{“状态”：“确定”，“消息类型”：“工作”，“信息版本”：“1.0.0”，“邮件”：{“索引”：{“日期-部分”：[[2024,6,2]，“日期-时间”：“2024-06-02T16:53:37Z”，“时间戳”：1717347217564}，“引用-计数”：30，“发布者”：“Springer Science and Business Media LLC”，“问题”：“1”，“内容-域”：{-“域”：[”link.Springer.com“]，“交叉标记限制”：false}，“short-container-title”：[“BMC生物信息学”]，“published-print”：{“date-parts”：[[2008,12]]}，“abstract”：“摘要<\/jats:title>\n\n个背景<\/jats:title>\nSolexa \/Illumina短读超高通量DNA测序技术通过DNA菌落的并行序列逐合成产生数百万个短标签（多达36个碱基）。此类高通量数据的处理和统计分析带来了新的挑战；目前，由于无法将标签与参考序列匹配，相当一部分标签被常规丢弃，从而降低了该技术的有效吞吐量<\/jats:p>\n<\/jats:sec>\n\n个结果<\/jats:title>\n我们提出了一种新的基调用算法，该算法利用基于模型的聚类和概率理论来识别模糊基，并用IUPAC符号对其进行编码。我们还使用基于信息内容的分数来选择最佳子标签，以消除接近读取末尾的不确定基数<\/jats:p>\n<\/jats:sec>\n\n个结论<\/jats:title>\n我们表明，与Solexa的数据处理管道相比，该方法平均提高了15%的基因组覆盖率和可用标签数量。提供了一个R包，可以快速准确地调用Solexa的荧光强度文件并生成信息丰富的诊断图<\/jats:p>\n“，”DOI“：”10.1186\/1471-2105-9-431“，”type“：”journal-article“，”created“：{”date-parts“：[[2008,10,14]]，”date-time“：”2008-10-14T06:14:16Z“，”timestamp“：1223964856000}，”update-policy“：count“：73，”title“：[”Solexa测序数据的概率基调用“]”，“前缀”：“10.1186”，“卷”：“9”，“作者”：[{“给定”：“Jacques”，“家族”：“Rogemont”，“sequence”：“first”，“affiliation”：[]}，{“given”：“Arnaud”，”family“：”Amzallag“，”sequence“：”additional“，”affiliance“：[]{”given“Christian”，“family”：“Iseli”，，{“给定”：“Laurent”，“family”：“Farinelli”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[]｝，｛“given”：“Ioannis”，“family”：“Xenarios”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[]｝，｛“given”：“Felix”，“family”：“Naef”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[]｝，“member”：“297”，“在线发布”：｛“date 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L等：配对基因绘图揭示了人类基因组中广泛的结构变异。《科学》2007，318（5849）：420\u2013426。10.1126\/science.1149504“，”journal-title“：”science“}，{“issue”：“1”，“key”：“2416_CR4”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“first-page”：“3”，“doi”：“10.1016\/j.meth.2007.09.009”，“volume”：”44“，”author“M Hafner”，“year”：“2008”，“unstructured”：“Hafner M、Landgraf P、Ludwig J、Rice A、Ojo T、Lin C、Holoch D、Lim C、Tuschl T：使用cDNA文库测序鉴定微RNA和其他小调控RNA。方法2008，44（1）：3\u201312。10.1016\/j.ymeth.2007.09.009”，“期刊标题”：“方法”}，｛“问题”：“7”，“密钥”：“2416_CR5”，“doi断言”：“出版商”，“第一页”：“1636”，“doi”：“10.1111\/j.1365-294X.2008.03666.x”，“卷”：“17”，“作者”：“JC Vera”，“年份”：“2008”，“非结构化”：“Vera JC、Wheat CW、Fescemyer HW、Frilander MJ、Crawford DL、Hanski I、Marden JH：使用454焦磷酸测序对非模式生物进行快速转录组表征。Mol Ecol 2008，17（7）：1636\u20131647。10.1111\/j.1365-294X.2008.03666.x“，”journal-title“：”Mol Ecol“}，{”issue“：”4“，”key“：”2416_CR6“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：“407”，”doi“：”10.1038\/nbt1394“，“volume”：“26”，“author”：“MR Friedl\u00e4nder”，“year”：“2008”，“unstructured”：“”Friedl\u00e4nder MR、Chen W、Adamidi C、Maaskola J、Einspanier R、Knespel S、Rajewsky N：使用miRDeep从深度测序数据中发现微RNA。