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Wouter Vervust公司 ( 根特大学 ) , 丹尼尔·T·张 , 提图斯·范·埃尔普 和 盖泽尔 ( 根特大学 ) 组织 项目 摘要 考虑到所涉及的时间和长度尺度，用分子动力学模拟评估生物过程中的动力学仍然是一个计算和概念上的挑战。 对于生化化合物或药物分子的动力学传输，磷脂膜的渗透性是一个关键的动力学特性，但长时间尺度阻碍了准确的计算。 因此，高性能计算的技术进步需要伴随着理论和方法的发展。 在这一贡献中，副本交换过渡界面取样（RETIS）方法被证明可以为观察更长的渗透路径提供视角。 本文首先回顾了RETIS（一种路径采样方法，原则上给出了精确的动力学）如何用于计算膜渗透性。 接下来，讨论了RETIS在三个方面的最新发展：路径采样算法中的几个新的蒙特卡罗运动，通过减少路径长度减少内存，以及利用CPU平衡副本进行并行计算。 最后，内存减少呈现了一种新的副本交换实现，即REPPTIS，展示了一种需要通过具有两个渗透通道的膜的渗透剂，无论是代表熵屏障还是能量屏障。 REPPTIS结果清楚地表明，为了获得正确的渗透率估计值，需要包含一些记忆并通过副本交换移动增强遍历采样。 在另一个示例中，模拟了布洛芬通过二棕榈酰磷脂酰胆碱膜的渗透。 REPPTIS成功地估算了这种两亲性药物分子在渗透途径上的亚稳态渗透性。 总之，由于RETIS和REPPTIS将渗透性计算推进到更长的时间尺度，因此，所提出的方法学进展允许深入了解膜生物物理，即使路径缓慢。 关键词 渗透性膜 , 模拟 , 运输 , 药物
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Vervust，Wouter等人，《通过内存减少和副本交换实现长渗透时间尺度的路径采样》 生物物理杂志 第122卷，第14期，2023年，第2960–72页，doi:10.1016/j.bpj.2023.02.021。 亚太地区 -
Vervust，W.、Zhang，D.T.、Van Erp，T.S.和Ghysels，A.（2023年）。 使用内存减少和副本交换进行路径采样，以达到较长的渗透时间范围。 生物物理杂志 , 122 (14), 2960–2972. https://doi.org/10.1016/j.bpj.2023.02.021 芝加哥作者日期 -
Vervust、Wouter、Daniel T.Zhang、Titus S.Van Erp和An Ghysels。 2023.“具有内存减少和副本交换的路径采样，以达到长渗透时间表。” 生物物理杂志 122 (14): 2960–72. https://doi.org/10.1016/j.bpj.2023.02.021。 芝加哥作者日期（所有作者） -
Vervust、Wouter、Daniel T.Zhang、Titus S.Van Erp和An Ghysels。 2023.“通过内存减少和副本交换进行路径采样以达到长渗透时间尺度。” 生物物理杂志 122 (14): 2960–2972. doi:10.1016/j.bpj.2023.02.021。 温哥华 -
1 Vervust W，Zhang DT，Van Erp TS，Ghysels A.通过内存减少和副本交换进行路径采样，以达到长渗透时间尺度。 生物物理杂志。 2023; 122(14):2960–72. 电气与电子工程师协会 -
[1] W.Vervust、D.T.Zhang、T.S.Van Erp和A.Ghysels，“通过内存减少和副本交换实现路径采样，以达到长渗透时间尺度，” 生物物理杂志 第122卷，第14期，第2960–2972页，2023年。
@文章{01HD44AJ38MZ36JGREA6QYEDNS， 抽象={ {考虑到所涉及的时间和长度尺度，用分子动力学模拟评估生物过程中的动力学仍然是一个计算和概念上的挑战。对于生物化学化合物或药物分子的动力学传输，磷脂膜的渗透性是一个关键的动力学特性，但长时间尺度是 妨碍准确计算。 因此，高性能计算的技术进步需要伴随着理论和方法的发展。 在这一贡献中，副本交换过渡界面取样（RETIS）方法被证明可以为观察更长的渗透路径提供视角。 本文首先回顾了RETIS（一种路径采样方法，原则上给出了精确的动力学）如何用于计算膜渗透性。 接下来，讨论了RETIS在三个方面的最新发展：路径采样算法中的几个新的蒙特卡罗运动，通过减少路径长度减少内存，以及利用CPU平衡副本进行并行计算。 最后，内存减少呈现了一种新的副本交换实现，即REPPTIS，展示了一种需要通过具有两个渗透通道的膜的渗透剂，无论是代表熵屏障还是能量屏障。 REPPTIS结果清楚地表明，为了获得正确的渗透率估计值，需要包含一些记忆并通过副本交换移动增强遍历采样。 在另一个示例中，模拟了布洛芬通过二棕榈酰磷脂酰胆碱膜的渗透。 REPPTIS成功地估算了这种两亲性药物分子在渗透途径上的亚稳态渗透性。 综上所述，由于RETIS和REPPTIS将渗透性计算推进到更长的时间尺度，因此，所提出的方法学进展允许深入了解膜生物物理，即使路径缓慢， author={{Vervust、Wouter和Zhang、Daniel T.和Van Erp、Titus S.和Ghysels、An}}， issn={{0006-3495}}， 期刊={{生物物理杂志}}， 关键词={{膜渗透性，模拟，运输，药物}}， 语言={{eng}}， 数字={{14}}， 页数={{2960--2972}}， title={{通过内存减少和副本交换进行路径采样以达到长渗透时间}}， url={http://doi.org/10.1016/j.bpj.2023.021}}， 体积＝{{122}}， 年份={2023}}， }
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