生物串

生物串的有效操作

生物导体版本：释放（3.19）

内存高效的字符串容器、字符串匹配算法和其他实用程序，用于快速操作大型生物序列或序列集。

作者：HervéPagès[aut，cre]，Patrick Aboyoun[aut]，Robert Gentleman[aut'，Saikat DebRoy[aut]，Vince Carey[ctb]，Nicolas Delhomme[ctb]，Felix Ernst[ctb]Wolfgang Huber[ctb]（'matchprobes'vignette），Haleema Khan[ctb'（从Swave转换为RMarkdown的‘matchprobe’vignettee），Aidan Lakshman[ctb，Kieran O'Neill[ctb]，Valerie Obenchain[tb]，Marcel Ramos[ctb]，Albert Vill[ctb]，Jen Wokaty[ctb]（将“火柴探针”小插曲从Sweave转换为RMarkdown），Erik Wright[ctb]

维护人员：HervéPagès<hpages.on.github at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“生物串”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“Biostrings”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“生物串”）

生物字符串2中定义的基本类的简短介绍	PDF格式	R脚本
生物串快速概述	PDF格式
处理探针序列信息	HTML格式	R脚本
多条路线	PDF格式	R脚本
成对序列对齐	PDF格式
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	对齐，数据导入，数据表示，遗传学，基础设施，序列匹配，排序，软件
版本	2.72.1
在生物导体中	BioC 1.6（R-2.1）或更早（>19年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.0.0），生物遗传学(>= 0.37.0),S4矢量(>= 0.27.12),I范围(>= 2.31.2),十六矢量(>= 0.37.1),基因组信息Db
进口	方法、utils、grDevices、stats、，蜡笔
系统要求
统一资源定位地址	https://bioconductor.org/packages/Biostrings网站
错误报告	https://github.com/Bioconductor/Biostrings/issues网站

