{“状态”：“确定”，“消息类型”：“工作”，“信息版本”：“1.0.0”，“邮件”：{“索引”：{-“日期-部件”：[[2024,8,4]]，“日期-时间”：“2024-08-04T19:16:34Z”，“时间戳”：1722798994722}，“参考-计数”：16，“出版商”：“F1000 Research Ltd”，“许可证”：[{“开始”：{-date-parts”：[[2014,7,1]]，“时间”：”2014-07-01T00:00:00 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Cytoscape应用程序“]，”前缀“：”10.12688“，”卷“：”3“，”作者“：[{”ORCID“：”http://\/ORCID.org\/00000-0001-8196-1177“，”authenticated-ORCID“：false，”给定“：”Guanming“，”family“：”Wu“，”sequence“：”first“，”affiliation“：[]}，{”OCID“：”http://www.ORCID.org\/000-0001-5448-1653“，”authenticated-orcid“：false，”given“：”Eric“，”family“：”Dawson“，”sequence“：”additional“，”affiliation“：[]}，”giving“：”Adrian“，”家庭“：”Duong“，”序列“：”附加“，”从属“：[]}，“given”：“Robin”，“family”：“Haw”，“sequence”：}]，“成员”：“2560”，“published-online“：{”date-parts“：[[2014,7,1]]}，”reference“：[{”key“：”ref-1“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：“56-68”，”doi“：”10.1038\/nrg2918“，”article-title“：”Network-based approach to human diseas.“，“volume”：“12”，“author”：“a Barab\u00e1si”，“year”：“2011”，“journal-title”：“Nat Rev Genet.”}，{“键”：“参考-2”，“doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：”986-998“，”doi“：”10.1016\/j.cell.2011.02.016“，”article-title“：”Interactome networks and human disease。“，”卷“：”144“，”作者“：”M 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page”：“i237-45”，“doi”：“10.1093\/生物信息学\/btq182”，“article-title”：“使用PARADIGM从多维癌症基因组数据推断患者特异性通路活动”，“volume”：”26“，”author“：”C Vaske“，”year“：”2010“，”journal-title“：”生物信息学“}”，{“key”：doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：”609-15“，”doi“：”10.1038\/nature10166“，”article-title“：”卵巢癌的综合基因组分析。“，”卷“：”474“，”年份“：”2011“，”新闻标题“：”自然。“}，{”key“：”ref-10“，”article-title“：”生存分析：一本自学指南。纽约：斯普林格“，”author“：”D Kleinbaum“，”year“：”2005“}、{”key“：“ref-11”，”first page“：：“参考-12”，“doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：”395-9“，”doi“：”10.1038\/nature10933“，”article-title“：”原发性三阴性乳腺癌的克隆和突变进化谱。“，”卷“：”486“，”作者“：”沙阿“，”年份“：”2012“，”新闻标题“：”自然“。“}，{”key“：”ref-13“，”doi-asserted-by“：”publisher“，“first page”：“347-58”，“doi”：“10.1016\/j.ccr.2011.01.040”，“article-title”：“通过肿瘤组学筛查确定针对肝癌中扩增的FGF19的治疗策略。”，“volume”：”19“，”author“：”E Sawey“，”year“2011”，“journal-title“：”cancer Cell.“}”，{“key”：：“ref-14”，“doi-assert-by”：“publisher“，“首页”：“2650”，“DOI”：“10.1038\/srep02650”，“文章标题”：“跨12种肿瘤类型的突变癌症驱动基因的综合鉴定。“，”volume“：”3“，”author“：”D Tamborero“，”year“：”2013“，”journal-title“：”Sci Rep.ome FI Cytoscape插件。