｛“状态”：“好”，“消息类型”：“工作”，“消息版本”：“1.0.0”，“消息”：｛“索引”：｛“日期部分”：[[2024,8,3]]，“日期时间”：“2024-08-03T21:01:46Z”，“时间戳”：1722718906653｝，“引用计数”：24，“发布者”：“F1000 Research Ltd”，“许可证”：[｛“开始”：｛“日期部分”：[[2018,4,10]，“日期时间”：“2018-04-10T00:00:00Z”，“时间戳”：1523318400000｝，“内容版本”：“未指定”，“延迟天数”：0，“URL”：“http:\/\/ccreativecommons.org/licenses\/by\/4.0\/”}]，“资助者”：[｛“DOI”：“10.13039\/50110000474”，“名称”：“Innoviris”，“DOI断言者”：“发布者”，“奖项”：[“T100914F”]，“id”：[｛“id”：“10.13039\/50110000474”，“id type”：“DOI”，“断言者”：“发布者”}]｝，｛“DOI”：“10.13039/501100002661”，“名称”：“Fonds De La Recherche Scientifique-FNRS”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“award”：[“T100914F”]，“id”：[{“id”:“10.13039\/501100002661”，“id type”：“doi”，“asserted by”：“publisher”}]}，{“doi“：”10.13039\/501100001807“，”name“Funda\u00e7\u00e3o De Amparo\u00e_0 Pesquisa do Estado De S\u00e 3o Paulo”，“doi-asserted-by”：“出版商”，“奖项”：[“2016\/01389-7”，“2015\/07925-5”，“2014\/02245-3”]，“id”：[{“id”:“10.13039\/501100001807”，“id type”：“DOI”，“asserted-by”：“publisher”}]}，{“DOI“：”10.13039\/1000000054“，”name“：”国家癌症研究所“，”DOI-asserted-by“：”publisher“，”award“：[”1U01CA184826“，”1U24CA210969“]，”id“：[{“id”：“10.13039”100000054“，”id-type“：”DOI“，”asserted-by“：”publisher“}]}，{“name”：“亨利福特医院”}]，“内容域”：{“域”：[“f1000research.com”]，“交叉标记限制”：false}，“短容器-时间”：[”F1000Res“]，“摘要”：“GDC（基因组数据共享）数据门户为用户提供癌症基因组学研究的数据。最近，我们开发了R\/生物导体TCGAbiolinks软件包，允许用户搜索、下载和准备用于综合数据分析的癌症基因组数据。该软件包的使用要求用户具有R的高级知识，从而限制了用户数量。为了克服这个障碍并提高更广泛用户对软件包的可访问性，我们使用通过软件包提供的Shiny开发了一个图形用户界面（GUI）TCG生物链接GUI<\/ns4:italic>TCGAbiolinksGUI软件包在Bioconductor项目中免费提供，网址为http://\/Bioconductor.org\/packages\/TCGAbiolinksGUI\/。GitHub存储库、该工具的演示版本、docker图像和PDF\/视频教程的链接可从TCGAbiolinksGUI站点<\/ns4:p>“，”DOI“：”10.12688\/f1000research.14197.1“，”type“：”journal-article“，”created“：{”date-parts“：[[2018,4,10]]，”date-time“：”2018-04-10T15:47:06Z“，”timestamp“：1523375226000}，”page“：referenced-by-count“：14，”title“：[”TCGAbiolinksGUI：分析癌症分子和临床数据的图形用户界面“]，”前缀“：”10.12688“，”卷“：”7“，”作者“：[{”给定“：”Tiago Chedraoui“，”家族“：”Silva“，”序列“：”first“，”affiliation“：[]}，{”given“：”Antonio“，”family“：”Colaprico“additional“，”affiliation“：[]}，{“given”：“Tathiane M”，“family”：“Malta”，“sequence”：“additional”，“affiliance”：[]{“给定”：“Gianluca”，“家庭”：“Bontempi”，“序列”：“附加”，“从属”：[]}，}“给定的”：“Michele”，“家族”：“Ceccarelli”，“顺序”：“额外的”，“隶属”：[]}“sequence”：“附加”，“affiliation“：[]}，{”ORCID“：”http://\/ORCID.org\/00000-0003-4051-8114“，”authenticated-ORCID“：false，”given“：“Houtan”，”family“：”Noushmehr“，”sequence“：”additional“，”affiliance“：[]}]，”member“：”2560“，”published-online“：第一页“：”R80“，”doi“：”10.1186\/gb-2004-5-10-r80“，“article-title”：“生物导体：计算生物学和生物信息学的开放软件开发。“，”卷“：”5“，”作者“：”R绅士“，”年份“：”2004“，”新闻标题“：”基因组生物学“。“}，{”key“：”ref-2“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：“e71”，”doi“：”10.1093\/nar\/gkv1507“，”article-title“：”TCGAbiolinks:一个用于TCGA数据综合分析的r//生物导体包。