建议	绘图，pwalling（pwallign），牛基因组(>= 1.13.14),英国基因组。西里根。UCSC.ce2号机组(>= 1.3.11),英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3公司(>= 1.3.11),英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg18，果蝇2探针，hgu95av2探头，hgu133停机坪，基因组特征(>= 1.3.14),hgu95av2cdf，阿菲(>= 1.41.3),艳阳花(>= 1.11.5),RUnit（运行单位），仿生风格，针织物
链接到	S4矢量，I范围，十六矢量
增强功能
取决于我	雪花石膏字符串，阿尔奇德芬夫斯，放大器，基本4Cseq，大脑，牛基因组，BSgenomeForge公司，奇姆拉维兹，ChIP分析仪，ChIPsim公司，切肉器，CODEX公司，CRISPseek公司，DECIPHER公司，深SNV，基因区域扫描，基因组比对，GOTHiC公司，HelloRanges（HelloRange），hiReads处理器，iPAC公司，烤羊肉串，方法目标NGS，米菲，Modstrings模式，MotifDb公司，motif测试R，海事处，肌肉，寡聚物，ORF搜索，周期性DNA，pqs指示器，pwalling（pwallign），PWMEnrich公司，QSutils公司，R453Plus 1工具箱，R4RNA，rBLAST公司，红色序列，rGADEM公司，Ribo配置文件，rRDP公司，Rsamtools软件，RSV模拟，桑杰分析仪，sangerseqR公司，扫描。通用产品代码，SELEX公司，短读，SIC工具，SimFFPE公司，ssviz公司，构造字符串，svaNUMT公司，系统管道R，自上而下的，变速器，树总结实验，三联体，VarCon公司，FDb公司。FANTOM4.promoters.hg19型，太平洋航空公司，pd.aragene.1.0.st，pd.aragenee.1.1.st版，pd.ath1.121501，pd.巴利1，pd.bovgene.1.0.st版，pd.bovgene.1.st文件，pd.绵羊，pd.枯草杆菌，pd.范围.1.0.st，pd.范围.1.1.st，pd.嘌呤，pd.犬齿。2，pd.线虫，pd.鸡肉，pd.chigene.1.0.st，pd.chigene.1.st文件，pd.chogene.2.0.st，pd.chogenee.2.1.st版，pd.柑橘，pd.clariom.d.人类，pd.clariom.s.人类，pd.clariom.s.human.ht公司，pd.clariom.s.mouse公司，pd.clariom.s.mouse.ht简体中文，pd.clariom.s.rat公司，pd.clariom.s.rat.ht公司，pd.棉花，pd.语法.1.0.st，pd.cyngene.1.st版本，pd.cyrgene.1.0.st版，产品编号：1.1.st，细胞遗传学阵列，pd.dogene.1.0.st版，pd.drogene.1.st（产品描述），玫瑰基因组1，pd.果蝇.2，pd.大肠杆菌.2，大肠杆菌，电子邮箱.asv2，pd.elegene.1.0.st，pd.elegene.1.st版，pd.equgene.1.0.st，pd.equgene.1.1.st版，pd.felgene.1.0.st，pd.felgene.1.st文件，pd.fingene.1.0.st，pd.fingene.1.st文件，pd.基因组5，pd.全基因组snp.6，pd.guigene.1.0.st，pd.guigene.1.st文件，pd.hc.g110号文件，pd.hg.焦点，pd.hg.u133.加.2，pd.hg.u133a型，钯汞铀133a.2，pd.hg.u133a.标签，pd.hg.u133b型，pd.hg.u219型，pd.hg.u95a型，pd.hg.u95av2型，pd.hg.u95b型，pd.hg.u95c型，pd.hg.u95d型，pd.hg.u95e型，pd.hg18.60mer.expr公司，pd.ht.hg.u133.plus.pm文件，pd.ht.hg.u133a型，pd.ht.mg.430a，第2.0版，邮编：6800，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hugene.1.0.st.v1，pd.hugene.1.st.v1，pd.hugene.2.0.st，pd.hugene.2.1.st版，pd.尺寸，pd.映射250k.nsp，pd.mapping250k.sty公司，pd.mapping50k.hind240，pd.映射50k.xba240，pd.margene.1.0.st版，pd.大号.1.1.st，pd.medgene.1.0.st，pd.medgene.1.st（零件编号：，pd.医学，pd.mg.u74a型，pd.mg.u74av2，pd.mg.u74b型，pd.mg.u74bv2，pd.mg.u74c，pd.mg.u74cv2型，局部mirna.1.0，pd.mirna.2.0版，局部mirna.3.0，pd.米尔纳4.0，pd.moe430a公司，pd.moe430b公司，pd.moex.1.0.st.v1，pd.mogene.1.0.st.v1，产品编号1.1.st.v1，pd.mogene.2.0.st（pd.mogen.2.0.st），pd.