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Piccirillo，实验室GTP，高性能计算和网络研究所，国家研究委员会，意大利那不勒斯，2018年5月10日，版本1，1批准，1保留批准”，“URL”：“https://f1000research.com\/articles\/7-531\/v1#refere-response-33745”，“订单”：0，“名称”：“refere-response-33745”label“：”裁判报告“，group“：｛”name“：”文章报告“，label”：”文章报告“｝｝｝，｛”value“：”吴冠明<\/b>；\n个发布日期：2018年5月20日；尊敬的Piccirillo博士，非常感谢您审阅我们的论文和您的评论。我们对您的一些评论进行了修改。请参阅以下详细信息：1）。在引言部分（第2页）：句子\u201c。这些方法将从预先分析中收集的重要基因、蛋白质、代谢物和其他种类的生物实体投射到路径和网络上，这些知识是由许多年\u2019年的实验研究产生的。\u201d不太容易理解，我认为应该改写一下。\n个我们已经改写了这句话，希望现在意思清楚了<\/i> <\/b>2）。方法部分（第2页）有明确的解释，并提供了足够的详细信息，以允许复制方法开发及其他人的使用。\n个谢谢！<\/i><\/b>3）。我认为Operation（第2页）一节是不必要的，作者可以将其作为Methods的子节添加，因为他们在这里解释了开发的CyREST API中可用的方法。\n个这一部分是由期刊编辑提供的文章模板建议的。<\/i><\/b>4）。在分析结果小节（第3页）中：我认为可以添加一个图形（例如维恩图）来更好地解释所获得的结果。\n个谢谢你的建议。然而，我们发现很难在维恩图中显示这种类型的重叠结果。我们希望我们的文字描述是清楚的<\/i> <\/b>5）。在同一小节（分析结果：第3页）中，应提供有关结果的更多详细信息。（例如：-在BRCA模块13和17中有重叠的基因吗？如果有，它们的名称是什么我们在分析结果部分的第二段中添加了另一句话来解决您的问题<\/i> 富集的信号通路以何种方式参与BRCA和OV癌？）\n个这是一个很好的问题。然而，这篇简短的软件文章旨在展示如何使用新的ReactomeFIViz CyREST API。我们避免讨论分析结果的生物学含义。然而，导出的路径图可能会回答这样的问题，这将在我们未来的项目中解决<\/i> <\/b>6）。为了进一步证实这些主张，手稿中必须提供更多支持文献的参考。\n谢谢你的评论。除了列出的参考文献外，我们还在正文中使用超链接链接到外部资源。我们觉得我们已经为这篇在线短软件文章引用了足够的支持参考<\/i> 最诚挚的祝福，吴冠明博士“，”URL“：”https:\/\/f1000research.com/articles \/7-531\/v1#refere-comment-3657“，”order“：1，”name“：”refere-cOMent-3657”，”label“：”裁判员评论“，”group“：{”name“:”article-reports“，”lable“：”article reports“}}，{”value“：”10.5256\/f1000research.16077.r33666，John H。Morris，生物计算、可视化和信息学资源，美国加利福尼亚州旧金山加利福尼亚大学药物化学系，2018年5月11日，版本1，1已批准，1已保留批准”，“URL”：“https:\/\/f1000research.com/articles\/7-531\/v1#refere-response-33666”，“order”：2，“name”：“refere-response-33666“，”label“：”裁判员报告“，”group“：{”name“：”article-reports“，”标签“：”article reports“}}，{”value“：”吴冠明<\/b>；\n个发布日期：2018年5月20日；亲爱的莫里斯博士，非常感谢您审阅我们的论文和您的评论。在本文的第2版中，我们添加了一个新表，列出了用例工作流中执行的操作的详细信息（表2），并在正文中添加了新单词（工作流部分的第二段），以帮助读者了解如何在不使用Jupyter笔记本的情况下重现工作流。我们希望我们的修订已经解决了您的担忧。最诚挚的问候，Guanming Wu，Ph.D.”，“URL”：“https:\/\/f1000research.com\/articles\/7-531\/v1#refere-comment-3656”，“订单”：3，“名称”：“refere-comment-3656”，“标签”：“Refere-comment”，“组”：｛“名称”：“文章报告”，“标签”：“文章报告”｝｝，｛“价值”：“本项目由美国国立卫生研究院资助（5U41HG003751）资助者在研究设计、数据收集和分析、决定出版或编写手稿方面没有任何作用。“，”order“：4，”name“：”grant-information“，”label“：”grant information“}，”{“value”：“这是一篇根据知识共享署名许可证条款分发的开放存取文章，它允许在任何媒体上无限制地使用、分发和复制，前提是正确引用了原始作品。”，“order”：0，“name”：“copyright-info”，“label”：“版权所有“}]}}