计算1级和2级的系统发育网络

@文章{Bouvel2019CountingPN,title={计算1级和2级的系统发育网络},author={Mathilde Bouvel、Philippe Gambette和Marefatollah Mansouri},journal={数学生物学杂志},年份={2019},体积={81},页码={1357-1395},网址={https://api.semanticscholar.org/CorpusID:202718939}}
本文给出了具有给定叶数的有根和无根的一级和二级系统发育网络的计数公式(精确和渐近),并证明了这些网络的一些参数的分布是非对称正态分布的。

利用系统发育不变量区分二级系统发育网络

本文使用代数方法,即使用离散傅里叶变换,研究与二级网络相关的系统发育网络模型的可区分性,该方法推广了早期关于一级网络可区分性的工作。

计算一般系统发育网络

这项工作通过使用分析组合方法计算两个亚类(树孩网络和正常网络)中具有少量网状顶点的网络,为一般系统发育网络的数量提供了精确的渐近估计。

一类词的组合特征及其与系统发育树-儿童网络一般子类的推测联系

本文通过解决词的计数问题来解决树子网络的精确计数问题,并推测了与某类词的基数的关系,从而得出了一般情况下的几个简单的递推公式。

k级系统发育网络的分支过程方法

结果表明,通过n−1/2和大型随机水平k网络的Benjamini–Schramm收敛到新的随机无限网络,大型网络中顶点的深度过程收敛到布朗漂移。

系统发育网络及其多胞体的Galois连接

本文描述了使用PC-树和网络的方法之间的转换,网络权重的一种新方法,以及系统发育多面体面部的更完整特征。

通过叶插入和最近邻交换生成正规网络

证明了在n个分类群上具有k个网状节点的所有树-子网络都可以通过三种操作从所有树-孩子网络中唯一生成,这是将系统发育树的枚举过程推广为正常网络的枚举过程。

考虑分支长度的系统发育网络异质性度量

本文提出了两种同时考虑拓扑和分支长度的系统发育网络差异性度量,并说明了如何使用这些度量对通过推理方法获得的一组系统发育网络进行聚类。

随机系统发育树中樱桃和干草叉的渐近联合分布

结果表明,当使用底层树中的叶子数进行适当缩放时,这两个统计的极限行为与树生成过程中使用的初始树无关。

k级系统发育网络的结构

研究了k级网络的结构以及如何将其分解为k级生成器,并提出了一种多项式时间算法,该算法以k级生成器集为输入,建立了k级(k+1)生成器集。

四重奏与无根系统发育网络

本文介绍了k级网络的无根模拟,这是一种特殊的抽象网络,用于可视化可能对应于这种交换的系统发育树之间的冲突,并给出了循环分裂系统和无根1级网络之间的等价定理。

具有少量网状顶点的系统发育网络的计数:树孩网络和正常网络

本文提出了一种基于生成函数的方法来计算两个在应用中很重要的子类:树子网络和正规网络中具有较少网状顶点的网络,并可用于完全解决这些网络类的渐近计数问题。

分支长度有助于在系统发生网络中定位树吗?

研究了明确说明分支长度的树包含问题的多个版本,表明尽管长度信息有可能更精确地定位网络中的树,但该问题在最一般的形式下计算起来很困难。

单循环网络:兼容性和枚举

这项工作描述了当一组二元系统发育树由单循环网络根据树重排操作显示时,这导致了一个三向兼容性定理和一个简单、快速的算法来确定单循环兼容性。

一级网络的四元网推理规则

四叶网络(称为quarnets)被认为是系统发育树的一种泛化,研究表明,当一个具有叶集X的一级网络可以同时显示一组quarnets时,这些规则可以用来表征。

从三联体构建二级系统发育网络

研究表明,在假设密度的情况下,即使输入三元组的进化历史非常非树型,也可以很容易地从中构造出可信的进化历史,这进一步加强了在构建系统发育网络中使用基于三元组方法的理由。

利用尾部运动探索有根系统发育网络空间的层次

这项工作表明,任何两个具有相同复杂性的根系统发育网络都由rSPR或rNNI移动序列连接,并给出了将一个网络转换为另一个网络所需的(距离-1)尾部移动数量的界限。

基于邻接原理的显式杂交网络推理新算法

一种新的高效启发式算法,用于从物种之间的进化距离矩阵推断杂交网络,使用著名的邻居连接概念和构建网络的最小二乘准则。