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代谢图、LIFE方法与结核分枝杆菌药物作用模型

@文章{McQuade2020MetabolicGL，title={代谢图、LIFE方法和药物对结核分枝杆菌作用的模型}，作者={肖恩·麦克奎德（Sean T.McQuade）和纳撒尼尔·J·梅里尔（Nathaniel J.Merrill）以及贝内德托·皮科利（Benedetto Piccoli）}，期刊＝{arXiv:分子网络}，年份={2020年}，url={https://api.semanticscholar.org/CorpusID:214693253}}
考虑到代谢图平衡点存在和唯一性所需的网络结构，讨论了结果，并显示了药物对{结核分枝杆菌}（简称MTB）作用的模拟。
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一篇引文

测试药物作用机制和联合治疗的管道：从微阵列数据到通过线性-In-Flux-Expressions的模拟：测试用于结核病治疗的四种药物组合。

38参考文献

增强子和抑制剂对代谢网络的平衡和控制

本研究考虑了代谢网络的两个控制问题：优化外部环境的摄入量以使系统达到理想状态，以及加入抑制剂和增强剂及其优化。

利用定量系统药理学发现新药

这篇综述讨论了现有的计算和实验QSP方法，如结合系统生物学信息的多臂医学技术，并考虑在更广泛的“系统级”背景下使用新工具和新思想，以设计出疗效更好、不必要的离靶效应更少的新药。

结核分枝杆菌调控网络与缺氧

采取了基于ChIP-Seq的结核分枝杆菌调控网络完整重建的第一步，并结合了缺氧和复氧期间信使RNA、蛋白质、代谢物和脂质的系统范围分析。

通过线性通量表达的代谢网络稳定性

证明了LIFE系统中存在稳定动力学所必需的图结构，并说明了从网络流、分区系统、控制理论和马尔可夫链等领域进行的稳定性分析如何应用于LIFE系统。

线性In-Flux-Expressions方法：为定量系统药理学模拟器建立稳健的数学框架

开发了线性-In-Flux-Expressions（LIFE）方法，利用基线参数之间的关系来模拟患者药代动力学和药效学的可变性，以创建虚拟人群。

生物系统通量平衡分析：应用和挑战

回顾了FBA作为获取生物学见解的工具的有用性，讨论了整合监管信息和热力学约束的方法学进展，并解决了未来的挑战。

结核分枝杆菌全球基因调控的高分辨率网络模型

一种理性的、模型驱动的方法，用于挖掘新型结核分枝杆菌生物学，该生物学在感染的某些阶段（但不是所有阶段）运行，包括23个对宿主-猪相互作用至关重要的基因。

结核分枝杆菌生长停滞期间的碳通量重新路由

制定了一个描述碳通量重路由的模型，该模型对结核分枝杆菌的代谢适应免疫诱导的应激提供了一致的解释，并确定了分枝杆菌休眠和其他生物体应激反应的共同特征。

通量平衡分析在系统生物学中的应用

研究细胞内反应通量使我们能够了解网络结构和功能，并具有广泛的应用，从代谢工程到药物研发。

结核分枝杆菌高阶药物相互作用的有效测量和因子分解

本研究开发了一种有效的实验取样和评分方法【n向药物相互作用的对角线测量（DiaMOND）】，以测量任意数量药物组合的药物相互作用，并建立了一个几何框架，将高阶药物相互作用分解为低阶组分，从而建立了如何使用低阶测量来预测高阶相互作用的路线图。