发电机.2.1.st，pd.鼠标430.2，pd.鼠标430a.2，pd.mta.1.0版，pd.mu11ksuba公司，pd.mu11变电站，页码：hs15a20180，pd.nugo.mm1a520177，pd.卵生.1.0.st，pd.卵生.1.1.st，pd.pae.g1a，pd.等离子.无窗口，pd.pollar公司，pd.猪，pd.porgene.1.0.st版，pd.porgene.1.1.st文件，pd.rabgene.1.0.st，pd.rabgene.1.st文件，pd.rae230a型，pd.rae230b型，pd.raex.1.0.st.v1，pd.ragen.1.0.st.v1，pd.代理1.1.st.v1，pd.代理.2.0.st，pd.代理2.1.st，局部额定值230.2，pd.rcngene.1.0.st，pd.rcngenee.1.1.st文件，pd.rg.u34a型，pd.rg.u34b型，pd.rg.u34c，pd.rhegene.1.0.st，pd.rhegene.1.st文件，pd.rhesus公司，pd.冰，pd.rjpgene.1.0.st版，pd.rjpgene.1.1.st文件，第34页，局部放射治疗1.0，pd.rusgene.1.0.st，pd.rusgene.1.st文件，pd.s.aureus公司，pd.大豆，pd.大豆.1.0.st，pd.soygene.1.1.st，甘蔗，pd.托马托，pd.u133.x3p型，葡萄球菌，pd.小麦，pd.x.laevis.2号，pd.x.热带，pd.xenobus.laevis公司，pd.酵母.2，pd.yg.s98型，pd.zebgene.1.0.st，pd.zebgene.1.st，pd.斑马鱼，哈勃ChIP，JASPAR2014年，NestLink公司，基因调控，排序，清洁B顺序，减震器，子可见性
导入我	过敏性失衡，AneuFinder（网络查找器），注释中心数据，大约8R，评估员，ATACseqQC公司，BBC分析仪，B等级，bc序列，跳动，biovizBase公司，分支指针，bsseq公司，BUMHMM公司，BUSpaRse公司，单元格条形码，ChIPpeakAnno公司，ChIPseqR公司，ChIPsim公司，彩色VAR，循环RNA分析器，圆形序列对齐Tk，清理上TSeq，cliProfiler（剪辑档案器），中国能源研究院，CNV过滤器，齿轮传动装置，compEpiTools公司，同意DE，科顿，crispr底座，crispr蝴蝶结，crispr设计，crisprScore公司，清爽闪亮，脆皮RVariants，crisprViz公司，自定义ProDB，数据2，dag徽标，DAME查找器，少女，去肿瘤2Sig，差异Hic，DNAshapeR公司，多米诺效应，双重麻烦，easyRNA序列，EDASeq公司，enhancer同源搜索，集成数据库，整体VEP，EpiTxDb公司，esATAC公司，优生，事件指针，事实R，快速清洁剂，火焰，GA4GH客户端，gcapc公司，全球气候变化评估，gDNAx公司，基因区域扫描，基因组学，基因组自同构，基因组比对，基因组分布，基因组特征，基因组得分，GenVisR系统，ggbio公司，ggmsa，吉拉菲，gmapR（gmapR），格莫维兹，GRaNIE公司，指南eq，Gviz公司，格瓦斯卡特，h5vc公司，热浪，HiLDA公司，HiTC公司，HTSeqGenie软件，冰茶，国际数据保护协会，内部专家，InterMineR公司，离子加速器，ipdDb接口，IsoformSwitch分析仪，KEGGREST公司，林蒂恩，淋巴顺序，m6增压，MADSEQ公司，MatrixRider公司，MDTS公司，MEDIPS公司，医学，模因，MesKit（网格工具包），亚eqR2，方法插补，有条不紊的，甲基管，甲基化酶，米娅，微生物群，微生物标记，微生物菌剂工艺，微小RNA，MMDiff2（最大差值2），移动RNA，蒙娜丽莎，Motif2站点，motifbreakR图案，图案计数器，图案匹配器，motif堆栈，MSA2分布，MSnID（MSnID），MSstatsLiP公司，MS统计PTM，多棱镜，MungeSumstats公司，音乐剧，突变模式，纳米MethViz，NanoStringNC工具，ngs报告，核素R，寡头类，OmaDB公司，openPrimeR（打开底漆），ORFik公司，OTU酶，packFinder（包查找器），pdInfoBuilder，Phylo配置文件，品学兼优，管道框架，植物人，足类动物，聚酯纤维，初级TSS，问题BAMr，原核细胞，ProteoDisco公司，PureCN公司，Pviz公司，qPLEX分析仪，qsea公司，夸脱PAC，QuasR公司，r3序列，雷尔，拉米瓦斯，区域协调机构，卢比，补偿，区域R，regutools公司，REMP公司，Repitools公司，RESOLVE（解决），射频放大器室，rGADEM公司，RiboCrypt公司，核糖体轮廓QC，RNAmodR（无线电导航修改器），rpr定时器，Rqc（质量控制），rtracklayer公司，沙克，扫描最小值，扫描MiRApp，剪刀，scmeth公司，范围，scoreInvHap评分，scPipe公司，毛茸茸的，seqArchR，seqArchRplus系列，SeqArray（序列阵列），seqPattern（序列模式），SGSeq公司，签字人，SigsPack系列，单一的，单分子足迹，西塔德拉，苏格兰民族党，soGGi公司，躯体特征，稀疏签名，尖刺状的，拼接向导，SPLINTER公司，固态断路器，结构变量注释，超高，表面活性剂，svaRetro公司，突触，同步扩展，同步静音，同义词，TAPseq公司，TFBS工具，过渡，tRNA，tRNAdb导入，tRNAscanImport（tRNAscan导入），电视广播公司，tx转换器，tximeta公司，乌拉尔西奇，UMI4猫，普世运动，变量注释，变型实验，变量筛选，变量工具，wavClusteR（波浪俱乐部），XNA字符串，YAPSA公司，欧洲路径数据库，FDb公司。