“，”volume“：“：”shinny:R的Web应用程序框架，“author”：“W Chang”，“year”：“2016”}，{“key”：“ref-4”，“article-title”：“shinyjs:轻松在几秒钟内改善您的闪亮应用程序的用户体验”，“author”：“D Attali”，“年”：“2017”}、{“密钥”：“ref-5”，“article-title”：“闪亮仪表板：使用\u2019Shiny\u2019创建仪表板”，“author”:“W Chang'，“year:”2017“}”，{：“ref-6“，”article-title“：”shinyFiles:A Server-Side File System Viewer for Shiny“，”author“：”P Lin“，”year“：”2016“}，{“key”：“ref-7”，“doi-asserted-by”：“publisher”，”first page“：”105“，”doi“：”10.1186\/s13059-015-0668-3“，”article-title“：”从癌甲基体推断调控元件景观和转录因子网络。“，”volume“：“16”，“作者：“L Yao”，“年份”：“2015年”，“新闻标题”：“基因组生物学”。“}，{”key“：”ref-8“，”article-title“：”通过甲基化增强链接\/与r包elmer版本2的表达关系。“，”author“：”T Silva“，”year“：”2017“，”journal-title”：“bioRxiv.”}，“key”：复杂的热图揭示了多维基因组数据中的模式和相关性。“，”卷“：”32“，”作者“：”Z Gu“，”年份“：”2016“，”期刊标题“：”生物信息学“。“}，{”key“：”ref-10“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：“1830-1831”，”doi“：”10.1093\/生物信息学\/btt285“，”article-title“：”Pathview:用于基于路径的数据集成和可视化的r \/生物导体包“，”volume“：“”publisher”，“DOI”：“10.1101\/052662”，“article-title”：“Maftools：基于大规模队列癌症研究的maf文件的高效分析、可视化和总结。“，”author“：”A Mayakonda“，”year“：”2016“，”journal-title“：”bioRxiv“。“}，{”key“：”ref-12“，”doi-asserted-by“：”publisher“，“first page”：“1363-1369”，“doi”：“10.1093\/生物信息学\/btu049”，”article-title“：”Minfi:用于分析铟DNA甲基化微阵列的灵活而全面的生物导体包。“，”volume“：“30”，“author”：“M Aryee”，“year”：“2014”，“journal-title”：“生物信息学”。“}”，{“key”：”ref-13“doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：”3-8“，”doi“：”10.1016\/j.methy.2014.08.011“，”article-title“：”infinium humanmethylation450 beadchip（450k）数据的分析管道和包。“，”卷“：”72“，”作者“：”T Morris“，”年份“：”2015“，”新闻标题“：”方法“。“}，{”key“：“ref-14”，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：”e22“，”doi“：”10.1093\/nar\/gkw967“，”article-title“：”infinium dna甲基化微珠芯片探针的综合表征、注释和创新使用“，”volume“：survminer：使用\u2019ggplot2\u2019绘制生存曲线，“author”：“A Kassambara”，“year”：“2017”}，{“key”：“ref-16”，“doi-asserted-by”：“publisher”，《first page》：“550-563”，“doi”：“10.1016\/j.cell.2015.12.028”，“article-title”：“分子剖析揭示了弥漫性胶质瘤中生物离散子集和进展途径。”，“volume”：作者：“M Ceccarelli”，“年份”：“2016年”，“新闻标题”：“细胞。“}，{”key“：”ref-17“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first-pages“：”pl1“，”doi“：”10.1126\/scisignal.2004088“，”article-title“：”使用cbioportal综合分析复杂癌症基因组学和临床特征“，”volume“：页面“：”401-404”，“DOI”：“10.1158\/2159-8290.CD-12-0095”，“文章标题”：“cbio癌症基因组学门户网站：一个探索多维癌症基因组学数据的开放平台。”，“卷”：“2”，“作者”：“E Cerami”，“年份”：“2012”，“期刊标题”：“癌症迪斯科。“}，{”key“：”ref-19“，”doi-asserted-by“：”publisher“，“doi”：“10.12688\/f1000research.9821.1”，“article-title”：“galaxy中生物导体工具集成指南和最佳实践[版本1；参考：1已批准，1已批准但有保留]。”，“volume”：“5”，“author”：“N Turaga”，“year”：“2016”，“journal-title“：”F1000Res.“}”，{“key”：”ref-20“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：”1109-1112“，”doi“：”10.1056\/NEJMp1607591“，”article-title“：”Toward a Shared Vision for Cancer Genomic Data.“doi-assert-by”：“publisher”，”first-pages“：”1100-1112“，”doi“：”101056。“，”volume“：”375“，”author“：”R Grossman“，”year“：”2016“，”journal-title“：”N Engl J Med.“}，{”key“：“ref-21”，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first-page“：”1424-1435“，“doi”：“10.1038\/nm.4438”，“article-title”：“人类原发性肝癌衍生器官培养用于疾病建模和药物筛选。”，“volume”：“23”，“author”：“L Broutier”，“year“：”2017“，”journal-title“：”Nat Med.“}，{”key“：”ref-22“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：“87750-87762”，“doi”：“10.18632\/肿瘤靶点.21184”，“article-title”：“Fgf5在黑色素瘤中表达并在体内外增强恶性肿瘤。”