edgeR:R中数字基因表达数据的实证分析

数字基因表达差异表达分析软件包数据，即DNA测序技术产生的计数数据。这是特别的设计用于RNA-Seq或SAGE数据的差异表达分析，或ChIP-Seq数据的标记分析。

edgeR作为生物导体项目。要从R命令行安装edgeR，请使用CRAN中的BiocManager软件包：

>库（“BiocManager”）>安装（“edgeR”）

综合文档随软件包一起分发。这个《edgeR用户指南》也可从Bioconductor获得edgeR包装页.使用edgeR的帮助可以通过发布问题或生物导体支持站点的问题https://support.bioconductor.org.

《用户指南》中使用的数据集

• 口腔癌与匹配正常组织的RNA-Seq谱[TuchData公司]
• 接种拟南芥病原体的RNA-Seq[阿拉伯数据]
• 小鼠乳腺的RNA-Seq图谱[Fu数据]
• CRISPR-Cas9剔除筛选分析[CRISPR数据]
• 果蝇的时程实验[时间进程数据]
• 单细胞RNA-seq伪块DE分析[SeuratObj公司]

工作流文章

• 从读数到基因再到通路（使用edgeR准likelihood管道进行RNA-Seq实验的差异表达分析）
• F1000研究2017（甲基化工作流）
• F1000研究2016（RNA-seq工作流程）
• 2016年分子医学方法（RNA-seq工作流程）
• 斯普林格2014（RNA-seq工作流程和教程）
• F1000研究2014（shRNA-seq和CRISPR）