“，”作者：“G Wu”，“年份”：“2014年”，“新闻标题”：“ZENODO”。“}]，”updated-by“：[{”updated“：{”date-parts“：[[2014,9,12]]，”date-time“：”2014-09-12T00:00:00Z“，”timestamp“：1410480000000}，”DOI“：”10.12688\/f1000research.4431.2“，”type“：”new_version“，”label“：”new version“}]“container-title”：[”f1000research“]，”original-title“：[]，”language“：”en“，”link“：[}”URL“：”https:\/\/f1000research.com/articles \/3-146\/v1\/xml“，”content-type“：”application\/xml“，”content-version“：”vor“，”intended-application“：”text-mining“}，{“URL”：“https:\/\/f1000research.com/articles\/3-146\/v1\/pdf”，“content-type:”application \/pdf“，”content-version”：“vor”，“intended-application”：“text-mining}，”{“URL:”https:\//\f1000research.com/articles \/3-146 \/v1 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Hutchinson癌症研究中心，西雅图，美国，2014年7月23日，版本1，1已批准，1已保留批准”，“URL”：“https:\/\/f1000research.com\/articles\/3-146\/v1#refere-response-5320”，“order”：0，“name”：“refere-reponse-520”，“label”：“裁判报告”，“group”：{“name”：“article-reports”，“label”：“article reports”}}，{“value”：吴冠明<\/b>；\n个发布日期：2014年9月6日；非常感谢您的评论。我们已根据您的意见进行了更改。请参阅以下详细信息：\n我对这篇文章唯一的保留意见是，它的简短使它显得粗略。例如，如何计算途径富集统计数据？这里提供的HotNet的实现与最初的有什么不同吗<\/i> 我们现在已经在\u201cPathway分析特性\u201d部分中说明了一个二项式测试用于路径丰富分析，并引用了它的参考文献（参考文献8）。我们还添加了一句话，指出我们的HotNet实现是通过将原始Python和MatLab代码移植到Java和R来完成的，因此原始算法是不变的。\n我特别感兴趣的是，据报道，所给出的示例用例与2009版ReactomeFI网络配合良好，但显然，发现的模块无法与较新版本的FI一起找到，因为底层交互已“扩散到较新版本FI网络中的几个模块中”。为什么会发生这种情况，用户如何防范<\/i> 由于最新版本的FI网络中添加了新交互，这些新交互可能会改变网络聚类结果。然而，从生存分析中，我们仍然发现一些网络模块与原始模块有显著重叠，并且具有显著的p值，尽管高于原始模块。正如另一位评审员建议的那样，我们添加了一份补充文件来描述2013年版FI网络的结果。正如手稿中所述，我们建议用户使用最新版本的FI网络，并与之前版本FI网络进行核对，以调查发现的网络模块的稳定性。\n我也无法探索/重现本文中的示例，因为（与其“.txt”扩展名相反）提供的MAF文件似乎不是纯文本，并且所需的生存数据文件未包含在提供的zip文件中。带有说明的“README”文件在这里可能很有用<\/i> 我们为这个问题道歉。结果，zip文件不知怎么被折叠了。我们已经修复了这个问题，并按照建议添加了一个简单的自述文件。\n该资源的多个名称——“ReactomeFIViz（也称为Reactome FI Cytoscape应用程序或ReactomeFIPlugIn）”——有点令人困惑，似乎没有必要<\/i> 由于该软件的开发历史，同一个应用程序被称为不同的名称。例如，在Cytoscape 3之前，所有的Cytospace扩展名都被称为\u201cplug-ins\u201d，但术语现在已经更改为\u201 capp\u201d。我们一直在使用ReactomeFIViz，并且只引用一次软件早期版本的名称，从而尽量减少混淆。“，”URL“：”https:\\/f1000research.com/articles\/3-146\/v1#refere-comment-962“，”order“：1，”name“：”refere-com“，”label“：”referee-comment“，”group“：{”name“:”article-reports“，”标签“：”article reports“}，{”value“：”10.5256\/f1000resourch.4742.r5319，Nikolaus Schultz，B。