，“volume”：“8”，“author”：“S Ghassemi”，“year”：“2017”，“journal-title”:“oncotarget.”}，}“key”：”ref-23“，”doi-asserted-by“：”publisher”，“首页”：“1689-1701”，“DOI”：“10.1038\/bjc.2017.352”，“文章标题”：“结直肠癌中肌球蛋白vb的丢失是疾病复发的一个强有力的预后因素。“，”卷“：”117“，”作者“：”E Letellier“，”年份“：”2017“，”新闻标题“：”Br J Cancer。“｝，｛”key“：”ref-24“，”doi asserted by“：”publisher“，”doi“：”10.1101\/14496“，”文章标题“：”TCGAbiolinksGUI:分析癌症分子和临床数据的图形用户界面“，”作者“：”T Silva“，”年份“：”2017“，”期刊标题“：”bioRxiv.“｝]，”容器标题“：[”F1000Research“]，”原标题“：[]，”语言“：”en“，”链接“：[｛”URL“：”https:\/\/f1000research.com/articles\/7-439\/v1\/xml“，“content-type”：“application\/xml”，“content-version”：“vor”，“intended-application”：“text-mining”}，{“URL”：“https:\//f1000research.com\/articles \/7-439 \/v1 \/pdf”，“内容类型”：“应用程序\/pdf“，”内容版本“：”vor“，”intended-application“：”text-mining}，“URL”https:\/\/f1000research.com/articles\/7-439\/v1\/iparadigms“，“content-type”：“unspecified”，“content-version”：“vor”，“intended-application”：“similarity-checking”}]，“deposed”：{“date-parts”：[[2018,12,6]]，“date-time”：”2018-12-06T10:57:25Z“，“timestamp”：1544093845000}，“score”：1，“resource”：{-“primary”：{“URL”：“https:\/\/f1000research.com/articles\/7-439\/v1“}}，”subtitle“：[]，”shorttitle“：[]，”issued“：{”date-parts“：[[2018,4,10]]}，“references-count”：24，“URL”：“http://\/dx.doi.org\/10.1268\/f1000research.14197.1”，“relation”：{“has-review”：[{“id-type”：“doi”，“id”：“10.5256\/f1000esearch”。154 43.r33002“，”asserted-by“：”subject“}，{”id-type“：”doi“，”id“：”10.5256\/f1000research.15443.r33000“，”asserted-by“：”subject“}]，”has-preprint“：[{”id-type“：”doi“，”id“：”10.1101\/147496“，”asserted-by-“：”object“{]}，”ISSN“：[”2046-1402“]，”ISSN-type“：[[{“value”：”2046-1042“，”type“”：“electronic”}]，“subject:[]，”published“：{”date-parts“：[2018,4,10]]}，“断言”：[{“value”：“Approved，Approved-with reservations”，“URL”：“https:\/\/f1000research.com/articles\/7-439\/v1#article-reports“，”order“：0，”name“：”refere-status“，”label“：”裁判状态“，”group“：{”name“:”current-refere-stations“，”标签“：”当前裁判状态“}}，{”value“：”10.5256\/f1000research.15443.r33002，顾祖光，理论生物信息学部（B080），海德堡个性化肿瘤中心（DKFZ-HIPO），德国癌症研究中心（DKF Z），德国海德堡，2018年4月23日，版本1，1已批准，1已保留批准article-reports“，”label“：”article reports“}}，{“value”：“10.5256\/f1000research.15443.r33000，Michael Lawrence，生物信息学系，Genentech，South San Francisco，CA，USA，2018年4月25日，版本1，1已批准，1已保留批准”，“URL”：“https:\\/f1000resource.com/articles\/7-439\/v1#refere-response-33000”，“order”：1，“name”：“refere-response-33000“，”label“：”裁判报告“，”group“：{”name“：”article-reports“，”标签“：”article reports“}}，”value“：”这项工作得到了亨利·福特医院（H.N.）和圣保罗研究基金会（FAPESP）的资助（2016\/01389-7至T.C.S.&H.N.，2015\/07925-5至H.N.。）BridgeIRIS项目由比利时布鲁塞尔布鲁塞尔首都区INNOVIRIS和比利时FNRS PDR（T100914F to A.C.，C.O.&G.B.）胃肠道炎症敏感肿瘤基因组分析（GENGISCAN）资助。T.C.S.和B.P.B.得到了NCI癌症研究信息技术项目、NIH\/NCI拨款1U01CA184826和NIH\-NCI基因组数据分析网络拨款1U24CA210969的支持。资助者在研究设计、数据收集和分析、决定出版或编写手稿方面没有任何作用。“，”order“：2，”name“：”grant-information“，”label“：”grant information“}，”{“value”：“这是一篇根据知识共享署名许可证条款分发的开放存取文章，它允许在任何媒体上无限制地使用、分发和复制，前提是正确引用了原始作品。”，“order”：0，“name”：“copyright-info”，“label”：“版权所有“}]}}