国家生物技术2008，26（4）：407\u2013415。10.1038\/nbt1394“，”journal-title“：”Nat Biotechol“}，{”issue“：”7153“，”key“：”2416_CR7“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：“553”，”doi“：”10.1038\/nature06008“，“volume”：“448”，“author”：“T Mikkelsen”，“year”：“2007”，“unstructured”：“Mikkelsen T、Ku M、Jaffe D、Issac B、Lieberman E、Giannoukos G、Alvarez P、Brockman W、Kim T、Koche R等：多能干细胞和谱系承诺细胞染色质状态的基因组全图。《自然》2007，448（7153）：553\u2013560。10.1038\/nature06008“，”journal-title“：”Nature“}，{“issue”：“4”，“key”：“2416_CR8”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“first-page”：“823”，“doi”：“10.1016\/j.cell.2007.05.009”，“volume”：”129“，“author”：“A Barski”，“year”：“2007”，“unstructured”：“Barski A、Cuddapah S、Cui K、Roh TY、Schones DE、Wang Z、Wei G、Chepelev I、Zhao K：人类基因组中组蛋白甲基化的高分辨率分析。细胞2007，129（4）：823\u2013837。10.1016\/j.cell.2007.05.009“，”journal-title“：”cell“}，{”issue“：”5“，”key“：”2416_CR9“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first-page“：”802“，“doi”：“10.1101\/gr.072033.107”，“volume”：“18”，“author”：“D Hernandez”，“year”：“2008”，“unstructured”：“Hernandez D，Fran\u00e7ois P，Farinelli L，Oster\u00e5s M，Schrenzel J：新生细菌基因组测序：在台式计算机上组装的数百万次极短读取。基因组研究2008，18（5）：802\u2013809。10.1101\/gr.072033.107“，”journal-title“：”Genome Research“}，{”issue“：”7057“，”key“：”2416_CR10“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first-page“：”376“，”doi“：”10.1038\/nature03959“，”volume“：“437”，”author“：”M Margulies“，”year“：”2005“，”unstructured“：”Margulies M、Egholm M、Altman W、Attiya S、Bader J、Bemben L、Berka J、Braverman M、Chen Y、Chen Z等：微加工高密度微晶反应器中的基因组测序。Nature 2005，437（7057）：376\u2013380.“，”journal-title“：”Nature“}，{“issue”：“3”，“key”：“2416_CR11”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“first-page”：“186”，”doi“：”10.1101\/gr.8.3.186“，”volume“：”8“，”author“：”B 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P：全基因组拼接阵列的优化设计和评估。生物信息学2007，23（13）：i195\u2013204。10.1093，生物信息学，“journal-title”：“生物信息学”}，{“issue”：“3”，“key”：“2416_CR29”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“first page”：”142“，“doi”：“10.1016\/j.tig.2007.12006”，”volume“：”24“，”author：“M Pop”，“year”：“2008”，“unstructured”：“Pop M，Salzberg SL：新测序技术的生物信息学挑战。Trends Genet 2008，24（3）：142\u2013149.“，”journal-title“：”Trends Genet“}，{”issue“：”5712“，”key“：”2416_CR30“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first-page“：”1072“，”doi“：”10.1126\/science.1105436“，”volume“：“307”，”author“：”DA Hinds“，”year“：”2005“，”unstructured“：”Hinds DA、Stuve LL、Nilsen GB、Halperin E、Eskin E、Ballinger DG、Frazer KA、Cox 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