Arman Aksoy，美国纽约州纽约市斯隆-凯特琳纪念癌症中心计算生物学中心，2014年8月11日，第1版，第1批准，第1批保留批准”，“URL”：“https:\\/f1000research.com/articles\/3-146\/v1#refere-response-5319”，“order”：2，“name”：“refere-repose-5319“，”label“：”referee Report“，”group“：{”name“：”article-reports“，”标签“：”文章报告“}}，{“value”：“吴冠明<\/b>；\n个发布日期：2014年9月6日；非常感谢你对我们文章的评论。我们已经根据你深思熟虑的建议进行了修改。请参阅以下详细信息：\n在摘要中，作者说\u201c。。。Reactome和其他通路数据库中的通路。。。\u201c年。然而，这篇论文给人的印象是，该应用程序高度依赖Reactome基础设施，不允许与其他数据库通信。我们建议作者从摘要中删除\u201c和其他通路数据库\u201d，或在摘要中更好地阐明这一点<\/i> 尽管该应用程序使用了在Reactome上运行的软件基础设施，但它用于网络和路径富集分析的精心策划的路径来自Reactiome和其他路径数据库。我们在摘要中对此进行了澄清。\n个同一小组的早期论文（Wu，Feng和Stein，2010）提供了有关应用程序启用的分析类型和统计测试的详细信息，但本文没有提供。对于有兴趣了解这些细节的读者，我们建议作者在手稿中加上一句话，并参考他们早期的作品了解细节。如果这些测试的功能和实现从那时起发生了变化，我们建议作者在论文中明确列出这些新的改进项目，以便进一步澄清<\/i> 我们在介绍\u201cNetwork analysis features\u201d的段落中添加了对原始FI网络论文的参考。此外，我们还添加了4.0.0.beta版本的发布日期，以表明路径分析功能是我们以前的工作没有涵盖的新功能作为一个示例用例，作者提供了重新分析数据集的详细信息，并提到这两个分析的结果因Reactome FI网络的变化而不同。当然，Curated数据库会随着时间的推移而发生变化；但从文本中尚不清楚是更改后的网络导致了问题，还是新版本的扩展。我们建议作者将这两次运行的结果作为论文的补充，供用户进行比较和对比<\/i> 我们修改了最后一段中使用不同版本的FI网络描述不同结果的句子，以明确使用了相同的软件，但FI网络的版本不同。我们还删除了实现部分中的这句话，\u201c每个版本都由服务器端自己的web应用程序处理，以便于软件维护。\u201d，以避免技术细节混淆读者。按照建议，添加了一份补充文件，以描述2013年版金融机构网络的结果实施部分的最后一句话说，分析是在R中进行的，但作者能否澄清此应用程序的要求？例如，用户需要安装R才能使用此应用程序吗？与此相关，作者并没有谈到应用程序针对的Cytoscape版本。Cytoscape 2插件已弃用吗？作者建议用户在Cytoscape 3中作为应用程序安装更新版本吗<\/i> 我们已经澄清了该部分，使要求更加明确，并添加了一个新的段落，以解决应用程序与Cytoscape 2和3的关系图1提供了ReactomeFIViz应用程序的实现和架构的详细信息，但我们认为手稿需要一个简单的用户流程图，该图显示了从何处获得不同类型的数据、应用程序的功能以及用户获得的输出。本文中提到的基于突变的模块发现和差异生存分析示例是很好的用例，但从文本中不清楚除了这些示例之外，应用程序还支持什么<\/i> 我们在结果部分的顶部添加了一个新段落，以突出显示应用程序中的一些主要功能，并创建了一个新图，以显示建议的这些主要功能。\n最后，我们建议作者提供一个补充的分步指南，以复制他们在论文中描述的结果。对于新用户来说，这可能为开始使用该软件提供了良好的基础，对于许多研究人员来说，将此类文章作为本文的补充文件提供可能会更方便<\/i> 应用程序\u2019的网络教程已经提供了非常详细的、循序渐进的说明，以复制结果。我们在数据可用性部分添加了一个新的句子来指出这一点，zip文件中包含的用于下载的README文件现在指向了有兴趣将分析复制到在线教程的读者。“，”URL“：”https:\/\/f1000research.com/articles\/3-146\/v1#refere-comment-961“，”order“：3，”name“：”refere-com“，”label“：”referee comment“，”group“：{”name“:”article-reports“，”table“：”article reports“}}，”value“：”该项目由国家卫生研究院授予LS（2U41HG003751-05）和Genome Canada授予LS（OGI 5458）支持。资助者在研究设计、数据收集和分析、决定出版或编写手稿方面没有任何作用。“，”order“：4，”name“：”grant-information“，”label“：”grant information“}，{”value“：”这是一篇根据知识共享署名许可证条款分发的开放存取文章，该许可证允许在任何媒体上不受限制地使用、分发和复制原始作品，前提是正确引用了原始作品。与文章相关的数据可根据知识共享零“无保留权利”数据弃权（CC0 1.0公共领域专用）条款获得。“，”order“：0，”name“：”copyright-info“，”label“：”copyright“}]}}