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一种灵活的零膨胀泊松-伽马模型及其在微生物组读数计数中的应用

@在过程中{Jiang2022AFZ，title={一个灵活的零膨胀泊松-伽马模型，应用于微生物群读取计数}，author={姜柔兰、詹翔和王天英}，年份={2022}，网址={https://api.semanticscholar.org/CorpusID:250627080}}
零流入泊松-伽马（ZIPG）框架通过将泊松回归中的平均参数分解为真实丰度水平和微生物生态系统采样变异性的乘法测量来应对上述挑战。
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45参考文献

用贝塔二元回归模拟微生物丰度和发育不良。

本文提出了一个β-二项式模型，该模型允许一个分类单元的相对丰度与感兴趣的协变量相关联，并利用该模型不仅对差异相对丰度进行了测试，而且对差异变异性进行了测试。

引导程序简介

    数学
  • 2007
15经验贝叶斯方法，第二版J.S.Maritz和T.Lwin（1989），对称多元及相关分布，K.-T.Fang，S.Kotz和K.Ng（1989）广义线性模型，第2版P。…

提取微生物组分的零膨胀Logistic正态多项式模型

介绍了一种零膨胀概率主成分分析（ZIPPCA）模型，该模型解释了微生物组分数据的组成性质，并提出了一种经验贝叶斯方法来估计微生物组分，以实现最大似然估计。

非洲水牛的饮食和肠道微生物群肠型与种群水平相关

这项研究揭示了饮食驱动的肠型可塑性，阐明了维持微生物多样性的生态过程，并确定了饮食、肠型和疾病之间的潜在联系。

NBZIMM：负二项和零膨胀混合模型，用于微生物组/宏基因组数据分析

NBZIMM是一个免费提供的R包，提供了建立和拟合负二项混合模型、零膨胀负二项混合物模型和零膨胀高斯混合物模型的功能。

数千人的健康和疾病标志物与肠道微生物组组成相关

通过揭示宿主饮食和生活方式因素、临床血液标志物和人群肠道微生物组之间的相互关系，该结果为今后研究宿主与微生物相互作用和干预提供了路线图。

基于稀疏扩展的LDM用于检测微生物组中存在-缺失关联

扩展的LDM是一种非随机方法，它将LDM重复应用于所有稀薄分类群计数表，将剩余平方和项与稀薄复制项平均，然后基于这些平均RSS项形成F统计量。

宏基因组数据中细菌组成矩阵的多样本估计

本文采用多样本方法估计细菌丰度，以便跨样本和跨物种借用信息，并证明了所提出的估计优于朴素估计。

用于纵向宏基因组数据分析的快速零膨胀负二项混合建模方法

一种快速零膨胀负二项混合建模（FZINBMM）方法，用于分析在计算效率上显著优于两个使用数值积分拟合ZINBMMs的R包的高维纵向宏基因组计数数据。

零膨胀泊松因子模型及其在微生物群读取计数中的应用

提出的零膨胀泊松因子分析模型为龈下微生物群与牙周病之间的关系提供了有价值的见解，并开发了一种有效且稳健的参数估计期望最大化算法。