD标记为Osh3588–996年26岁时出现在可溶性上清液部分 °C,但在42℃下短暂培养后可有效造粒 °C(附加文件21:图S7b)。因此,Osh3蛋白在体外表现出热敏感性,并在热应激时通过其GOLD和ORD域在体内聚集。有趣的是,其他Osh蛋白在体外表现出对热的敏感性。沉淀分析中,Osh4、Osh6和Osh7(主要由ORD域组成)主要存在于26 °C,但在42℃孵育时成丸 °C(附加文件21:图S7a和附加文件22:图S7a数据集)。因此,即使Osh7在体内热休克时显示皮质定位(图4e) ,Osh蛋白和Osh3可能在热休克时减弱。
PI4P代谢控制外囊成分Exo70的定位
我们的研究结果表明,包括Osh3在内的Osh蛋白控制着PM处PI4P的分布。因此,我们研究了Stt4和Osh3在PM处蛋白质极化靶向中的作用。胞外囊亚基Exo70定位于极化生长的位点,包括芽尖和颈部,在那里它结合阴离子脂质,如PI(4,5)P2也在极化生长的位置富集[24,25]。由于PI4P代谢影响PI(4,5)P2代谢,PI4P定位的改变可能会影响PM的Exo70定位。与此一致,Stt4 PI4K生成的PI4P对于PM的Exo 70极化靶向是必要的。在Stt4 PI4K短暂失活后(在stt4(stt4)32岁时的突变细胞 10°C (min),Exo70-GFP不再仅在极化生长部位(芽尖和颈部)发现。相反,它也可以在母细胞的PM中观察到,并且在细胞质中更广泛地定位(附加文件23:图S8a)。
为了研究Osh3是否调节Exo70极化,我们检测了野生型对照细胞和职业安全与健康3∆突变细胞。众所周知,热休克会破坏极化分泌[15]42岁时发生短暂热休克 °C导致Exo70去极化定位。有趣的是,通过监测Exo70-GFP定位,缺乏Osh3的细胞表现出对热的超敏反应。在对照细胞中,Exo70-GFP在小乳细胞的顶端以及大乳细胞的芽颈处高度富集(图8a) ●●●●。大约75%的对照细胞表现出针对小乳房细胞尖端的极化Exo70-GFP,之后轻微转变为32 10°C 最小值(图8b和附加文件24:图8b数据集)。相反,Exo70-GFP定位在职业安全与健康3∆突变细胞(图8a) ●●●●。少于30%职业安全与健康3∆突变细胞表现出Exo70-GFP对芽尖的极化靶向性,轻度转移至32 °C(图8b和附加文件24:图8b数据集)。相反,在>中观察到皮层Exo70-GFP点 70%的母细胞缺乏Osh3。此外,即使在26℃的非应力生长温度下,当Osh3损失时,Exo70-GFP对极化生长位点的极化靶向也会受到损害 °C;只有50%职业安全与健康3∆细胞在26岁时表现出极化的Exo70靶向性,而对照细胞的靶向性为75% °C(附加文件23:图S8b-c和附加文件24:图S8c数据集)。
异常的Exo70极化表明,极化分泌可能在Osh3功能丧失后受损。为了解决这一问题,我们检测了极化分泌货运蛋白Chs3-GFP在野生型对照细胞和职业安全与健康3∆突变细胞。Chs3是一种几丁质合成酶,通过细胞周期和外源性囊依赖性传递到芽尖和芽颈区域[42,43]; 热应激导致Chs3分泌去极化[42]。通过监测Chs3-GFP PM分布评估,缺乏Osh3的细胞表现出对热的超敏反应。在野生型细胞中,Chs3-GFP PM靶向指定为芽尖和颈部(图8c和附加文件25:图8d数据集)。在显示PM-localized Chs3-GFP的野生型细胞中,大约80%的细胞显示出极化的Chs3-GWP靶向性,之后轻微转变为32 10°C 最小值(图8d和附加文件25:图8d数据集)。相比之下,Chs3-GFP PM定位不再局限于职业安全与健康3∆突变细胞(图8c) ●●●●。在显示PM-localized Chs3-GFP的突变细胞中,只有不到50%的细胞表现出极化的Chs3-GWP靶向性,轻微转变为32 °C(图8d和附加文件25:图8d数据集)。或者,Chs3-GFP的异常放大可能是由于内吞作用受损[43,44],但是职业安全与健康3∆突变细胞没有显示出强烈的内吞缺陷[45]。与极化分泌缺陷一致,在缺乏Osh3蛋白的母细胞中也观察到去极化芽痕(钙氟白色染色的细胞间隔/分裂富含甲壳素的部位)(附加文件23:图S8d)。因此,PI4P、外囊成分Exo70、分泌性载脂蛋白Chs3和几丁质沉积物的极化分布在职业安全与健康3∆突变细胞。总之,这些结果表明,PI4P代谢控制了PM分泌事件的极化靶向,缺乏Osh3的细胞对轻度热应激反应过度,导致分泌去极化。