计算一般系统发育网络
这项工作通过使用分析组合方法计算两个亚类(树孩网络和正常网络)中具有少量网状顶点的网络,为一般系统发育网络的数量提供了精确的渐近估计。 k级系统发育网络的分支过程方法
结果表明,通过n−1/2和大型随机水平k网络的Benjamini–Schramm收敛到新的随机无限网络,大型网络中顶点的深度过程收敛到布朗漂移。 通过叶插入和最近邻交换生成正规网络
证明了在n个分类群上具有k个网状节点的所有树-子网络都可以通过三种操作从所有树-孩子网络中唯一生成,这是将系统发育树的枚举过程推广为正常网络的枚举过程。 k级系统发育网络的结构
研究了k级网络的结构以及如何将其分解为k级生成器,并提出了一种多项式时间算法,该算法以k级生成器集为输入,建立了k级(k+1)生成器集。 四重奏与无根系统发育网络
本文介绍了k级网络的无根模拟,这是一种特殊的抽象网络,用于可视化可能对应于这种交换的系统发育树之间的冲突,并给出了循环分裂系统和无根1级网络之间的等价定理。 单循环网络:兼容性和枚举
这项工作描述了当一组二元系统发育树由单循环网络根据树重排操作显示时,这导致了一个三向兼容性定理和一个简单、快速的算法来确定单循环兼容性。 一级网络的四元网推理规则
四叶网络(称为quarnets)被认为是系统发育树的一种泛化,研究表明,当一个具有叶集X的一级网络可以同时显示一组quarnets时,这些规则可以用来表征。 从三联体构建二级系统发育网络
研究表明,在假设密度的情况下,即使输入三元组的进化历史非常非树型,也可以很容易地从中构造出可信的进化历史,这进一步加强了在构建系统发育网络中使用基于三元组方法的理由。