无限甲基化.hg18，FDb公司。无限甲基化.hg19，pd.081229.hg18.发起人.medip.hx1，pd.2006.07.18.hg18.refseq.启动子，pd.2006.07.18.mm8.参考号启动子，pd.2006.10.31.rn34.refseq.罗马特，pd.charm.hg18示例，pd.feinberg.hg18.me.hx1，pd.feinberg.mm8.me.hx1，局部mirna.3.1，MetaScope（元作用域），微生物数据集，pd.atdschip.瓷砖，PhyloProfile数据，系统管道数据，seqpac公司，胡地，BASiNET网络，BASiNET熵，生物标记，复制分隔符，crispR设计，欧洲航天局，立方块，深水区，DNAmotif公司，嫁妆，EncDNA，总成税，EpiSemble公司，GaMa生物MD，GB5mcPred标准，genBaR代码，基因HapR，贮藏室，ICAMS公司，iimi公司，immuneSIM卡，基比奥，长readvqs，元簇，MitoHEAR公司，MixviR公司，ogrdbstats公司，OpEnHiMR公司，PACVr公司，预CRG，参考序列R，恢复，种子匹配R，seqmagick公司，simMP（模拟最大功率），SMITID结构，vhcub
建议我	雪花石膏.files，注释，注释锻造，批注中心，自治，班布，银行，生物遗传学，CSAR公司，环境影响评估报告，基因组文件，基因组范围，基因组二联体，GWA工具，Hi联系人，HPiP公司，黑手党，methrix公司，甲基脲，MiRaGE公司，丝裂原克隆2，nuCpos（数字位置），交互作用，RNAmodR（导航修正）。碱性系列，rpx公司，r周，rTRM公司，屏幕计数器，斯帕齐，飞溅，系统管道工具，树（treeio），脱扣器，十六矢量，苏格兰民族党。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型，SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型，SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP149.GRCh38型，SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP150.GRCh38型，SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh37型，SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh38型，XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型，XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型，BeadArray用例，阿霍·科拉西克·特里，桶，生物3d，日期期限，DDPNA公司，文件2meco，gkmSVM公司，核糖核酸酶R，maGUI（主图形用户界面），MARVEL公司，其他Metabar，澳门特别行政区，名称针，潘戈恩，聚合RAD，保护物，rDNA酶，顺序（seqtrie），西格玛（sigminer），西尼亚克，tidysq公司
链接到我	DECIPHER公司，烤羊肉串，MatrixRider公司，pwalling（pwallign），Rsamtools公司，短读，三联体，变量注释，变量筛选
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	生物串_2.72.1.tar.gz
Windows二进制	生物字符串_2.72.1.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	生物串_2.72.1.tgz
macOS二进制（arm64）	生物串_2.72.1.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Biostrings网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/生物串
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Biostrings网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/Biostrings网站/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源档案